4m63

Crystal Structure of a Filament-Like Actin Trimer Bound to the Bacterial Effector VopL

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization

Vibrio parahaemolyticus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Actin-5C × 3 （P10987） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 CALCIUM ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	L0I5A1_VIBPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–241； UniProt 247–484 作者链 B； PDB构建体 4–241； UniProt 247–484

Actin-5C

Drosophila melanogaster

UniProt P10987

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization × 2 （L0I5A1） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 CALCIUM ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACT1_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–377； UniProt 1–376 作者链 D； PDB构建体 2–377； UniProt 1–376 作者链 E； PDB构建体 2–377； UniProt 1–376

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4m63
沉积日期 deposition_date	2013-08-08
结构标题 title	Crystal Structure of a Filament-Like Actin Trimer Bound to the Bacterial Effector VopL
关键词 keywords	;actin nucleator, actin nucleation, HYDROLASE, WASP Homology 2 domain, VopL C-terminal domain, cytoskeleton, ATP-binding protein, ACTIN-BINDING PROTEIN ;; ACTIN-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4m63__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4m63__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4m63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.18 Å
Rg（电子密度）	38.94 Å
总 Rg	39.18 Å
原子数	23742
残基数	1518
排除体积	212430 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4m63__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization
分子量 formula_weight	26816.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	23742

GHMRLLSEDLFKQSPKLSEQELDELANNLADYLFQAADIDWHQVISEKTRGLTTEEMAKSEHRYVQAFCREILKYPDCYKSADVASPESPKSGGGSVIDVALKRLQTGRERLFTTTDEKGNRELKKGDAILESAINAARMAISTEEKNTILSNNVKSATFDVFCELPCMDGFAEQNGKTAFYALRAGFYSAFKNTDTAKQDITKFMKDNLQAGFSGYSYQGLTNRVAQLEAQLAALSAKLS

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio parahaemolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1211705
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Actin-5C
分子量 formula_weight	41808.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.3
突变 mutation	D286A, V287A, D288A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

GMCDEEVAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMEACGIHETTYNSIMKCAAAIRKDLYANTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4m63c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4m63c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d4m63d1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4m63d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

结构域编号 domain_id	d4m63e1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4m63e2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	4m63A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	4m63A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4m63B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1210 —

结构域编号 domain_id	4m63B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4m63C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4m63C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4m63C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	4m63D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4m63D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4m63D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

结构域编号 domain_id	4m63E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4m63E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	4m63E03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

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晶胞边长 a length_a	287.759 Å
晶胞边长 b length_b	66.084 Å
晶胞边长 c length_c	103.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.748 Å
最低分辨率 resolution_low	44.592 Å
R 因子 r_factor	0.2216
R_work r_work	0.2191
R_free r_free	0.2715

Crystal Structure of a Filament-Like Actin Trimer Bound to the Bacterial Effector VopL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Actin-5C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4m63__assembly_1__model_1

4m63__assembly_1__model_1 | I(q)

4m63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal Structure of a Filament-Like Actin Trimer Bound to the Bacterial Effector VopL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T3SS2 effector VopL nucleation of actin polymerization

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-5C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4m63__assembly_1__model_1

4m63__assembly_1__model_1 | I(q)

4m63__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 19 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (2)