4lk0

Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/T7 Gp2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C9QXI7_ECOD1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 B； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 G； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 H； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Escherichia coli

UniProt C9QV90

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C9QV90_ECOD1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342 作者链 I； PDB构建体 1–1342； UniProt 1–1342

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Escherichia coli

UniProt C5A0S8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C5A0S8_ECOBW
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407 作者链 J； PDB构建体 1–1407； UniProt 1–1407

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Escherichia coli

UniProt C9QUL2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	C9QUL2_ECOD1
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91 作者链 K； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

RNA polymerase sigma factor RpoD

Escherichia coli

UniProt P00579

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） Bacterial RNA polymerase inhibitor × 1 （P03704） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPOD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–522； UniProt 92–613 作者链 L； PDB构建体 1–522； UniProt 92–613

Bacterial RNA polymerase inhibitor

Enterobacteria phage T7

UniProt P03704

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （C9QXI7） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （C9QV90） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （C5A0S8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （C9QUL2） RNA polymerase sigma factor RpoD × 1 （P00579） MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VRPI_BPT7
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64 作者链 N； PDB构建体 1–64； UniProt 1–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4lk0
沉积日期 deposition_date	2013-07-05
结构标题 title	Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/T7 Gp2 complex
关键词 keywords	DNA directed RNA polymerase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4lk0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4lk0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4lk0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.31 Å
Rg（电子密度）	51.91 Å
总 Rg	52.11 Å
原子数	29363
残基数	3739
排除体积	523030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4lk0__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4lk0__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	26459.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	58505

MQGSVTEFLKPRLVDIEQVSSTHAKVTLEPLERGFGHTLGNALRRILLSSMPGCAVTEVEIDGVLHEYSTKEGVQEDILEILLNLKGLAVRVQGKDEVILTLNKSGIGPVTAADITHDGDVEIVKPQHVICHLTDENASISMRIKVQRGRGYVPASTRIHSEEDERPIGRLLVDACYSPVERIAYNVEAARVEQRTDLDKLVIEMETNGTIDPEEAIRRAATILAEQLEAFVDLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	536056
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	150820.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,I

MVYSYTEKKRIRKDFGKRPQVLDVPYLLSIQLDSFQKFIEQDPEGQYGLEAAFRSVFPIQSYSGNSELQYVSYRLGEPVFDVQECQIRGVTYSAPLRVKLRLVIYEREAPEGTVKDIKEQEVYMGEIPLMTDNGTFVINGTERVIVSQLHRSPGVFFDSDKGKTHSSGKVLYNARIIPYRGSWLDFEFDPKDNLFVRIDRRRKLPATIILRALNYTTEQILDLFFEKVIFEIRDNKLQMELVPERLRGETASFDIEANGKVYVEKGRRITARHIRQLEKDDVKLIEVPVEYIAGKVVAKDYIDESTGELICAANMELSLDLLAKLSQSGHKRIETLFTNDLDHGPYISETLRVDPTNDRLSALVEIYRMMRPGEPPTREAAESLFENLFFSEDRYDLSAVGRMKFNRSLLREEIEGSGILSKDDIIDVMKKLIDIRNGKGEVDDIDHLGNRRIRSVGEMAENQFRVGLVRVERAVKERLSLGDLDTLMPQDMINAKPISAAVKEFFGSSQLSQFMDQNNPLSEITHKRRISALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRVCPIETPEGPNIGLINSLSVYAQTNEYGFLETPYRKVTDGVVTDEIHYLSAIEEGNYVIAQANSNLDEEGHFVEDLVTCRSKGESSLFSRDQVDYMDVSTQQVVSVGASLIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPTLRADKPLVGTGMERAVAVDSGVTAVAKRGGVVQYVDASRIVIKVNEDEMYPGEAGIDIYNLTKYTRSNQNTCINQMPCVSLGEPVERGDVLADGPSTDLGELALGQNMRVAFMPWNGYNFEDSILVSERVVQEDRFTTIHIQELACVSRDTKLGPEEITADIPNVGEAALSKLDESGIVYIGAEVTGGDILVGKVTPKGETQLTPEEKLLRAIFGEKASDVKDSSLRVPNGVSGTVIDVQVFTRDGVEKDKRALEIEEMQLKQAKKDLSEELQILEAGLFSRIRAVLVAGGVEAEKLDKLPRDRWLELGLTDEEKQNQLEQLAEQYDELKHEFEKKLEAKRRKITQGDDLAPGVLKIVKVYLAVKRRIQPGDKMAGRHGNKGVISKINPIEDMPYDENGTPVDIVLNPLGVPSRMNIGQILETHLGMAAKGIGDKINAMLKQQQEVAKLREFIQRAYDLGADVRQKVDLSTFSDEEVMRLAENLRKGMPIATPVFDGAKEAEIKELLKLGDLPTSGQIRLYDGRTGEQFERPVTVGYMYMLKLNHLVDDKMHARSTGSYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEMLTVKSDDVNGRTKMYKNIVDGNHQMEPGMPESFNVLLKEIRSLGINIELEDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	536056
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	155366.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J

MKDLLKFLKAQTKTEEFDAIKIALASPDMIRSWSFGEVKKPETINYRTFKPERDGLFCARIFGPVKDYECLCGKYKRLKHRGVICEKCGVEVTQTKVRRERMGHIELASPTAHIWFLKSLPSRIGLLLDMPLRDIERVLYFESYVVIEGGMTNLERQQILTEEQYLDALEEFGDEFDAKMGAEAIQALLKSMDLEQECEQLREELNETNSETKRKKLTKRIKLLEAFVQSGNKPEWMILTVLPVLPPDLRPLVPLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLAAPDIIVRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGRAITGSNKRPLKSLADMIKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVITVGPYLRLHQCGLPKKMALELFKPFIYGKLELRGLATTIKAAKKMVEREEAVVWDILDEVIREHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCAAYNADFDGDQMAVHVPLTLEAQLEARALMMSTNNILSPANGEPIIVPSQDVVLGLYYMTRDCVNAKGEGMVLTGPKEAERLYRSGLASLHARVKVRITEYEKDANGELVAKTSLKDTTVGRAILWMIVPKGLPYSIVNQALGKKAISKMLNTCYRILGLKPTVIFADQIMYTGFAYAARSGASVGIDDMVIPEKKHEIISEAEAEVAEIQEQFQSGLVTAGERYNKVIDIWAAANDRVSKAMMDNLQTETVINRDGQEEKQVSFNSIYMMADSGARGSAAQIRQLAGMRGLMAKPDGSIIETPITANFREGLNVLQYFISTHGARKGLADTALKTANSGYLTRRLVDVAQDLVVTEDDCGTHEGIMMTPVIEGGDVKEPLRDRVLGRVTAEDVLKPGTADILVPRNTLLHEQWCDLLEENSVDAVKVRSVVSCDTDFGVCAHCYGRDLARGHIINKGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAASRAAAESSIQVKNKGSIKLSNVKSVVNSSGKLVITSRNTELKLIDEFGRTKESYKVPYGAVLAKGDGEQVAGGETVANWDPHTMPVITEVSGFVRFTDMIDGQTITRQTDELTGLSSLVVLDSAERTAGGKDLRPALKIVDAQGNDVLIPGTDMPAQYFLPGKAIVQLEDGVQISSGDTLARIPQESGGTKDITGGLPRVADLFEARRPKEPAILAEISGIVSFGKETKGKRRLVITPVDGSDPYEEMIPKWRQLNVFEGERVERGDVISDGPEAPHDILRLRGVHAVTRYIVNEVQDVYRLQGVKINDKHIEVIVRQMLRKATIVNAGSSDFLEGEQVEYSRVKIANRELEANGKVGATYSRDLLGITKASLATESFISAASFQETTRVLTEAAVAGKRDELRGLKENVIVGRLIPAGTGYAYHQDRMRRRAAGEAPAAPQVTAEDASASLAELLNAGLGGSDNE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	595496
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	10249.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,K

MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAELQAVTAIAEGRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	536056
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor RpoD
分子量 formula_weight	60315.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L

GRTTDPVRMYMREMGTVELLTREGEIDIAKRIEDGINQVQCSVAEYPEAITYLLEQYDRVEAEEARLSDLITGFVDPNAEEDLAPTATHVGSELSQEDLDDDEDEDEEDGDDDSADDDNSIDPELAREKFAELRAQYVVTRDTIKAKGRSHATAQEEILKLSEVFKQFRLVPKQFDYLVNSMRVMMDRVRTQERLIMKLCVEQCKMPKKNFITLFTGNETSDTWFNAAIAMNKPWSEKLHDVSEEVHRALQKLQQIEEETGLTIEQVKDINRRMSIGEAKARRAKKEMVEANLRLVISIAKKYTNRGLQFLDLIQEGNIGLMKAVDKFEYRRGYKFSTYATWWIRQAITRSIADQARTIRIPVHMIETINKLNRISRQMLQEMGREPTPEELAERMLMPEDKIRKVLKIAKEPISMETPIGDDEDSHLGDFIEDTTLELPLDSATTESLRAATHDVLAGLTAREAKVLRMRFGIDMNTDYTLEEVGKQFDVTRERIRQIEAKALRKLRHPSRSEVLRSFLDD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Bacterial RNA polymerase inhibitor
分子量 formula_weight	7181.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MSNVNTGSLSVDNKKFWATVESSEHSFEVPIYAETLDEALELAEWQYVPAGFEVTRVRPCVAPK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10760
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id	4lk0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4lk0A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4lk0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4lk0B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4lk0C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	4lk0C04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain

结构域编号 domain_id	4lk0C05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6

结构域编号 domain_id	4lk0C06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4lk0C07
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	4lk0C08
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1670 —

结构域编号 domain_id	4lk0E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

结构域编号 domain_id	4lk0F01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	601 — RNA Polymerase Primary Sigma Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Polymerase Primary Sigma Factor

结构域编号 domain_id	4lk0F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4lk0F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4lk0G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4lk0G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4lk0H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	4lk0H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	4lk0I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6

结构域编号 domain_id	4lk0I03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	4lk0I05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain

结构域编号 domain_id	4lk0I06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4lk0I07
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	4lk0I08
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1670 —

结构域编号 domain_id	4lk0J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4lk0J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4lk0K00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

结构域编号 domain_id	4lk0L01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	601 — RNA Polymerase Primary Sigma Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA Polymerase Primary Sigma Factor

结构域编号 domain_id	4lk0L02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4lk0L03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	4lk0M00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — RNA polymerase inhibitor

结构域编号 domain_id	4lk0N00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — RNA polymerase inhibitor

▶

晶胞边长 a length_a	186.364 Å
晶胞边长 b length_b	206.283 Å
晶胞边长 c length_c	307.999 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.910 Å
最低分辨率 resolution_low	39.941 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2189
R_free r_free	0.2602

Crystal Structure Analysis of the E.coli holoenzyme/T7 Gp2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase sigma factor RpoD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bacterial RNA polymerase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4lk0__assembly_1__model_1

4lk0__assembly_1__model_1 | I(q)

4lk0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer