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4m8m

Crystal structure of the active dimer of zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GCN4 coiled-coil fused zebrafish PlexinC1

Danio rerio

UniProt Q5RGW1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 456–1056 链 B； UniProt 456–1056 片段：zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region, UNP residues 456-1056 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；0.1M Bis-Tris propane, pH 9.1, 21% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 3.31 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4M8M Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4M8N Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex 提交 2013-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 455–1050（596 aa）
链 D 455–1050（596 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 3.29 Å R-free 0.299
4M8N Crystal Structure of PlexinC1/Rap1B Complex 提交 2013-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 455–1050（596 aa）
链 C 455–1050（596 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；294.15 K；0.1 M HEPES, 5% 2-propanol, 25% PEG 3350, 3.6% polypropylene glycol P400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K
分辨率 3.29 Å R-free 0.299

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q5RGW1_DANRE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 32–632； UniProt 456–1056 作者链 B； PDB构建体 32–632； UniProt 456–1056

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4m8m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4m8m
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4m8m
沉积日期 deposition_date2013-08-13
结构标题 titleCrystal structure of the active dimer of zebrafish PlexinC1 cytoplasmic region
关键词 keywordsRasGAP-like fold, GAP for Rap GTPases, Rap, Membrane, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.89 Å
零角强度 I(0) i0223630000.00
分子量 molecular_weight125730.0 kDa
排除体积 excluded_volume158950 ų
包络体积 envelope_volume220730 ų
水化壳体积 shell_volume47202 ų
包络直径 envelope_diameter142.6 Å
壳层 Rg shell_rg43.89 Å
包络 Rg envelope_rg40.90 Å
形状 Rg shape_rg40.89 Å
总 Rg total_rg41.08 Å
总原子数 total_atoms8871
残基数 n_residues1147
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.6 Å
Rg (实空间) rg_real41.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal223600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8822
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.7 Å
偏度 Skewness skewness0.328
峰度 Kurtosis kurtosis-0.432
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38910000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.684
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4m8mA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1
结构域编号 domain_id4m8mA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id4m8mB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology506 — GTPase Activation - p120GAP; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GTPase Activation - p120gap; domain 1
结构域编号 domain_id4m8mB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)