SAXSdb — 4l8r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;3'-5' exoribonuclease 1 ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	HISTONE MRNA STEM-LOOP × 1 Histone RNA hairpin-binding protein × 1 （Q14493） water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	HISTONE MRNA STEM-LOOP × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–295； UniProt 55–349 作者链 E； PDB构建体 1–295； UniProt 55–349

Histone RNA hairpin-binding protein

Homo sapiens

UniProt Q14493

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	HISTONE MRNA STEM-LOOP × 1 ;3'-5' exoribonuclease 1 ; × 1 （Q8IV48） water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLBP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 22–120； UniProt 125–223

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4l8r
沉积日期 deposition_date	2013-06-17
结构标题 title	Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex
关键词 keywords	;RNA-RNA BINDING PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX, HISTONE MRNA 3'-END PROCESSING, HISTONE MRNA TRANSLATION, MICRORNA HOMEOSTASIS, 5.8S RRNA 3 -END MATURATION, ZFP100, LSM11, NUCLEUS ;; RNA/RNA BINDING PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4l8r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4l8r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4l8r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.62 Å
Rg（电子密度）	24.54 Å
总 Rg	25.01 Å
原子数	3384
残基数	359
排除体积	58911 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4l8r__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4l8r__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HISTONE MRNA STEM-LOOP
分子量 formula_weight	8223.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	6136

CCAAAGGCUCUUUUCAGAGCCACCCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;3'-5' exoribonuclease 1 ;
分子量 formula_weight	35815.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

TSSASDFSDPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMLKESNFADSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVPRSQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFRKLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone RNA hairpin-binding protein
分子量 formula_weight	14072.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMPADFETDESVLMRRQKQINYGKNTIAYDRYIKEVPRHLRQPGIHPKTPNKFKKYSRRSWDQQIKLWKVALHFWDPPAEEGCDLQEIHPVDLESAESSSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	135

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4l8rB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — SAP domain

结构域编号 domain_id	4l8rB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	4l8rC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1120 — Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4l8rE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — SAP domain

结构域编号 domain_id	4l8rE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

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晶胞边长 a length_a	81.758 Å
晶胞边长 b length_b	90.802 Å
晶胞边长 c length_c	128.636 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	37.930 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2490

Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;3'-5' exoribonuclease 1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone RNA hairpin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4l8r__assembly_1__model_1

4l8r__assembly_1__model_1 | I(q)

4l8r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;3'-5' exoribonuclease 1 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone RNA hairpin-binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4l8r__assembly_1__model_1

4l8r__assembly_1__model_1 | I(q)

4l8r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)