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4lxr

Structure of the Toll - Spatzle complex, a molecular hub in Drosophila development and innate immunity

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 150.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein toll

Drosophila melanogaster

UniProt P08953

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 4 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–802 片段：UNP residues 28-802 Protein spaetzle C-106 × 2 （P48607） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；10% PEG 3350, 50 mM HEPES-Na salt, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K 分辨率 2.20 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4LXR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–228（201 aa） 片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PH 7
分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 28–228（201 aa） 片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PH 7
分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 28–228（201 aa） 片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PH 7
分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARN Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor 提交 2012-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 28–228（201 aa） 片段：TOLL RECEPTOR RESIDUES 28-228, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 RESIDUES 131-201
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；PH 7
分辨率 2.41 Å R-free 0.216
4ARR Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor with the magic triangle I3C 提交 2012-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–228（201 aa） 片段：TOLL RECEPTOR (UNP RESIDUES 28-228), VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (UNP RESIDUES 133-201)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；SODIUM MALONATE AND 5-AMINO-2,4, 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID, pH 7
分辨率 3.00 Å R-free 0.254
4ARR Crystal structure of the N-terminal domain of Drosophila Toll receptor with the magic triangle I3C 提交 2012-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 28–228（201 aa） 片段：TOLL RECEPTOR (UNP RESIDUES 28-228), VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B.61 (UNP RESIDUES 133-201)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；SODIUM MALONATE AND 5-AMINO-2,4, 6-TRIIODOISOPHTHALIC ACID, pH 7
分辨率 3.00 Å R-free 0.254
4BV4 Structure and allostery in Toll-Spatzle recognition 提交 2013-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 28–397（370 aa） 片段：PROTEIN TOLL, RESIDUES 28-397, VARIABLE LYMPHOCYTE RECEPTOR B, RESIDUES 133-201
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；15% PEG 8000, 0.1M TRIS PH 7.5, 0.1 M MGCL2
分辨率 2.35 Å R-free 0.227
4LXS Structure of the Toll - Spatzle complex, a molecular hub in Drosophila development and innate immunity (glycosylated form) 提交 2013-07-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 28–802（775 aa） 片段：UNP residues 28-802
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；100 mM HEPES, 5% (v/v) propan-2-ol, 10% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 3.30 Å R-free 0.264

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOLL_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–775； UniProt 28–802

Protein spaetzle C-106

Drosophila melanogaster

UniProt P48607

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 4 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 J； UniProt 221–326 链 K； UniProt 221–326 未记录 Protein toll × 1 （P08953） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；10% PEG 3350, 50 mM HEPES-Na salt, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 287K 分辨率 2.20 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4LXR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3E07 Crystal structure of spatzle cystine knot 提交 2008-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 221–326（106 aa） 片段：Spatzle cystine knot, Protein spaetzle C-106
链 B 221–326（106 aa） 片段：Spatzle cystine knot, Protein spaetzle C-106
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；50mM TRIS/HCl, 20% PEG 3350, 10mM betaine monohydrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
4BV4 Structure and allostery in Toll-Spatzle recognition 提交 2013-06-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 221–326（106 aa）
链 M 221–326（106 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；15% PEG 8000, 0.1M TRIS PH 7.5, 0.1 M MGCL2
分辨率 2.35 Å R-free 0.227
4LXS Structure of the Toll - Spatzle complex, a molecular hub in Drosophila development and innate immunity (glycosylated form) 提交 2013-07-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 221–326（106 aa）
链 K 221–326（106 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；287 K；100 mM HEPES, 5% (v/v) propan-2-ol, 10% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 3.30 Å R-free 0.264

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPZ_DROME
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–106； UniProt 221–326 作者链 K； PDB构建体 1–106； UniProt 221–326

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4lxr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4lxr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4lxr
沉积日期 deposition_date2013-07-30
结构标题 titleStructure of the Toll - Spatzle complex, a molecular hub in Drosophila development and innate immunity
关键词 keywords;TLR, LEUCINE-RICH REPEAT, IMMUNE SYSTEM, CYTOKINE RECEPTOR, EMBRYONIC DEVELOPMENT, INNATE IMMUNITY, RECEPTOR-LIGAND COMPLEX', IMMUNE SYSTEM-CYTOKINE complex ;; IMMUNE SYSTEM/CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.68 Å
零角强度 I(0) i0173596000.00
分子量 molecular_weight104510.0 kDa
排除体积 excluded_volume129900 ų
包络体积 envelope_volume182690 ų
水化壳体积 shell_volume38728 ų
包络直径 envelope_diameter149.1 Å
壳层 Rg shell_rg43.12 Å
包络 Rg envelope_rg42.72 Å
形状 Rg shape_rg42.65 Å
总 Rg total_rg42.81 Å
总原子数 total_atoms7314
残基数 n_residues885
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.6 Å
Rg (实空间) rg_real42.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.31 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal173500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7426
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.6 Å
偏度 Skewness skewness0.591
峰度 Kurtosis kurtosis-0.471
角度范围 angular_range— – 0.1850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20710000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.493; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.419; Smooth: 0.753
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4lxrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id4lxrJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id4lxrK00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)