4lw9

Crystal structure of Vibrio cholera major pseudopilin EpsG

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II secretion system protein G

Vibrio cholerae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 3 SODIUM ION × 2 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
10	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 3 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
11	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 3 CALCIUM ION × 2 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
12	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 2 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 SODIUM ION × 3 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 3 CALCIUM ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 3 SODIUM ION × 1 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 4 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 2 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 2 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 3 CALCIUM ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 CALCIUM ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
9	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 4 CALCIUM ION × 1 CHLORIDE ION × 1 PLATINUM (II) ION × 1 SULFATE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSPG_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 B； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 C； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 D； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 E； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 F； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 I； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 J； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 K； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 L； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 Q； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146 作者链 R； PDB构建体 1–112； UniProt 35–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4lw9
沉积日期 deposition_date	2013-07-26
结构标题 title	Crystal structure of Vibrio cholera major pseudopilin EpsG
关键词 keywords	TYPE II SECRETION SYSTEM, PSEUDOPILUS, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4lw9__assembly_11__model_1

Assembly 11 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4lw9__assembly_11__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4lw9__assembly_11__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.30 Å
Rg（电子密度）	15.04 Å
总 Rg	16.09 Å
原子数	938
残基数	119
排除体积	16402 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4lw9__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4lw9__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4lw9__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4lw9__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4lw9__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4lw9__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`4lw9__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`4lw9__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`4lw9__assembly_9__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`4lw9__assembly_10__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
11	1	`4lw9__assembly_11__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
12	1	`4lw9__assembly_12__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Type II secretion system protein G
分子量 formula_weight	13391.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,I,J,K,L,Q,R
原子数 atom_count	11720

GNKEKADQQKAVTDIVALENALDMYKLDNSVYPTTDQGLEALVTKPTNPEPRNYREGGYIKRLPKDPWGNDYQYLSPGDKGTIDVFTLGADGQEGGEGTGADIGNWNIQDFQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PLATINUM (II) ION
分子量 formula_weight	195.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	664

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4lw9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9J01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9L01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9Q01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

结构域编号 domain_id	4lw9R01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	700 — Glycoprotein, Type 4 Pilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycoprotein, Type 4 Pilin

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晶胞边长 a length_a	88.610 Å
晶胞边长 b length_b	70.015 Å
晶胞边长 c length_c	131.544 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.540 Å
R 因子 r_factor	0.2047
R_work r_work	0.2025
R_free r_free	0.2453

Crystal structure of Vibrio cholera major pseudopilin EpsG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II secretion system protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4lw9__assembly_11__model_1

4lw9__assembly_11__model_1 | I(q)

4lw9__assembly_11__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Vibrio cholera major pseudopilin EpsG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II secretion system protein G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4lw9__assembly_11__model_1

4lw9__assembly_11__model_1 | I(q)

4lw9__assembly_11__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)