SAXSdb — 4mb4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chitinase 60

Moritella marina

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–550	突变：E153Q	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GLY GLYCINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M Na-L-glutamate, 0.02M alanine (racemic), 0.02M glycine, 0.02M lysine HCl (racemic), 0.02M serine (racemic), 0.1M MES/imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.48 Å R-free 0.170

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MB4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4HMC Crystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina 提交 2012-10-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–550（528 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；23% PEG 4000 w/v, 0.16M ammonium sulphate, 0.1M citrate buffer, pH 5.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
4HMD Crystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina with a reaction intermediate - oxazolinium ion (NGO) 提交 2012-10-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–550（528 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NGO 2-METHYL-4,5-DIHYDRO-(1,2-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSO)[2,1-D]-1,3-OXAZOLE × 2 NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；23% PEG 4000 w/v, 0.16M ammonium sulphate, 0.1M citrate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.26 Å R-free 0.248
4HME Crystal structure of cold-adapted chitinase from Moritella marina with a reaction product - NAG2 提交 2012-10-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–550（528 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；23% PEG 4000 w/v, 0.16M ammonium sulphate, 0.1M citrate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.07 Å R-free 0.212
4MB3 Crystal structure of E153Q mutant of cold-adapted chitinase from Moritella marina 提交 2013-08-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–550（528 aa）	突变：E153Q	NA SODIUM ION × 4 GLY GLYCINE × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M Na-L-glutamate, 0.02M alanine (racemic), 0.02M glycine, 0.02M lysine HCl (racemic), 0.02Mserine (racemic), 0.1M MES/imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.55 Å R-free 0.183
4MB5 Crystal structure of E153Q mutant of cold-adapted chitinase from Moritella complex with Nag5 提交 2013-08-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–550（528 aa）	突变：E153Q	NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 SO4 SULFATE ION × 1 GLY GLYCINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.02M Na-L-glutamate, 0.02M alanine (racemic), 0.02M glycine, 0.02M lysine HCl (racemic), 0.02M serine (racemic), 0.1M MES/imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.64 Å R-free 0.177
4W5Z High resolution crystal structure of catalytic domain of Chitinase 60 from psychrophilic bacteria Moritella marina. 提交 2014-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–345（345 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；45% v/v MPD, 0.2M ammonium acetate and 0.1M Bis Tris pH 5.5.	分辨率 1.32 Å R-free 0.150
9FBO Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–422（400 aa）链 A 505–550（46 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, a mix of monosaccharides: 20 mM of each: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine and 0.1 M MES/imidazole	分辨率 2.69 Å R-free 0.252
9FBO Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–422（400 aa）链 B 505–550（46 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, a mix of monosaccharides: 20 mM of each: D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine and 0.1 M MES/imidazole	分辨率 2.69 Å R-free 0.252
9FBP Deletion mutant MmChi60 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–347（325 aa）链 A 505–550（46 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.1 M sodium malonate, 0.5% Jeffamine ED-2001 and 0.1 M HEPES at pH 7.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.219
9FBP Deletion mutant MmChi60 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–347（325 aa）链 B 505–550（46 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.1 M sodium malonate, 0.5% Jeffamine ED-2001 and 0.1 M HEPES at pH 7.0	分辨率 1.84 Å R-free 0.219
9FBQ Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–345（323 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；45% (v/v) MPD, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-tris	分辨率 1.48 Å R-free 0.206
9FBR Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–345（323 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；22% (w/v) Poly(acrylic acid sodium salt) average Mw ~5100 Da, 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, with N,N',N'', N'''-tetraacetylchitotetraose (NAG4 )	分辨率 1.74 Å R-free 0.222
9FBS Deletion mutant of chitinase MmChi60 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–345（323 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 0.4 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.0	分辨率 2.35 Å R-free 0.266

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B1VBB0_VIBMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–528； UniProt 23–550

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mb4
沉积日期 deposition_date	2013-08-19
结构标题 title	Crystal structure of E153Q mutant of cold-adapted chitinase from Moritella complex with Nag4
关键词 keywords	;TIM-barrel, alpha/beta-barrel Ig-like, Immunoglobulin like domain, ChBD, Chitin binding domain, Nag4, Chitinase, hydrolaze, low activity mutant, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.41 Å
零角强度 I(0) i0	58498500.00
分子量 molecular_weight	59989.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74479 Å³
包络体积 envelope_volume	109370 Å³
水化壳体积 shell_volume	26361 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.94 Å
包络 Rg envelope_rg	39.99 Å
形状 Rg shape_rg	38.47 Å
总 Rg total_rg	38.25 Å
总原子数 total_atoms	4233
残基数 n_residues	528
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	58460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6145
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.678
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.605
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5765000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.156; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.147; Smooth: 0.369

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chitinase 60
分子量 formula_weight	58616.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.14
突变 mutation	E153Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5039

GTITSQDDNVVVGYWHNWCDGRGYQGGNAPCVELKTVNPQYNVVNISFMKVYDIAEGRIPTFKLDPTIALSEAEFIAQIDTLNSQGRSVLIALGGADAHIELTRGDEDALAAEIIRLTDLYGFDGLDIDLQQAAITAKDNQFVIPAALKMVKEHYRKTGDNFMITMAPEFPYLTANGAYTPYLTELDGYYDFINPQFYNQGGDGLWIEGVGWIAQNNDALKEEFIYYIADSLINGTRNYHKIPHDKLVFGLPSNIDAAATGYIQDPQDLYKAFDRLKAQGQPLRGVMTWSVNWDMGTDAANNSYNQQFIKDYGNFIHNQLPPVTDMTPTLSGIVDTRVELDSHFDPLIGITAKDYQGNDITADVTVSGSVNTNQVGDYLLTYSVSSDDETTNQPRKITVYEILPAFTGITDTTVVIDSEFDPMQGVSASHPTQGDLTANITVTGEVDTNVVGVYELTYQLFYGQDNQQNMTDKRIVTVVTDAVSDDDWQVGSTYVKDDKVTHNGATWTAQWWTKGEEPGTTGEWGVWR

来源 Source

来源生物 organism	Moritella marina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	90736
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	830.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	687

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4mb4A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	4mb4A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4mb4A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4mb4A04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	10 — Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Carbohydrate-binding module superfamily 5/12

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	67.318 Å
晶胞边长 b length_b	67.318 Å
晶胞边长 c length_c	255.764 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 1 2
空间群编号 int_tables_number	151
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.481 Å
最低分辨率 resolution_low	33.371 Å
R 因子 r_factor	0.1344
R_work r_work	0.1340
R_free r_free	0.1702

fit	/app/data/saxs_computation/mb/4mb4/4mb4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mb/4mb4/4mb4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mb/4mb4/4mb4.dat

Crystal structure of E153Q mutant of cold-adapted chitinase from Moritella complex with Nag4