SAXSdb — 4jhj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MIF4G domain-containing protein B

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 19 (DBP5 homolog, yeast) × 2 （Q7ZU28） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 19 (DBP5 homolog, yeast) × 2 （Q7ZU28） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M4GDB_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222 作者链 B； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 19 (DBP5 homolog, yeast)

Danio rerio

UniProt Q7ZU28

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	MIF4G domain-containing protein B × 2 （Q5EAQ1） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	MIF4G domain-containing protein B × 2 （Q5EAQ1） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7ZU28_DANRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–32； UniProt 1–32 作者链 D； PDB构建体 1–32； UniProt 1–32

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jhj
沉积日期 deposition_date	2013-03-05
结构标题 title	Crystal structure of Danio rerio Slip1 in complex with Dbp5
关键词 keywords	;DEAD-BOX HELICASE, MRNA EXPORT, RECA-LIKE, RNA-DEPENDENT ATPASE, DDX19, DEAD-BOX PROTEIN 19B, MRNA TRANSPORT, ATP BINDING, HELICASE, HYDROLASE, NUCLEOTIDE BINDING, RNA BINDING, TRANSPORT HISTONE MRNA PROCESSING, TRANSLATION, 3'-UTR, 3'-PROCESSING, NUP214 ;; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4jhj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4jhj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4jhj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.02 Å
Rg（电子密度）	30.83 Å
总 Rg	31.30 Å
原子数	3761
残基数	465
排除体积	67021 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4jhj__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4jhj__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MIF4G domain-containing protein B
分子量 formula_weight	25794.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3772

MENSSKEDYKIQSFDLETQKLLKTALKDPGSVDLEKVSSVIVDQSLKDQVFSREAGRICYTIVQAEAKQTNGSVFRRNLLNRLQQEFKAREETRKRSTQEWVCLVSFICNIFDYLKVNNMPMVALVHPVYDCLFRLAQSDALKNEEEVDCLVLQLHRIGDQLEKMNVQLMDELFNLLRDGFLLQEDLSSMGRLLLLEILEFRAGGWKLSDTAQKYYYSEVTD

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	leopard danio,zebra danio,zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 19 (DBP5 homolog, yeast)
分子量 formula_weight	3495.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MATDSWAQAVDEQEAAAESISTLQISEKEEKP

来源 Source

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	leopard danio,zebra danio,zebra fish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4jhjA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	4jhjB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

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晶胞边长 a length_a	85.185 Å
晶胞边长 b length_b	85.185 Å
晶胞边长 c length_c	258.266 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	73.770 Å
R 因子 r_factor	0.2450
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.2770

Crystal structure of Danio rerio Slip1 in complex with Dbp5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MIF4G domain-containing protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 19 (DBP5 homolog, yeast)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4jhj__assembly_1__model_1

4jhj__assembly_1__model_1 | I(q)

4jhj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Danio rerio Slip1 in complex with Dbp5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MIF4G domain-containing protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 19 (DBP5 homolog, yeast)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4jhj__assembly_1__model_1

4jhj__assembly_1__model_1 | I(q)

4jhj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)