SAXSdb — 4kfz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LMO-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–158	片段：UNP residues 9-158	Anti-LMO2 VH × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 9–158	片段：UNP residues 9-158	Anti-LMO2 VH × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–158	片段：UNP residues 9-158	Anti-LMO2 VH × 6 ZN ZINC ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 9–158	片段：UNP residues 9-158	Anti-LMO2 VH × 6 ZN ZINC ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；100mM MES monohydrate pH 6.0, 0.8 M ammonium sulfate, and additive 1, 6 hexanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4KFZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2XJY Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, P21 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；25% PEG 1500 AND 100 MM SPG, BUFFER PH 4.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2XJZ Crystal structure of the LMO2:LDB1-LID complex, C2 crystal form 提交 2010-07-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 26–156（131 aa）片段：RESIDUES 26-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；1.6 M NACL, 100 MM MES PH5 AND 1 MM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.244
2YPA Structure of the SCL:E47:LMO2:LDB1 complex bound to DNA 提交 2012-10-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 25–156（132 aa）片段：LIM, RESIDUES 25-156	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；5 % (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 40 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.0 AND 2MM GLUTATHIONE	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBTN2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158 作者链 B； PDB构建体 1–150； UniProt 9–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4kfz
沉积日期 deposition_date	2013-04-28
结构标题 title	Crystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex
关键词 keywords	ONCOPROTEIN, T-CELL LEUKEMIA, PROTO-ONCOGENE, TRANSCRIPTION, DEVELOPMENTAL PROTEIN, LIM domain, transcription factor, nucleus; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.23 Å
零角强度 I(0) i0	69019700.00
分子量 molecular_weight	62532.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77029 Å³
包络体积 envelope_volume	112410 Å³
水化壳体积 shell_volume	31419 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.58 Å
包络 Rg envelope_rg	33.90 Å
形状 Rg shape_rg	31.30 Å
总 Rg total_rg	31.41 Å
总原子数 total_atoms	4350
残基数 n_residues	548
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6887
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.507
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.4980
最高正则化参数 α highest_alpha	4286000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.999; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LMO-2
分子量 formula_weight	17479.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4350

SLDPSEEPVDEVLQIPPSLLTCGGCQQNIGDRYFLKAIDQYWHEDCLSCDLCGCRLGEVGRRLYYKLGRKLCRRDYLRLFGQDGLCASCDKRIRAYEMTMRVKDKVYHLECFKCAACQKHFCVGDRYLLINSDIVCEQDIYEWTKINGMI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Anti-LMO2 VH
分子量 formula_weight	14069.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GGSMAEVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFSFSHSPMNWVRQAPGKGLEWVSYISYNSSSIYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGLTESLELTADWFDYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4kfzc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4kfzd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4kfzA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	4kfzA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	4kfzB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	4kfzB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	110 — Cysteine Rich Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine Rich Protein

结构域编号 domain_id	4kfzC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4kfzD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	124.260 Å
晶胞边长 b length_b	124.260 Å
晶胞边长 c length_c	81.440 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6
空间群编号 int_tables_number	168
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2399
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2583

fit	/app/data/saxs_computation/kf/4kfz/4kfz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kf/4kfz/4kfz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kf/4kfz/4kfz.dat

Crystal structure of LMO2 and anti-LMO2 VH complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LMO-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)