4khb

Structure of the Spt16D Pob3N heterodimer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein SPT16D

Chaetomium thermophilum var. thermophilum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein POB3N × 1 （G0SHK5） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein POB3N × 1 （G0SHK5） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein POB3N × 1 （G0SHK5） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein POB3N × 1 （G0SHK5） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SDN1_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–127； UniProt 522–647 作者链 C； PDB构建体 2–127； UniProt 522–647 作者链 E； PDB构建体 2–127； UniProt 522–647 作者链 G； PDB构建体 2–127； UniProt 522–647

Uncharacterized protein POB3N

Chaetomium thermophilum var. thermophilum

UniProt G0SHK5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein SPT16D × 1 （G0SDN1） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein SPT16D × 1 （G0SDN1） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein SPT16D × 1 （G0SDN1） SULFATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uncharacterized protein SPT16D × 1 （G0SDN1） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SHK5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–195； UniProt 1–192 作者链 D； PDB构建体 4–195； UniProt 1–192 作者链 F； PDB构建体 4–195； UniProt 1–192 作者链 H； PDB构建体 4–195； UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4khb
沉积日期 deposition_date	2013-04-30
结构标题 title	Structure of the Spt16D Pob3N heterodimer
关键词 keywords	PH like domains, TRANSCRIPTION-REPLICATION complex; TRANSCRIPTION/REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4khb__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4khb__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4khb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.69 Å
Rg（电子密度）	19.42 Å
总 Rg	20.40 Å
原子数	2237
残基数	276
排除体积	39402 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4khb__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4khb__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4khb__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4khb__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Uncharacterized protein SPT16D
分子量 formula_weight	14720.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G,E,C
原子数 atom_count	9291

MEVKKFKRFESYKRDNQLPPKVRDMGIVIDQKNNTIVLPIMGRPVPFHINTIKNASKSDEGEWSFLRINFLSPGQGVGRKDDQPFEDASAHFVRSLTFRSTDGDRYAEIANQISNLKREAVKREQEK

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum var. thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein POB3N
分子量 formula_weight	21833.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,H,B

GSHMAAIESFDHIYLDLSKEPGKCRFAENGLGWKPVGGGETFTLDVSNIGGAQWSRAARGYEVKILQRTSGVIQLDGFQQEDYERLAKIFKNWYSTNLENKEHSLRGWNWGKAEFGKAELTFNVQNRPAFEIPYSEIANTNLAGRNEIAVEFAPGDHGKSSQNGQVKSKKASASRDQLVEIRFYIPGTTTRKEAE

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum var. thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	759272
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	265

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4khbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p

结构域编号 domain_id	4khbB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4khbB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Structure-specific recognition protein (SSRP1)

结构域编号 domain_id	4khbC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p

结构域编号 domain_id	4khbD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4khbD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Structure-specific recognition protein (SSRP1)

结构域编号 domain_id	4khbE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p

结构域编号 domain_id	4khbF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4khbF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Structure-specific recognition protein (SSRP1)

结构域编号 domain_id	4khbG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 — FACT complex subunit Spt16p/Cdc68p

结构域编号 domain_id	4khbH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	4khbH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — Structure-specific recognition protein (SSRP1)

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晶胞边长 a length_a	85.391 Å
晶胞边长 b length_b	128.082 Å
晶胞边长 c length_c	132.329 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.778 Å
R 因子 r_factor	0.2043
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2435

Structure of the Spt16D Pob3N heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein SPT16D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein POB3N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4khb__assembly_2__model_1

4khb__assembly_2__model_1 | I(q)

4khb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Spt16D Pob3N heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein SPT16D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein POB3N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4khb__assembly_2__model_1

4khb__assembly_2__model_1 | I(q)

4khb__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)