Homo sapiens
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 | 单体 | 蛋白 1 | 1-benzyl-2-(4-{[(2R)-2-(2-phenyl-1H-benzimidazol-1-yl)pent-4-en-1-yl]oxy}phenyl)-1H-benzimidazole × 1 water × 1 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | PDE6D_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 B； PDB构建体 3–152； UniProt 1–150 |
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| 条目编号 entry_id | 4jvb |
| 沉积日期 deposition_date | 2013-03-25 |
| 结构标题 title | Crystal structure of PDE6D in complex with the inhibitor rac-2 |
| 关键词 keywords | Immunoglobulin-like beta-sandwich, GDI-like solubilizing factor, prenyl binding, Protein binding-inhibitor complex; Protein binding/inhibitor |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 16.72 Å |
| Rg（电子密度） | 15.50 Å |
| 总 Rg | 16.78 Å |
| 原子数 | 1232 |
| 残基数 | 146 |
| 排除体积 | 22107 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d4jvbb_ |
| 类 Class class | b — All beta proteins |
| 折叠类型 Fold fold | b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich |
| 超家族 Superfamily superfamily | b.1.18 — E set domains |
| 家族 Family family | b.1.18.8 — RhoGDI-like |
| 结构域编号 domain_id | 4jvbB00 |
| 类 Class class | 2 — Mainly Beta |
| 架构 Architecture architecture | 70 — Distorted Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 40 — GMP phosphodiesterase, delta subunit |