SAXSdb — 4mel

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–288	片段：DUSP-UBL domains, UNP residues 67-288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES/imidazole, 30 mM Na Nitrate, 30 mM Na phosphate and 30 mM Na sulphate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 67–288	片段：DUSP-UBL domains, UNP residues 67-288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES/imidazole, 30 mM Na Nitrate, 30 mM Na phosphate and 30 mM Na sulphate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.297
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 67–288 链 B； UniProt 67–288	片段：DUSP-UBL domains, UNP residues 67-288	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M MES/imidazole, 30 mM Na Nitrate, 30 mM Na phosphate and 30 mM Na sulphate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MEL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 295–489（195 aa）链 A 778–937（160 aa）	突变：C318S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C318S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2	分辨率 2.44 Å R-free 0.235
8OYP Crystal structure of Ubiquitin specific protease 11 (USP11) in complex with a substrate mimetic 提交 2023-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 295–489（195 aa）链 B 778–937（160 aa）	突变：C318S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：C318S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CD CADMIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 11.25% v/v MPD; 11.25% PEG 1000; 11.25% w/v PEG 3350 with 5 mM CdCl2	分辨率 2.44 Å R-free 0.235

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP11_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–223； UniProt 67–288 作者链 B； PDB构建体 2–223； UniProt 67–288

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mel
沉积日期 deposition_date	2013-08-27
结构标题 title	Crystal Structure of the human USP11 DUSP-UBL domains
关键词 keywords	;DOMAIN PRESENT IN UBIQUITIN SPECIFIC PROTEASES (DUSP), UBIQUITIN-LIKE DOMAIN (UBL), DEUBIQUITINATING ENZYME, DUB, DU FINGER, UBIQUITIN THIOLESTERASE, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.06 Å
零角强度 I(0) i0	38720900.00
分子量 molecular_weight	48489.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60573 Å³
包络体积 envelope_volume	82514 Å³
水化壳体积 shell_volume	23777 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.82 Å
包络 Rg envelope_rg	29.37 Å
形状 Rg shape_rg	30.08 Å
总 Rg total_rg	30.58 Å
总原子数 total_atoms	3438
残基数 n_residues	426
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38720000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6943
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	46.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.028
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.790
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4386000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.888

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4melA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2230 — DUSP-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DUSP-like

结构域编号 domain_id	4melA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	4melB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2230 — DUSP-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DUSP-like

结构域编号 domain_id	4melB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	27.725 Å
晶胞边长 b length_b	131.982 Å
晶胞边长 c length_c	72.029 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.71 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.899 Å
最低分辨率 resolution_low	37.474 Å
R 因子 r_factor	0.2341
R_work r_work	0.2311
R_free r_free	0.2967

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11
分子量 formula_weight	26804.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3449

Crystal Structure of the human USP11 DUSP-UBL domains

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

fit	/app/data/saxs_computation/me/4mel/4mel.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/4mel/4mel.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/4mel/4mel.dat