SAXSdb — 4klz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein Rit1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–189	片段：GTP binding domain, unp residues 19-189	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；11-14% w/v PEG4000, 5-8% v/v Jeffamine M600, imidazole , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.30 Å R-free 0.311

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4KLZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9MEY Crystal structure of RIT1(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–197（196 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；44% Morpheus II PPT7, 100mM MonoSach II, 100mM MB6 buffer pH 8.2	分辨率 2.95 Å R-free 0.256
9MEY Crystal structure of RIT1(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–197（196 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；44% Morpheus II PPT7, 100mM MonoSach II, 100mM MB6 buffer pH 8.2	分辨率 2.95 Å R-free 0.256
9MF1 Crystal structure of RIT1 in the GDP state 提交 2024-12-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–197（196 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；10% w/v PEG 6000, 0.1M Bicine pH 9.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.230

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–173； UniProt 19–189

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4klz
沉积日期 deposition_date	2013-05-07
结构标题 title	Inhibition of Small GTPases by Stabilization of the GDP Complex, a Novel Approach applied to Rit1, a Target for Rheumatoid Arthritis
关键词 keywords	small GTPase, molecular switch (GTPase), GDP/GTP binding, PROTEIN BINDING, GUANINE NUCLEOTIDE BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.79 Å
零角强度 I(0) i0	6912120.00
分子量 molecular_weight	18609.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23067 Å³
包络体积 envelope_volume	25599 Å³
水化壳体积 shell_volume	14351 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.9 Å
壳层 Rg shell_rg	20.98 Å
包络 Rg envelope_rg	15.15 Å
形状 Rg shape_rg	14.80 Å
总 Rg total_rg	15.87 Å
总原子数 total_atoms	1307
残基数 n_residues	156
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9120e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9140e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6912000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.074
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1535000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GTP-binding protein Rit1
分子量 formula_weight	20085.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1336

GSSREYKLVMLGAGGVGKSAMTMQFISHRFPEDHDPTIEDAYKIRIRIDDEPANLDILDTAGQAEFTAMRDQYMRAGEGFIICYSITDRRSFHEVREFKQLIYRVRRTDDTPVVLVGNKSDLKQLRQVTKEEGLALAREFSCPFFETSAAYRYYIDDVFHALVREIRRKEKEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4klza_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4klzA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.278 Å
晶胞边长 b length_b	37.048 Å
晶胞边长 c length_c	40.736 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	40.500 Å
R 因子 r_factor	0.1979
R_work r_work	0.1854
R_free r_free	0.3110

fit	/app/data/saxs_computation/kl/4klz/4klz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kl/4klz/4klz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kl/4klz/4klz.dat

Inhibition of Small GTPases by Stabilization of the GDP Complex, a Novel Approach applied to Rit1, a Target for Rheumatoid Arthritis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein Rit1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction