4juo

A low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae in space group H32

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit A

Streptococcus pneumoniae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 4	DNA topoisomerase 4 subunit B × 1 （Q59961） E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 MAGNESIUM ION × 2 (3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid × 1	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARC_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–488； UniProt 1–488

DNA topoisomerase 4 subunit B

Streptococcus pneumoniae serotype 4

UniProt Q59961

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 4	DNA topoisomerase 4 subunit A × 1 （P72525） E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 E-site DNA × 1 MAGNESIUM ION × 2 (3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid × 1	待复核

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARE_STRPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 24–670； UniProt 1–647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4juo
沉积日期 deposition_date	2013-03-25
结构标题 title	A low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae in space group H32
关键词 keywords	full-length ParE, ParC55, open N-gate, topoisomerase IIa, ATP binding, ISOMERASE-DNA complex; ISOMERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4juo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4juo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4juo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.00 Å
Rg（电子密度）	45.31 Å
总 Rg	45.11 Å
原子数	7910
残基数	1043
排除体积	138350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4juo__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 4 subunit A
分子量 formula_weight	56455.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8283

MSNIQNMSLEDIMGERFGRYSKYIIQDRALPDIRDGLKPVQRRILYSMNKDSNTFDKSYRKSAKSVGNIMGNFHPHGDSSIYDAMVRMSQNWKNREILVEMHGNNGSMDGDPPAAMRYTEARLSEIAGYLLQDIEKKTVPFAWNFDDTEKEPTVLPAAFPNLLVNGSTGISAGYATDIPPHNLAEVIDAAVYMIDHPTAKIDKLMEFLPGPDFPTGAIIQGRDEIKKAYETGKGRVVVRSKTEIEKLKGGKEQIVITEIPYEINKANLVKKIDDVRVNNKVAGIAEVRDESDRDGLRIAIELKKDANTELVLNYLFKYTDLQINYNFNMVAIDNFTPRQVGIVPILSSYIAHRREVILARSRFDKEKAEKRLHIVEGLIRVISILDEVIALIRASENKADAKENLKVSYDFTEEQAEAIVTLQLYRLTNTDVVVLQEEEAELREKIAMLAAIIGDERTMYNLMKKELREVKKKFATPRLSSLEDTAKALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	170187
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 4 subunit B
分子量 formula_weight	74528.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGHHHHHHHHHHSSGHIDDDDKHMSKKEININNYNDDAIQVLEGLDAVRKRPGMYIGSTDGAGLHHLVWEIVDNAVDEALSGFGDRIDVTINKDGSLTVQDHGRGMPTGMHAMGIPTVEVIFTILHAGGKFGQGGYKTSGGLHGVGSSVVNALSSWLEVEITRDGAVYKQRFENGGKPVTTLKKIGTAPKSKTGTKVTFMPDATIFSTTDFKYNTISERLNESAFLLKNVTLSLTDKRTDEAIEFHYENGVQDFVSYLNEDKEILTPVLYFEGEDNGFQVEVALQYNDGFSDNILSFVNNVRTKDGGTHETGLKSAITKVMNDYARKTGLLKEKDKNLEGSDYREGLAAVLSILVPEEHLQFEGQTKDKLGSPLARPVVDGIVADKLTFFLMENGELASNLIRKAIKARDAREAARKARDESRNGKKNKKDKGLLSGKLTPAQSKNPAKNELYLVEGDSAGGSAKQGRDRKFQAILPLRGKVINTAKAKMADILKNEEINTMIYTIGAGVGADFSIEDANYDKIIIMTDADTDGAHIQTLLLTFFYRYMRPLVEAGHVYIALPPLYKMSKGKGKKEEVAYAWTDGELEELRKQFGKGATLQRYKGLGEMNADQLWETTMNPETRTLIRVTIEDLARAERRVNVLMGDKVEPRRKWIEDNVKFTLEEATVF

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus pneumoniae serotype 4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	170187
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	3397.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AGGTCATGAAT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	4544.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AGTCATTCATGACCT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	3339.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

TTTACGTGCAT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	E-site DNA
分子量 formula_weight	4602.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GACTATGCACGTAAA

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	(3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid
分子量 formula_weight	361.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	213.580 Å
晶胞边长 b length_b	213.580 Å
晶胞边长 c length_c	211.830 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.530 Å
最低分辨率 resolution_low	46.442 Å
R 因子 r_factor	0.2498
R_work r_work	0.2474
R_free r_free	0.2982

A low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae in space group H32

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA topoisomerase 4 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4juo__assembly_1__model_1

4juo__assembly_1__model_1 | I(q)

4juo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

A low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae in space group H32

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 4 subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA topoisomerase 4 subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4juo__assembly_1__model_1

4juo__assembly_1__model_1 | I(q)

4juo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)