4ldd

Crystal Structure of Ebola virus VP40 Hexamer

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix protein VP40

Ebola virus

UniProt Q05128

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VP40_EBOZM
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 15–297; UniProt 44–326 作者链 B; PDB构建体 15–297; UniProt 44–326 作者链 C; PDB构建体 15–297; UniProt 44–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ldd
沉积日期 deposition_date2013-06-24
结构标题 titleCrystal Structure of Ebola virus VP40 Hexamer
关键词 keywordsebolavirus matrix assembly, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ldd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ldd__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ldd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)41.38 Å
Rg(电子密度)42.21 Å
总 Rg42.37 Å
原子数7766
残基数1004
排除体积140980 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4ldd__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4lddA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Matrix protein VP40, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4lddB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Matrix protein VP40, N-terminal domain
结构域编号 domain_id4lddB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology510 — EV matrix protein fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EV matrix protein
结构域编号 domain_id4lddC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Topoisomerase I; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Matrix protein VP40, N-terminal domain

7. 引用文献 (1)