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4k2p

The Structure of a Quintuple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-lymphoma invasion and metastasis-inducing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q13009

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 429–702 片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702) 突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.98 Å R-free 0.236
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 429–702 片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702) 突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.98 Å R-free 0.236
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 429–702 片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702) 突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.98 Å R-free 0.236
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 429–702 片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702) 突变：K596A, K597A, K598A, M580L, M586L CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 19% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.98 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4K2P Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3KZD Crystal Structure of Free T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain 提交 2009-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 841–930（90 aa） 片段：PDZ Domain
突变：Q844H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M NaSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.30 Å R-free 0.224
3KZE Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in Complex With SSRKEYYA Peptide 提交 2009-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 841–930（90 aa） 片段：PDZ Domain
链 B 841–930（90 aa） 片段：PDZ Domain
链 C 841–930（90 aa） 片段：PDZ Domain
突变：Q844H 突变：Q844H 突变：Q844H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；288 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Na2SO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
4GVC Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with phosphorylated Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain (UNP residues 841-930)
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M sodium acetate, 25% PEG4000, 8% isopropanol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.54 Å R-free 0.200
4GVD Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain (UNP residues 841-930)
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M MES, 20% PEG8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.243
4GVD Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ in complex with Syndecan1 Peptide 提交 2012-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain (UNP residues 841-930)
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1 M MES, 20% PEG8000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.243
4K2O The Structure of a Triple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain 提交 2013-04-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 429–702（274 aa） 片段：PH-CC-Ex domain (UNP residues 429-702)
突变：K596A, K597A, K598A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.2 M calcium chloride, 0.1 M Tris, 20% PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.15 Å R-free 0.220
4NXP Crystal Structure of Free T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) 提交 2013-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain
突变：L911M, K912E, L915F, L920V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；1.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris, pH=8.5, 12% Glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.258
4NXQ Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Caspr4 Peptide 提交 2013-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain
突变：L911M, K912E, L915F, L920V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Magnesium chloride, 0.1M MES, pH=6.5, 20% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.236
4NXQ Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Caspr4 Peptide 提交 2013-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain
突变：L911M, K912E, L915F, L920V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Magnesium chloride, 0.1M MES, pH=6.5, 20% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.236
4NXQ Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Caspr4 Peptide 提交 2013-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain
突变：L911M, K912E, L915F, L920V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Magnesium chloride, 0.1M MES, pH=6.5, 20% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.236
4NXR Crystal Structure of T-cell Lymphoma Invasion and Metastasis-1 PDZ Domain Quadruple Mutant (QM) in Complex With Neurexin-1 Peptide 提交 2013-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 841–930（90 aa） 片段：PDZ domain
突变：L911M, K912E, L915F, L920V EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ANS 5-(DIMETHYLAMINO)-1-NAPHTHALENESULFONIC ACID(DANSYL ACID) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；0.1M Sodium acetate, 0.1M HEPES, pH=7.5, 22% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.90 Å R-free 0.195

共 8 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TIAM1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–276； UniProt 429–702 作者链 B； PDB构建体 3–276； UniProt 429–702 作者链 C； PDB构建体 3–276； UniProt 429–702 作者链 D； PDB构建体 3–276； UniProt 429–702

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4k2p

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4k2p
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4k2p
沉积日期 deposition_date2013-04-09
结构标题 titleThe Structure of a Quintuple Mutant of the Tiam1 PH-CC-Ex Domain
关键词 keywordsPH and coiled coil domain, phosphoinositide binding; protein-protein interaction, Par-3, tight junctions, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.98 Å
零角强度 I(0) i0169228000.00
分子量 molecular_weight105950.0 kDa
排除体积 excluded_volume133840 ų
包络体积 envelope_volume193330 ų
水化壳体积 shell_volume47823 ų
包络直径 envelope_diameter123.8 Å
壳层 Rg shell_rg40.64 Å
包络 Rg envelope_rg33.09 Å
形状 Rg shape_rg33.92 Å
总 Rg total_rg34.74 Å
总原子数 total_atoms14984
残基数 n_residues941
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.8 Å
Rg (实空间) rg_real34.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal169200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8667
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.4 Å
偏度 Skewness skewness0.220
峰度 Kurtosis kurtosis-0.168
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17760000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.893
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id4k2pA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k2pA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680 —
结构域编号 domain_id4k2pB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k2pB02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680 —
结构域编号 domain_id4k2pC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k2pC02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680 —
结构域编号 domain_id4k2pD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
结构域编号 domain_id4k2pD02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily680 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)