4l5w

Structural implications of the secondary CO2 binding pocket in human carbonic anhydrase II

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–260 突变:F226W, N255Q ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;298 K;1.4 M sodium citrate, 50 mM Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.70 Å R-free 0.181

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4l5w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4l5w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4l5w
沉积日期 deposition_date2013-06-11
结构标题 titleStructural implications of the secondary CO2 binding pocket in human carbonic anhydrase II
关键词 keywordsallosteric regulation, thermostability, lyase; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.29
零角强度 I(0) i014515300.00
分子量 molecular_weight28988.0 kDa
排除体积 excluded_volume36428 ų
包络体积 envelope_volume40457 ų
水化壳体积 shell_volume18996 ų
包络直径 envelope_diameter59.0
壳层 Rg shell_rg24.04
包络 Rg envelope_rg17.64
形状 Rg shape_rg17.27
总 Rg total_rg18.41
总原子数 total_atoms4055
残基数 n_residues257
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.2
Rg (实空间) rg_real18.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real1.4520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.49
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14520000.0000
解质量估计 total_estimate0.8935
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.9
偏度 Skewness skewness0.062
峰度 Kurtosis kurtosis-0.463
角度范围 angular_range— – 0.4250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2557000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.984

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4l5wa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4l5wA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)