SAXSdb — 4kgg

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 6	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 × 6 （O43557） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAGNESIUM ION × 6 water × 12	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 3	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 × 3 （O43557） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 6	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 3	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14 × 3 （O43557） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNF6B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–166； UniProt 30–195 作者链 D； PDB构建体 1–166； UniProt 30–195

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14

Homo sapiens

UniProt O43557

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 6	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B × 6 （O95407） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAGNESIUM ION × 6 water × 12	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 3	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B × 3 （O95407） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 6	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 3	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B × 3 （O95407） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MAGNESIUM ION × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNF14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 83–240 作者链 B； PDB构建体 1–158； UniProt 83–240

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4kgg
沉积日期 deposition_date	2013-04-29
结构标题 title	Crystal structure of light mutant2 and dcr3 complex
关键词 keywords	;LIGHT, DCR3, TNF, TNFR, TNF14, STRUCTURAL GENOMICS, PSI-BIOLOGY, NEW HVEM, N-GLYCOSYLATION, MEMBRANE, SECRETED PROTEIN, CYTOKINE, IFN, JELLY-ROLL FOLD, BIND TNF RECEPTOR HVEM AND LTBR, LTBR, PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE, ATOMS-TO-ANIMALS: THE IMMUNE FUNCTION NETWORK, NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM, NYSGRC, IMMUNE SYSTEM, Cytokine-Signaling Protein complex ;; Cytokine/Signaling Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4kgg__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4kgg__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4kgg__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.08 Å
Rg（电子密度）	35.39 Å
总 Rg	35.94 Å
原子数	6981
残基数	906
排除体积	122130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4kgg__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4kgg__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4kgg__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B
分子量 formula_weight	19044.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D
原子数 atom_count	4747

VAETPTYPWRDAETGERLVCAQCPPGTFVQRPCRRDSPTTCGPCPPRHYTQFWNYLERCRYCNVLCGEREEEARACHATHNRACRCRTGFFAHAGFCLEHASCPPGAGVIAPGTPSQNTQCQPCPPGTFSASSSSSEQCQPHRNCTALGLALNVPGSSSHDTLCTSTGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	DROSOPHILA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14
分子量 formula_weight	17208.4 kDa
突变 mutation	R195S, V196N, W198F, K214E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

LIQERRSHEVNPAAHLTGANSSLTGSGGPLLWETQLGLAFLRGLSYHDGALVVTKAGYYYIYSKVQLGGVGCPLGLASTITHGLYKRTPRYPEELELLVSQQSPCGRATSSSSNWFDSSFLGGVVHLEAGEEVVVRVLDERLVRLRDGTRSYFGAFMV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4kgga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4kggb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4kggA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4kggB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	4kggC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4kggC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4kggD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	4kggD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	148.754 Å
晶胞边长 b length_b	148.754 Å
晶胞边长 c length_c	148.754 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.780 Å
最低分辨率 resolution_low	49.630 Å
R 因子 r_factor	0.1809
R_work r_work	0.1781
R_free r_free	0.2347

Crystal structure of light mutant2 and dcr3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4kgg__assembly_3__model_1

4kgg__assembly_3__model_1 | I(q)

4kgg__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of light mutant2 and dcr3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 6B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4kgg__assembly_3__model_1

4kgg__assembly_3__model_1 | I(q)

4kgg__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)