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4k9n

Crystal Structure of the Ala460Ile mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Benzoylformate decarboxylase

Pseudomonas putida

UniProt P20906

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–525 链 B； UniProt 2–525 链 C； UniProt 2–525 链 D； UniProt 2–525 突变：A460I MG MAGNESIUM ION × 6 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.70 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4K9N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BFD BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA 提交 1998-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 22% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL WITH AN AVERAGE MOLECULAR WEIGHT OF 400 KDA (PEG 400), 0.15 M CACL2, 0.5% (V/V) MPD, 0.1 M TRISCL (PH 8.5). DROPS CONTAINED EQUAL VOLUMES (2 MICROL) OF WELL SOLUTION AND PURIFIED BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE [10 MG/ML IN 0.1 MM MGCL2, 0.2 MM TDP, 25 MM NAHEPES (PH 7.0)]., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.60 Å R-free 0.186
1MCZ BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA COMPLEXED WITH AN INHIBITOR, R-MANDELATE 提交 2002-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
链 B 1–528（528 aa）
链 C 1–528（528 aa）
链 D 1–528（528 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 RMN (R)-MANDELIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 20-22% PEG MME 2000, 100 mM Na citrate, pH 5.2-5.6, 0.15-0.2 M (NH4)2SO4 and 10 mM R-mandelate. DROPS CONTAINED EQUAL VOLUMES (2-4 MICROL) OF WELL SOLUTION AND PURIFIED BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE [20-50 MG/ML IN 0.1 MM MGCL2, 0.2 MM TDP, 15 MM NAHEPES (PH 7.0)]., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.220
1MCZ BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA COMPLEXED WITH AN INHIBITOR, R-MANDELATE 提交 2002-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–528（528 aa）
链 F 1–528（528 aa）
链 G 1–528（528 aa）
链 H 1–528（528 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 RMN (R)-MANDELIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 20-22% PEG MME 2000, 100 mM Na citrate, pH 5.2-5.6, 0.15-0.2 M (NH4)2SO4 and 10 mM R-mandelate. DROPS CONTAINED EQUAL VOLUMES (2-4 MICROL) OF WELL SOLUTION AND PURIFIED BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE [20-50 MG/ML IN 0.1 MM MGCL2, 0.2 MM TDP, 15 MM NAHEPES (PH 7.0)]., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.220
1MCZ BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA COMPLEXED WITH AN INHIBITOR, R-MANDELATE 提交 2002-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–528（528 aa）
链 J 1–528（528 aa）
链 K 1–528（528 aa）
链 L 1–528（528 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 RMN (R)-MANDELIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 20-22% PEG MME 2000, 100 mM Na citrate, pH 5.2-5.6, 0.15-0.2 M (NH4)2SO4 and 10 mM R-mandelate. DROPS CONTAINED EQUAL VOLUMES (2-4 MICROL) OF WELL SOLUTION AND PURIFIED BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE [20-50 MG/ML IN 0.1 MM MGCL2, 0.2 MM TDP, 15 MM NAHEPES (PH 7.0)]., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.220
1MCZ BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA COMPLEXED WITH AN INHIBITOR, R-MANDELATE 提交 2002-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 1–528（528 aa）
链 N 1–528（528 aa）
链 O 1–528（528 aa）
链 P 1–528（528 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 RMN (R)-MANDELIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 20-22% PEG MME 2000, 100 mM Na citrate, pH 5.2-5.6, 0.15-0.2 M (NH4)2SO4 and 10 mM R-mandelate. DROPS CONTAINED EQUAL VOLUMES (2-4 MICROL) OF WELL SOLUTION AND PURIFIED BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE [20-50 MG/ML IN 0.1 MM MGCL2, 0.2 MM TDP, 15 MM NAHEPES (PH 7.0)]., pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.220
1PI3 E28Q mutant Benzoylformate Decarboxylase From Pseudomonas Putida 提交 2003-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：E28Q MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；293 K；22% PEG 400, 0.15 M CaCl2, 0.5% MPD, 0.1 M TRIS-Cl (pH 8.5), 0.1 mM MgCl2, 0.2 mM TZD, 25 mM NA-HEPES (pH 7.0) VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 8.50
分辨率 1.20 Å R-free 0.136
1PO7 HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF E28A MUTANT BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA 提交 2003-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.20 Å R-free 0.142
1Q6Z HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF E28A MUTANT BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA COMPLEXED WITH THIAMIN THIAZOLONE DIPHOSPHATE 提交 2003-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：E28A MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.00 Å R-free 0.140
1YNO High Resolution Structure of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas Putida Complexed with Thiamine Thiazolone Diphosphate 提交 2005-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–528（527 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 400,0.15 M CACL2, 0.5% (V/V) MPD, 0.1 M TRISCL (PH 8.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.22 Å R-free 0.155
2FN3 High resolution structure of s26a mutant of benzoylformate decarboxylase from pseudomonas putida complexed with thiamine thiazolone diphosphate 提交 2006-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：S26A MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 400,0.15 M CACL2, 0.5% (V/V)MPD, 0.1 M TRISCL (PH 8.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.00 Å
2FWN Phosphorylation of an active site serine in a ThDP-dependent enzyme by phosphonate inactivation 提交 2006-02-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: PEG 400,0.15 M CACL2, 0.5% (V/V) MPD, 0.1 M HEPES (PH 7.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.40 Å
2V3W Crystal structure of the benzoylformate decarboxylase variant L461A from Pseudomonas putida 提交 2007-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
链 B 1–528（528 aa）
链 C 1–528（528 aa）
链 D 1–528（528 aa）
突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES MG MAGNESIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 4 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.228
3F6B Crystal structure of benzoylformate decarboxylase in complex with the pyridyl inhibitor PAA 提交 2008-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 2–526（525 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 8PA 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-2-[(1S,2E)-1-hydroxy-3-pyridin-3-ylprop-2-en-1-yl]-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 22% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.34 Å R-free 0.182
3F6E Crystal structure of benzoylformate decarboxylase in complex with the pyridyl inhibitor 3-PKB 提交 2008-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 2–526（525 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 8PA 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-2-[(1S,2E)-1-hydroxy-3-pyridin-3-ylprop-2-en-1-yl]-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 22% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.34 Å R-free 0.212
3FSJ Crystal structure of benzoylformate decarboxylase in complex with the inhibitor MBP 提交 2009-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1–528（528 aa）
未记录 D7K 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-{(S)-hydroxy[(R)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]phenylmethyl}-5-(2-{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium × 4 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD [2-methyl-2,4-pentanediol], 22% v/v PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.37 Å R-free 0.171
3FZN Intermediate analogue in benzoylformate decarboxylase 提交 2009-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
链 B 1–528（528 aa）
链 C 1–528（528 aa）
链 D 1–528（528 aa）
未记录 D7K 3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-2-{(S)-hydroxy[(R)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]phenylmethyl}-5-(2-{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-3-ium × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 11 PO4 PHOSPHATE ION × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；291 K；25% PEG 2000 w/v, 0.2M MgCl2 , pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.62 Å R-free 0.203
4GG1 Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant L403T 提交 2012-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：L403T TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 22% v/v PEG 400, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD [2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL], VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.07 Å R-free 0.156
4GM0 Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant L403N 提交 2012-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：L403N TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 8 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 22% v/v PEG 400, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD [2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.07 Å R-free 0.151
4GM1 Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant L403S 提交 2012-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：L403S CA CALCIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 22% v/v PEG 400, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD [2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.26 Å R-free 0.160
4GM4 Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant L403I 提交 2012-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：L403I CA CALCIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 8 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 22% v/v PEG 400, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD [2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.28 Å R-free 0.159
4GP9 Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant L403F 提交 2012-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：L403F CA CALCIUM ION × 8 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 8 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 22% v/v PEG 400, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD [2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.07 Å R-free 0.150
4GPE Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant L403M 提交 2012-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：L403M CA CALCIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM Tris pH 8.5, 22% v/v PEG 400, 150 mM CaCl2, 0.5% v/v MPD [2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL], vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.39 Å R-free 0.153
4JD5 Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant L403E 提交 2013-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：L403E TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 MM TRIS PH 8.5, 22% V/V PEG 400, 150 MM CACL2, 0.5% V/V MPD, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 1.33 Å R-free 0.152
4JU8 Crystal Structure of the His70Phe mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：H70F CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.25 Å R-free 0.156
4JU9 Crystal Structure of the His70Leu mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：H70L CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.12 Å R-free 0.138
4JUA Crystal Structure of the His70Ser mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：H70S CA CALCIUM ION × 4 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.15 Å R-free 0.150
4JUB Crystal Structure of the His70Thr mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
链 B 1–528（528 aa）
链 C 1–528（528 aa）
链 D 1–528（528 aa）
突变：H70T 突变：H70T 突变：H70T 突变：H70T MG MAGNESIUM ION × 3 CA CALCIUM ION × 4 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.90 Å R-free 0.203
4JUC Crystal Structure of the Ser26Met mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
链 B 1–528（528 aa）
链 C 1–528（528 aa）
链 D 1–528（528 aa）
突变：S26M 突变：S26M 突变：S26M 突变：S26M CA CALCIUM ION × 4 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.30 Å R-free 0.228
4JUD Crystal Structure of the Ser26Thr mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 1–528（528 aa）
突变：S26T TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 20 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.65 Å R-free 0.182
4JUF Crystal Structure of His281Ala mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–528（527 aa）
链 B 2–528（527 aa）
链 C 2–528（527 aa）
链 D 2–528（527 aa）
突变：H281A 突变：H281A 突变：H281A 突变：H281A MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 5 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.211
4K9K Crystal Structure of the His281Tyr mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–525（524 aa）
突变：H281Y TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.30 Å R-free 0.154
4K9L Crystal Structure of the His281Thr mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–526（525 aa）
突变：H281T TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 36 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.65 Å R-free 0.187
4K9M Crystal Structure of the His281Asn mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–525（524 aa）
突变：H281N TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.15 Å R-free 0.151
4K9O Crystal Structure of the Phe397Ala mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–528（527 aa）
链 B 2–528（527 aa）
链 C 2–528（527 aa）
链 D 2–528（527 aa）
突变：F397A 突变：F397A 突变：F397A 突变：F397A MG MAGNESIUM ION × 2 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.89 Å R-free 0.192
4K9P Crystal Structure of the His281Tyr/Ala460Ile Double Mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida 提交 2013-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–528（527 aa）
链 B 2–528（527 aa）
链 C 2–528（527 aa）
链 D 2–528（527 aa）
突变：H281Y/A460I 突变：H281Y/A460I 突变：H281Y/A460I 突变：H281Y/A460I CA CALCIUM ION × 4 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.24 Å R-free 0.201
4MPJ Phosphorylation of an active site threonine in the benzyolformate decarboxylase mutant S26T by phosphonate inactivation 提交 2013-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：S26T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 4 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；22% PEG400, 150 mM calcium chloride, 150 mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.50 Å R-free 0.142
4MPP Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant H281Y/T377P/F397T/A460I 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：H281Y/T377P/F397T/A460I CA CALCIUM ION × 8 NA SODIUM ION × 8 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium, 0.15 M calcium chloride, 22% v/v PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.159
4MPR Benzoylformate Decarboxylase: Is the tetramer vital for activity? 提交 2013-09-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：R141E CA CALCIUM ION × 12 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 GOL GLYCEROL × 12 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium, 22% v/v PEG400, 0.15 M calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.40 Å R-free 0.150
4MQ5 Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant A306F 提交 2013-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：A306F CA CALCIUM ION × 12 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium, 22% v/v PEG400, 0.15 M calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.147
4MZX Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant T377L/A460Y 提交 2013-09-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：T377L/A460Y CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.15 M Tris, 22% PEG400, 0.1 M calcium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.56 Å R-free 0.150
4QEL Crystal Structure of Benzoylformate Decarboxylase Mutant H70A 提交 2014-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa） 片段：benzoylformate decarboxylase
突变：H70A CA CALCIUM ION × 12 CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM TRIS , 22% PEG400, 150 mM CaCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.43 Å R-free 0.158
5DEI BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE FROM PSEUDOMONAS PUTIDA 提交 2015-08-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–525（524 aa）
链 B 2–525（524 aa）
链 C 2–525（524 aa）
链 D 2–525（524 aa）
未记录 BCT BICARBONATE ION × 4 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；CRYSTALS WERE GROWN AT ROOM TEMPERATURE BY HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST A WELL SOLUTION OF 22% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL WITH AN AVERAGE MOLECULAR WEIGHT OF 400 KDA (PEG 400), 0.15 M CACL2, 0.5% (V/V) MPD, 0.1 M TRISCL (PH 8.5)
分辨率 1.30 Å R-free 0.148
5DGD Benzoylformate decarboxylase F464I and A460V mutant from Pseudomonas putida 提交 2015-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–525（524 aa）
突变：A460V, F464I MG MAGNESIUM ION × 12 CA CALCIUM ION × 12 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；24% (V/V) PEG 400, 0.15 M CACl2, 0.5% (V/V) MPD, 0.1 M TRISCL (PH 8.5)
分辨率 1.13 Å R-free 0.150
5DGT BENZOYLFORMATE DECARBOXYLASE H70A MUTANT at pH 8.5 FROM PSEUDOMONAS PUTIDA 提交 2015-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–525（524 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 12 TZD 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；22% (V/V) PEG400, 0.15 M CACl2, 0.5% (V/V), MPD, 0.1 M TRISCl (pH 8.5)
分辨率 1.08 Å R-free 0.150
6M2Y Crystal structure of a formolase, BFD variant M6 from Pseudomonas putida 提交 2020-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：S26F, W86R, N87T, L109S, L110E, H281Y, A460M TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M acetate pH 4.5, 0.2 M NaCl,40% (v/v) PEG-300
分辨率 2.10 Å R-free 0.189
6M2Z Crystal structure of a formolase, BFD variant M3 from Pseudomonas putida 提交 2020-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
突变：W86R, N87T, L109G, L110E, A460M TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；295 K；0.1 M sodium acetate 4.6, 0.1 M sodium chloride, 12 % w/v PEG 6000
分辨率 2.35 Å R-free 0.249
8XBO Crystal structure of activity improved formolase variant K6 提交 2023-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–528（528 aa）
未记录 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Na/K phosphate pH 6.2, 0.2 M NaCl, 36% (v/v) PEG-400
分辨率 2.53 Å R-free 0.244
8XBQ Crystal structure of activity improved formolase variant K1 提交 2023-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–528（528 aa）
未记录 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.05 Å R-free 0.241
8XBR Crystal structure of activity improved formolase variant K3 提交 2023-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–526（526 aa）
未记录 TPP THIAMINE DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Na/K phosphate pH 6.2, 0.2 M NaCl , 36% (v/v) PEG-400
分辨率 1.92 Å R-free 0.178
9V67 The crystal structure of a ThDP-dependent enzyme PpBFD 提交 2025-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
链 B 1–528（528 aa）
链 C 1–528（528 aa）
链 D 1–528（528 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.25 Å R-free 0.229
9V6F The crystal structure of a ThDP-dependent enzyme PpBFD 提交 2025-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–528（528 aa）
链 B 1–528（528 aa）
链 C 1–528（528 aa）
链 D 1–528（528 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.64 Å R-free 0.230

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UniProt名称 MDLC_PSEPU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–524； UniProt 2–525 作者链 B； PDB构建体 1–524； UniProt 2–525 作者链 C； PDB构建体 1–524； UniProt 2–525 作者链 D； PDB构建体 1–524； UniProt 2–525

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4k9n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4k9n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4k9n
沉积日期 deposition_date2013-04-20
结构标题 titleCrystal Structure of the Ala460Ile mutant of Benzoylformate Decarboxylase from Pseudomonas putida
关键词 keywordsThiamine Diphosphate, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.89 Å
零角强度 I(0) i0777554000.00
分子量 molecular_weight225630.0 kDa
排除体积 excluded_volume281180 ų
包络体积 envelope_volume330840 ų
水化壳体积 shell_volume71742 ų
包络直径 envelope_diameter116.9 Å
壳层 Rg shell_rg45.48 Å
包络 Rg envelope_rg36.07 Å
形状 Rg shape_rg35.87 Å
总 Rg total_rg36.49 Å
总原子数 total_atoms15868
残基数 n_residues2096
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.2 Å
Rg (实空间) rg_real36.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real7.7760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal777700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8965
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.4 Å
偏度 Skewness skewness0.153
峰度 Kurtosis kurtosis-0.494
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha463300000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.904
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd4k9na1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k9na2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.3 — Pyruvate oxidase and decarboxylase, middle domain
结构域编号 domain_idd4k9na3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k9nb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k9nb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.3 — Pyruvate oxidase and decarboxylase, middle domain
结构域编号 domain_idd4k9nb3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k9nc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k9nc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.3 — Pyruvate oxidase and decarboxylase, middle domain
结构域编号 domain_idd4k9nc3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k9nd1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4k9nd2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family familyc.31.1.3 — Pyruvate oxidase and decarboxylase, middle domain
结构域编号 domain_idd4k9nd3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamilyc.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family familyc.36.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id4k9nA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id4k9nA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id4k9nA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id4k9nB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id4k9nB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id4k9nB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id4k9nC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id4k9nC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id4k9nC03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id4k9nD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
结构域编号 domain_id4k9nD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1220 — TPP-binding domain
结构域编号 domain_id4k9nD03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)