4k4y

Coxsackievirus B3 polymerase elongation complex (r2+1_form)

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

Human coxsackievirus B3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 2	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAP(DOC))-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPAPUPGPA)-3') ; × 1 ;2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1 ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 2	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAP(DOC))-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPAPUPGPA)-3') ; × 1 ;2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1 ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 2	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAP(DOC))-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPAPUPGPA)-3') ; × 1 ;2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1 ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 3 water × 4	与全部聚合物一致
4	其他组合	单体	蛋白 1 DNA 1 RNA 2	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAP(DOC))-3') ; × 1 ;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPAPUPGPA)-3') ; × 1 ;2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ; × 1 GLYCEROL × 3 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q66338_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–462； UniProt 1724–2185 作者链 E； PDB构建体 1–462； UniProt 1724–2185 作者链 I； PDB构建体 1–462； UniProt 1724–2185 作者链 M； PDB构建体 1–462； UniProt 1724–2185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4k4y
沉积日期 deposition_date	2013-04-12
结构标题 title	Coxsackievirus B3 polymerase elongation complex (r2+1_form)
关键词 keywords	polymerase, RNA-dependent RNA polymerase, protein-RNA complex, Transferase-rna complex; Transferase/rna
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4k4y__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4k4y__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4k4y__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.15 Å
Rg（电子密度）	23.27 Å
总 Rg	24.06 Å
原子数	4469
残基数	496
排除体积	77159 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4k4y__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4k4y__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4k4y__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4k4y__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA-dependent RNA polymerase
分子量 formula_weight	53624.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I,M
原子数 atom_count	18284

GEIEFIESSKDAGFPVINTPSKTKLEPSVFHQVFEGNKEPAVLRSGDPRLKANFEEAIFSKYIGNVNTHVDEYMLEAVDHYAGQLATLDISTEPMKLEDAVYGTEGLEALDLTTSAGYPYVALGIKKRDILSKKTKDLTKLKECMDKYGLNLPMVTYVKDELRSIEKVAKGKSRLIEASSLNDSVAMRQTFGNLYKTFHLNPGVVTGSAVGCDPDLFWSKIPVMLDGHLIAFDYSGYDASLSPVWFACLKMILEKLGYTHKETNYIDYLCNSHHLYRDKHYFVRGGMPSGCSGTSIFNSMINNIIIRTLMLKVYKGIDLDQFRMIAYGDDVIASYPWPIDASLLAEAGKGYGLIMTPADKGECFNEVTWTNVTFLKRYFRADEQYPFLVHPVMPMKDIHESIRWTKDPKNTQDHVRSLCLLAWHNGEHEYEEFIRKIRSVPVGRCLTLPAFSTLRRKWLDSFGSSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human coxsackievirus B3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12072
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APAPGPUPCPUPCPCPAPGPGPUPCPUPCPUPCPGPUPCPGPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	7629.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F,J,N

AAGUCUCCAGGUCUCUCGUCGAAA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA/RNA (5'-R(UPGPUPUPCPGPAPCPGPAPGPAPGPAP*(DOC))-3') ;
分子量 formula_weight	4799.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	C,G,K,O

UGUUCGACGAGAGAC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPGPGPAPGPAPUPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2974.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H,L,P

GGGAGAUGA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	451.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	372

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4k4ya1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d4k4ya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4k4ye1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d4k4ye2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4k4yi1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d4k4yi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4k4ym1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.4 — RNA-dependent RNA-polymerase

结构域编号 domain_id	d4k4ym2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4k4yA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4k4yA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4k4yE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4k4yE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4k4yI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4k4yI03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4k4yM02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4k4yM03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

▶

晶胞边长 a length_a	60.373 Å
晶胞边长 b length_b	60.402 Å
晶胞边长 c length_c	194.026 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.92 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.75 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.720 Å
最低分辨率 resolution_low	43.762 Å
R 因子 r_factor	0.2015
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2469

Coxsackievirus B3 polymerase elongation complex (r2+1_form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4k4y__assembly_2__model_1

4k4y__assembly_2__model_1 | I(q)

4k4y__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Coxsackievirus B3 polymerase elongation complex (r2+1_form)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA-dependent RNA polymerase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4k4y__assembly_2__model_1

4k4y__assembly_2__model_1 | I(q)

4k4y__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)