SAXSdb — 4m4w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	DNA primase × 3 （Q9X4D0） Primosomal protein DnaI × 6 （P06567）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9X4C9_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 B； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 C； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 D； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 E； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454 作者链 F； PDB构建体 1–454； UniProt 1–454

DNA primase

Geobacillus stearothermophilus

UniProt Q9X4D0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Replicative helicase × 6 （Q9X4C9） Primosomal protein DnaI × 6 （P06567）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRIM_GEOSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–143； UniProt 455–597 作者链 H； PDB构建体 1–143； UniProt 455–597 作者链 I； PDB构建体 1–143； UniProt 455–597

Primosomal protein DnaI

Bacillus subtilis subsp. subtilis

UniProt P06567

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 15	Replicative helicase × 6 （Q9X4C9） DNA primase × 3 （Q9X4D0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNAI_BACSU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 K； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 L； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 M； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 N； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311 作者链 O； PDB构建体 1–311； UniProt 1–311

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4m4w
沉积日期 deposition_date	2013-08-07
结构标题 title	Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex
关键词 keywords	primase, helicase loader, DnaB, DnaG, DnaI, DNA replication, REPLICATION; REPLICATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4m4w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4m4w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4m4w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.80 Å
Rg（电子密度）	58.96 Å
总 Rg	59.17 Å
原子数	31981
残基数	4025
排除体积	573030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4m4w__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replicative helicase
分子量 formula_weight	50699.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	31981

MSELFSERIPPQSIEAEQAVLGAVFLDPAALVPASEILIPEDFYRAAHQKIFHAMLRVADRGEPVDLVTVTAELAASEQLEEIGGVSYLSELADAVPTAANVEYYARIVEEKSVLRRLIRTATSIAQDGYTREDEIDVLLDEADRKIMEVSQRKHSGAFKNIKDILVQTYDNIEMLHNRDGEITGIPTGFTELDRMTSGFQRSDLIIVAARPSVGKTAFALNIAQNVATKTNENVAIFSLEMSAQQLVMRMLCAEGNINAQNLRTGKLTPEDWGKLTMAMGSLSNAGIYIDDTPSIRVSDIRAKCRRLKQESGLGMIVIDYLQLIQGSGRSKENRQQEVSEISRSLKALARELEVPVIALSQLSRSVEQRQDKRPMMSDIRESGSIEQDADIVAFLYRDDYYNKDSENKNIIEIIIAKQRNGPVGTVQLAFIKEYNKFVNLERRFDEAQIPPGA

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA primase
分子量 formula_weight	16796.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

KLLPAFQNAERLLLAHMMRSRDVALVVQERIGGRFNIEEHRALAAYIYAFYEEGHEADPGALISRIPGELQPLASELSLLLIADDVSEQELEDYIRHVLNRPKWLMLKVKEQEKTEAERRKDFLTAARIAKEMIEMKKMLSSS

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Primosomal protein DnaI
分子量 formula_weight	36991.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L,M,N,O

MEPIGRSLQGVTGRPDFQKRLEQMKEKVMKDQDVQAFLKENEEVIDQKMIEKSLNKLYEYIEQSKNCSYCSEDENCNNLLEGYHPKLVVNGRSIDIEYYECPVKRKLDQQKKQQSLMKSMYIQQDLLGATFQQVDISDPSRLAMFQHVTDFLKSYNETGKGKGLYLYGKFGVGKTFMLAAIANELAEKEYSSMIVYVPEFVRELKNSLQDQTLEEKLNMVKTTPVLMLDDIGAESMTSWVRDEVIGTVLQHRMSQQLPTFFSSNFSPDELKHHFTYSQRGEKEEVKAARLMERILYLAAPIRLDGENRRHPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis subsp. subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224308
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	229.055 Å
晶胞边长 b length_b	229.055 Å
晶胞边长 c length_c	364.294 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3797
R_work r_work	0.3791
R_free r_free	0.3915

Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA primase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Primosomal protein DnaI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4m4w__assembly_1__model_1

4m4w__assembly_1__model_1 | I(q)

4m4w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Mechanistic implications for the bacterial primosome assembly of the structure of a helicase-helicase loader complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicative helicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA primase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Primosomal protein DnaI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4m4w__assembly_1__model_1

4m4w__assembly_1__model_1 | I(q)

4m4w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)