4mcx

P. vulgaris HIGBA structure, crystal form 2

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Antidote protein

Proteus vulgaris

UniProt Q7A224

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Killer protein × 2 (Q7A225) water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Killer protein × 2 (Q7A225) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7A224_PROVU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 C; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 E; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104

Killer protein

Proteus vulgaris

UniProt Q7A225

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Antidote protein × 2 (Q7A224) water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Antidote protein × 2 (Q7A224) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7A225_PROVU
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 22–113; UniProt 1–92 作者链 D; PDB构建体 22–113; UniProt 1–92 作者链 F; PDB构建体 22–113; UniProt 1–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4mcx
沉积日期 deposition_date2013-08-21
结构标题 titleP. vulgaris HIGBA structure, crystal form 2
关键词 keywords;bacterial toxins, biofilms, cell metabolism, energy metabolism, helix-turn-helix transcription factors, microbial pathogenesis, stress response, stringent response, transcription repressor, translation control, antitoxin, TOXIN ;; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4mcx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4mcx__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4mcx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)22.98 Å
Rg(电子密度)22.00 Å
总 Rg22.84 Å
原子数2947
残基数370
排除体积52444 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4mcx__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4mcx__assembly_2__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4mcxa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.3 — SinR domain-like
结构域编号 domain_idd4mcxc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.3 — SinR domain-like
结构域编号 domain_idd4mcxe_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.35 — lambda repressor-like DNA-binding domains
超家族 Superfamily superfamilya.35.1 — lambda repressor-like DNA-binding domains
家族 Family familya.35.1.3 — SinR domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4mcxA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id4mcxB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — RelE-like
结构域编号 domain_id4mcxC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id4mcxD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — RelE-like
结构域编号 domain_id4mcxE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
结构域编号 domain_id4mcxF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2310 — YaeB-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — RelE-like
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7. 引用文献 (1)