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4m4w

Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 179.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

Geobacillus stearothermophilus

UniProt Q9X4C9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–454 链 B； UniProt 1–454 链 C； UniProt 1–454 链 D； UniProt 1–454 链 E； UniProt 1–454 链 F； UniProt 1–454 未记录 DNA primase × 3 （Q9X4D0） Primosomal protein DnaI × 6 （P06567） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K 分辨率 6.10 Å R-free 0.392

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4M4W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2R6A Crystal Form BH1 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；1.0M Lithium Sulfate, 5% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2R6C Crystal Form BH2 提交 2007-09-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
链 C 1–454（454 aa）
链 D 1–454（454 aa）
链 E 1–454（454 aa）
链 F 1–454（454 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；0.5M Sodium Succinate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 4.00 Å R-free 0.344
2R6D Crystal Form B1 提交 2007-09-05 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
链 C 1–454（454 aa）
链 D 1–454（454 aa）
链 E 1–454（454 aa）
链 F 1–454（454 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；1.0M Ammonium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.70 Å R-free 0.322
2R6E Crystal Form B2 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；2.5M Sodium Chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION
分辨率 5.02 Å R-free 0.397
4ESV A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates 提交 2012-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 A 1–454（454 aa）
链 B 1–454（454 aa）
链 C 1–454（454 aa）
链 D 1–454（454 aa）
链 E 1–454（454 aa）
链 F 1–454（454 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 11 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；4-7% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 3.20 Å R-free 0.289
4ESV A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates 提交 2012-04-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric
链 G 1–454（454 aa）
链 H 1–454（454 aa）
链 I 1–454（454 aa）
链 J 1–454（454 aa）
链 K 1–454（454 aa）
链 L 1–454（454 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；4-7% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 3.20 Å R-free 0.289

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9X4C9_GEOSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 B； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 C； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 D； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 E； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 F； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454

DNA primase

Geobacillus stearothermophilus

UniProt Q9X4D0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 455–597 链 H； UniProt 455–597 链 I； UniProt 455–597 片段：Helicase Binding Domain (UNP residues 455-597) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Replicative helicase × 6 （Q9X4C9） Primosomal protein DnaI × 6 （P06567） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K 分辨率 6.10 Å R-free 0.392

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4M4W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D0Q STRUCTURE OF THE ZINC-BINDING DOMAIN OF BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS DNA PRIMASE 提交 1999-09-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–103（103 aa） 片段：ZINC-BINDING DOMAIN
链 B 1–103（103 aa） 片段：ZINC-BINDING DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；LITHIUM SULFATE, SODIUM CITRATE, ZINC ACETATE, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.71 Å R-free 0.225
1Z8S DnaB binding domain of DnaG (P16) from Bacillus stearothermophilus (residues 452-597) 提交 2005-03-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 451–597（147 aa） 片段：P16, Residues 451-597
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM potassium phosphate, 200mM sodium chloride；压力 ambient
NMR样品组成 1mM U-15N P16 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM U-15N U13C P16 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5mM U-15N P16 | 50% H2O/50% D2O
分辨率未提供
2R6A Crystal Form BH1 提交 2007-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；298 K；1.0M Lithium Sulfate, 5% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2R6C Crystal Form BH2 提交 2007-09-05 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 G 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
链 H 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
链 I 455–597（143 aa） 片段：Helicase Binding Domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；0.5M Sodium Succinate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 4.00 Å R-free 0.344

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRIM_GEOSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–143； UniProt 455–597 作者链 H； PDB构建体 1–143； UniProt 455–597 作者链 I； PDB构建体 1–143； UniProt 455–597

Primosomal protein DnaI

Bacillus subtilis subsp. subtilis

UniProt P06567

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric（15） 与蛋白拷贝数一致 链 J； UniProt 1–311 链 K； UniProt 1–311 链 L； UniProt 1–311 链 M； UniProt 1–311 链 N； UniProt 1–311 链 O； UniProt 1–311 未记录 Replicative helicase × 6 （Q9X4C9） DNA primase × 3 （Q9X4D0） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；290 K；11-13% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, 50 mM TRIS, pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K 分辨率 6.10 Å R-free 0.392

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4M4W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2K7R N-terminal domain of the Bacillus subtilis helicase-loading protein DnaI 提交 2008-08-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–106（106 aa） 片段：UNP residues 1-106
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-95% 15N] DnaI, 0.5mM zinc ion, 10% [U-99% 2H] D2O, 90% H2O, 10mM sodium phosphate, 0.1% sodium azide, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNAI_BACSU
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 K； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 L； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 M； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 N； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 O； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4m4w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4m4w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4m4w
沉积日期 deposition_date2013-08-07
结构标题 titleMechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex
关键词 keywordsprimase, helicase loader, DnaB, DnaG, DnaI, DNA replication, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.96 Å
零角强度 I(0) i02904450000.00
分子量 molecular_weight456340.0 kDa
排除体积 excluded_volume573030 ų
包络体积 envelope_volume1016300 ų
水化壳体积 shell_volume142600 ų
包络直径 envelope_diameter183.0 Å
壳层 Rg shell_rg65.35 Å
包络 Rg envelope_rg55.21 Å
形状 Rg shape_rg58.95 Å
总 Rg total_rg59.17 Å
总原子数 total_atoms31981
残基数 n_residues4025
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax179.9 Å
Rg (实空间) rg_real59.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal60.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2909000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8408
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary83.0 Å
偏度 Skewness skewness-0.025
峰度 Kurtosis kurtosis-0.420
角度范围 angular_range— – 0.1300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha330000000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.408
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)