4kt0

Crystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

Synechocystis sp. PCC 6803

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	L8AHT3_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–751； UniProt 1–751

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8AIC0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8AIC0_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–731； UniProt 1–731

Photosystem I iron-sulfur center

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8AST2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8AST2_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

Photosystem I subunit II

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8AFM8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8AFM8_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

Photosystem I reaction center subunit IV

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8ASH8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8ASH8_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74

Photosystem I subunit III

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8AII8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8AII8_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–165； UniProt 20–184

Photosystem I reaction center subunit IX

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8AGL9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8AGL9_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–40； UniProt 1–40

Photosystem I reaction center subunit PsaK

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8APJ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit XII × 1 （L8ADF9） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8APJ0_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–128； UniProt 1–128

Photosystem I reaction center subunit XII

Synechocystis sp. PCC 6803

UniProt L8ADF9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 × 1 （L8AHT3） Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 × 1 （L8AIC0） Photosystem I iron-sulfur center × 1 （L8AST2） Photosystem I subunit II × 1 （L8AFM8） Photosystem I reaction center subunit IV × 1 （L8ASH8） Photosystem I subunit III × 1 （L8AII8） Photosystem I reaction center subunit IX × 1 （L8AGL9） Photosystem I reaction center subunit PsaK × 1 （L8APJ0） PHYLLOQUINONE × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 3 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 4 CHLOROPHYLL A ISOMER × 2 BETA-CAROTENE × 17 CHLOROPHYLL A × 90 DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE × 2 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	L8ADF9_9SYNC
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4kt0
沉积日期 deposition_date	2013-05-19
结构标题 title	Crystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803
关键词 keywords	photosynthetic reaction center, membrane complex, plastocyanin, cytochrome C6, Ferredoxin, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4kt0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4kt0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4kt0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.73 Å
Rg（电子密度）	40.53 Å
总 Rg	41.02 Å
原子数	22022
残基数	2017
排除体积	410350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4kt0__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (19)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83036.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22051

MTISPPEREAKAKVSVDNNPVPTSFEKWGKPGHFDRTLARGPKTTTWIWNLHANAHDFDSQTSDLEDVSRKIFSAHFGHLAVVFVWLSGMYFHGAKFSNYEGWLADPTHIKPSAQVVWPIVGQGILNGDVGGGFHGIQITSGLFYLWRASGFTDSYQLYCTAIGGLVMAALMLFAGWFHYHVKAPKLEWFQNVESMMNHHLAGLLGLGSLGWAGHQIHVSMPINKLLDAGVAPKDIPLPHEFILEPSKMAELYPSFAQGLTPFFTLNWGVYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDTAHHHLAIAVLFIIAGHMYRTNWGIGHSMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLALLGSLTIIVAQHMYAMPPYPYQAIDYATQLSLFTHHMWIGGFLIVGAGAHGAIFMVRDYDPAKNVNNLLDRMLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMRALGRPQDMFSDTAIQLQPIFAQWVQHLHTLAPGATAPNALATASYAFGGETIAVAGKVAMMPITLGTADFMVHHIHAFTIHVTALILLKGVLYARSSRLVPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSGWDHVFLGLFWMYNSLSIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPDGSVTHVTLGNFAQSAITINGWLRDFLWAQAANVINSYGSALSAYGIMFLAGHFVFAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNVAPAIQPRALSIIQGRAVGVAHYLLGGIVTTWAFFLARSLSIG

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	81369.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATKFPKFSQDLAQDPTTRRIWYGIATAHDFETHDGMTEENLYQKIFASHFGHIAIIFLWTSGTLFHVAWQGNFEQWIKDPLNIRPIAHAIWDPHFGEGAVNAFTQAGASNPVNIAYSGVYHWFYTIGMTTNQELYSGAVFLLVLASLFLFAGWLHLQPKFRPSLAWFKNAESRLNHHLAGLFGVSSLAWAGHLVHVAIPEARGQHVGWDNFLSTPPHPAGLMPFFTGNWGVYAADPDTAGHIFGTSEGAGTAILTFLGGFHPQTESLWLTDIAHHHLAIAVIFIIAGHMYRTNWGIGHSIKEILNAHKGPLTGAGHTNLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPSYAFIAQDHTTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPVANKDNVLARMLEHKEALISHLSWVSLFLGFHTLGLYVHNDVVVAFGTPEKQILIEPVFAQWIQATSGKALYGFDVLLSNPDSIASTTGAAWLPGWLDAINSGTNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTALILIKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTLGWLTFYWHWKHLGVWSGNVAQFNENSTYLMGWFRDYLWANSAQLINGYNPYGVNNLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTVGYVLTYAAFLIASTAGKFG

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8837.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSHSVKIYDTCIGCTQCVRACPLDVLEMVPWDGCKAAQIASSPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSIRVYLGAETTRSMGLAY

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I subunit II
分子量 formula_weight	15663.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTELSGQPPKFGGSTGGLLSKANREEKYAITWTSASEQVFEMPTGGAAIMNEGENLLYLARKEQCLALGTQLRTKFKPKIQDYKIYRVYPSGEVQYLHPADGVFPEKVNEGREAQGTKTRRIGQNPEPVTIKFSGKAPYEV

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	8154.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MALNRGDKVRIKRTESYWYGDVGTVASVEKSGILYPVIVRFDRVNYNGFSGSASGVNTNNFAENELELVQAAAK

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I subunit III
分子量 formula_weight	18267.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MKHLLALLLAFTLWFNFAPSASADDFANLTPCSENPAYLAKSKNFLNTTNDPNSGKIRAERYASALCGPEGYPHLIVDGRFTHAGDFLIPSILFLYIAGWIGWVGRSYLIEIRESKNPEMQEVVINVPLAIKKMLGGFLWPLAAVGEYTSGKLVMKDSEIPTSPR

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4535.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MDGLKSFLSTAPVMIMALLTFTAGILIEFNRFYPDLLFHP

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit PsaK
分子量 formula_weight	13732.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTAIARERGRSKRGIALHRLEYLKENQVFEIIFGEPLSMFNTALLLAQASPTTAGWSLSVGIIMCLCNVFAFVIGYFAIQKTGKGKDLALPQLASKKTFGLPELLATMSFGHILGAGMVLGLASSGIL

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3382.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MALSDTQILAALVVALLPAFLAFRLSTELYK

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	90

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d4kt0a_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d4kt0b_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.29 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
超家族 Superfamily superfamily	f.29.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB
家族 Family family	f.29.1.1 — Photosystem I subunits PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	d4kt0c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.2 — 7-Fe ferredoxin

结构域编号 domain_id	d4kt0d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.187 — Photosystem I subunit PsaD
超家族 Superfamily superfamily	d.187.1 — Photosystem I subunit PsaD
家族 Family family	d.187.1.1 — Photosystem I subunit PsaD

结构域编号 domain_id	d4kt0e_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.4 — Electron transport accessory proteins
家族 Family family	b.34.4.2 — Photosystem I accessory protein E (PsaE)

结构域编号 domain_id	d4kt0f_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.16 — Subunit III of photosystem I reaction centre, PsaF
家族 Family family	f.23.16.1 — Subunit III of photosystem I reaction centre, PsaF

结构域编号 domain_id	d4kt0j_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.18 — Subunit IX of photosystem I reaction centre, PsaJ
家族 Family family	f.23.18.1 — Subunit IX of photosystem I reaction centre, PsaJ

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4kt0A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	4kt0B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1130 — Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaA/PsaB

结构域编号 domain_id	4kt0C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4kt0D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1470 — Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Photosystem I PsaD, reaction center subunit II

结构域编号 domain_id	4kt0E00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4kt0F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF

结构域编号 domain_id	4kt0J00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4kt0K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	860 — Alpha-t-alpha
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Photosystem I PsaK, reaction centre

▶

晶胞边长 a length_a	120.179 Å
晶胞边长 b length_b	173.308 Å
晶胞边长 c length_c	179.136 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.977 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1977
R_free r_free	0.2446

Crystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I iron-sulfur center

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I subunit II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I subunit III

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit IX

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit PsaK

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Photosystem I reaction center subunit XII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4kt0__assembly_1__model_1

4kt0__assembly_1__model_1 | I(q)

4kt0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment