4lef

Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphotriesterase homology protein

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–292	未记录	ZN ZINC ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.84 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4LEF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BF6 PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–292（291 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
1BF6 PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–292（291 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.241

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 B； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 C； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 D； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 E； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 F； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 G； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 H； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4lef
沉积日期 deposition_date	2013-06-25
结构标题 title	Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site
关键词 keywords	PHP fold, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.78 Å
零角强度 I(0) i0	1138040000.00
分子量 molecular_weight	265910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	326650 Å³
包络体积 envelope_volume	430500 Å³
水化壳体积 shell_volume	77040 Å³
包络直径 envelope_diameter	150.4 Å
壳层 Rg shell_rg	51.97 Å
包络 Rg envelope_rg	44.40 Å
形状 Rg shape_rg	45.80 Å
总 Rg total_rg	45.96 Å
总原子数 total_atoms	18537
残基数 n_residues	2323
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.0 Å
Rg (实空间) rg_real	45.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1138000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8804
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.072
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.432
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.778

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphotriesterase homology protein
分子量 formula_weight	32951.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,A,B,E,F,G,H
原子数 atom_count	20380

MSFDPTGYTLAHEHLHIDLSGFKNNVDCRLDQYAFICQEMNDLMTRGVRNVIEMTNRYMGRNAQFMLDVMRETGINVVACTGYYQDAFFPEHVATRSVQELAQEMVDEIEQGIDGTELKAGIIAEIGTSEGKITPLEEKVFIAAALAHNQTGRPISTHTSFSTMGLEQLALLQAHGVDLSRVTVGHCDLKDNLDNILKMIDLGAYVQFDTIGKNSYYPDEKRIAMLHALRDRGLLNRVMLSMDITRRSHLKANGGYGYDYLLTTFIPQLRQSGFSQADVDVMLRENPSQFFQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	31

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1719

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4lefa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lefb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lefc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lefd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lefe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4leff_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lefg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4lefh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.9 — Metallo-dependent hydrolases
家族 Family family	c.1.9.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4lefA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4lefB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4lefC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4lefD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4lefE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4lefF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4lefG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

结构域编号 domain_id	4lefH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Metal-dependent hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.048 Å
晶胞边长 b length_b	100.308 Å
晶胞边长 c length_c	168.037 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.842 Å
最低分辨率 resolution_low	42.572 Å
R 因子 r_factor	0.1756
R_work r_work	0.1746
R_free r_free	0.2078

fit	/app/data/saxs_computation/le/4lef/4lef.fit
pddf	/app/data/pr_computation/le/4lef/4lef.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/le/4lef/4lef.dat