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4lij

Crystal structure of a far upstream element (FUSE) binding protein 1 (FUBP1) from Homo sapiens at 1.95 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Far upstream element-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96AE4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 86–174 链 B； UniProt 86–174 链 C； UniProt 86–174 片段：UNP residues 86-174 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20.00% Glycerol, 1.60M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.199
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 86–174 链 B； UniProt 86–174 链 C； UniProt 86–174 片段：UNP residues 86-174 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；20.00% Glycerol, 1.60M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.199

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4LIJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J4W COMPLEX OF THE KH3 and KH4 DOMAINS OF FBP WITH A SINGLE_STRANDED 29mer DNA OLIGONUCLEOTIDE FROM THE FUSE ELEMENT OF THE C-MYC ONCOGENE 提交 2001-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 278–447（170 aa） 片段：RESIDUES 278-447, NUMBERERED 5-174. KH3 AND KH4 DOMAINS.
突变：C59A 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
2KXH Solution structure of the first two RRM domains of FIR in the complex with FBP Nbox peptide 提交 2010-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 27–52（26 aa） 片段：UNP residues 27-52
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient
NMR测量条件 pH 8；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient
NMR样品组成 0.6 mM [U-15N] protein_1-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 1.25 mM protein_2-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 mM [U-13C; U-15N] protein_1-6, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-7, 50 mM sodium chloride-8, 2 mM TCEP-9, mM protein_2-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.3 mM [U-13C; U-15N] protein_2-11, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-12, 50 mM sodium chloride-13, 2 mM TCEP-14, mM protein_1-15, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 mM [U-13C; U-15N] protein_1-16, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-17, 50 mM sodium chloride-18, 2 mM TCEP-19, mM protein_2-20, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6Y24 Crystal structure of fourth KH domain of FUBP1 提交 2020-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 365–455（91 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.1 M sodium formate
分辨率 1.86 Å R-free 0.243
6Y2C Crystal structure of the third KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 260–350（91 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 6000, 10% ethylene glycol, 0.015M Zinkchlorid, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
6Y2C Crystal structure of the third KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 260–350（91 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 6000, 10% ethylene glycol, 0.015M Zinkchlorid, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 185–259（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 185–259（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 185–259（75 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
6Y2D Crystal structure of the second KH domain of FUBP1 提交 2020-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 185–259（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol, 2.5% Glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.239
8P25 Solution structure of a chimeric U2AF2 RRM2 / FUBP1 N-Box 提交 2023-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 21–56（36 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chimeric construct of U2AF2 linker-RRM2 and FUBP1 N-box, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FUBP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–90； UniProt 86–174 作者链 B； PDB构建体 2–90； UniProt 86–174 作者链 C； PDB构建体 2–90； UniProt 86–174

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4lij

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4lij
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4lij
沉积日期 deposition_date2013-07-02
结构标题 titleCrystal structure of a far upstream element (FUSE) binding protein 1 (FUBP1) from Homo sapiens at 1.95 A resolution
关键词 keywords;KH domain, PF00013, Structural Genomics, Joint Center for Structural Genomics, JCSG, Protein Structure Initiative, PSI-BIOLOGY, RNA-BINDING PROTEIN, Partnership for T-Cell Biology, TCELL, RNA BINDING PROTEIN ;; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.58 Å
零角强度 I(0) i013581200.00
分子量 molecular_weight25406.0 kDa
排除体积 excluded_volume30781 ų
包络体积 envelope_volume37722 ų
水化壳体积 shell_volume17187 ų
包络直径 envelope_diameter63.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.43 Å
包络 Rg envelope_rg18.70 Å
形状 Rg shape_rg18.60 Å
总 Rg total_rg19.33 Å
总原子数 total_atoms1735
残基数 n_residues219
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.2 Å
Rg (实空间) rg_real19.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8283
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3 Å
偏度 Skewness skewness0.157
峰度 Kurtosis kurtosis-0.474
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1659000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4lija_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamilyd.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family familyd.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
结构域编号 domain_idd4lijb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamilyd.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family familyd.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
结构域编号 domain_idd4lijc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamilyd.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family familyd.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4lijA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — K Homology domain, type 1
结构域编号 domain_id4lijB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — K Homology domain, type 1
结构域编号 domain_id4lijC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — K Homology domain, type 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)