SAXSdb — 4jmf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exoenzyme T

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–77	片段：UNP residues 28-77	Probable chaperone × 2 （G3XD93） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；28% PEGMME 5000, 0.2M ammonium sulphate, pH 6.5, vapour diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.10 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4JMF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6GNN Exoenzyme T from Pseudomonas aeruginosa in complex with human 14-3-3 protein beta, tetrameric crystal form bound to STO1101 提交 2018-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 235–457（223 aa）	未记录	F4W 3-(12-oxidanylidene-7-thia-9,11-diazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-1(8),2(6),9-trien-10-yl)propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% PEG 6000, 0.1M Citrate	分辨率 3.79 Å R-free 0.385

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9I788_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–50； UniProt 28–77

Probable chaperone

Pseudomonas aeruginosa

UniProt G3XD93

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–116 链 C； UniProt 1–116	未记录	Exoenzyme T × 1 （Q9I788） GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；28% PEGMME 5000, 0.2M ammonium sulphate, pH 6.5, vapour diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.10 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G3XD93_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116 作者链 C； PDB构建体 1–116； UniProt 1–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4jmf
沉积日期 deposition_date	2013-03-14
结构标题 title	Crystal structure of ExoT (residues 28 -77)- SpcS complex from Pseudomonas aeruginosa at 2.1 angstrom
关键词 keywords	Type III secretion system, T3SS, virulent effector, TOXIN-CHAPERONE complex; TOXIN/CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.03 Å
零角强度 I(0) i0	18381100.00
分子量 molecular_weight	31748.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39494 Å³
包络体积 envelope_volume	45985 Å³
水化壳体积 shell_volume	20097 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.37 Å
包络 Rg envelope_rg	19.31 Å
形状 Rg shape_rg	19.03 Å
总 Rg total_rg	19.92 Å
总原子数 total_atoms	2237
残基数 n_residues	282
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8877
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.281
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.344
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8676000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.968

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exoenzyme T
分子量 formula_weight	5416.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2371

EARQVATPREAQQLAQRQEAPKGEGLLSRLGAALARPFVAIIEWLGKLLG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Probable chaperone
分子量 formula_weight	13171.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MNPLYRAAIHQLFLALDLPTPNDEESVLSLQVGPHLCHLAEHPTDHLLMFTRLEGQGDATANEQNLFSQDPCKPILGRDPESGERLLWNRQPLQLLDRAQIHHQLEQLVAAAEELR

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	134

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4jmfb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4jmfc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.198 — Secretion chaperone-like
超家族 Superfamily superfamily	d.198.1 — Type III secretory system chaperone-like
家族 Family family	d.198.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4jmfA00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2690 —

结构域编号 domain_id	4jmfB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4jmfC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1460 — Yope Regulator; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.322 Å
晶胞边长 b length_b	78.322 Å
晶胞边长 c length_c	194.221 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.099 Å
最低分辨率 resolution_low	30.482 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.1977
R_free r_free	0.2431

fit	/app/data/saxs_computation/jm/4jmf/4jmf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/4jmf/4jmf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/4jmf/4jmf.dat

Crystal structure of ExoT (residues 28 -77)- SpcS complex from Pseudomonas aeruginosa at 2.1 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exoenzyme T

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Probable chaperone

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)