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4mew

Structure of the core fragment of human PR70

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Serine/threonine-protein phosphatase 2A regulatory subunit B'' subunit beta ;

Homo sapiens

UniProt Q9Y5P8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 130–483 片段：Residues 130-483 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 16% PEG 2000 monomethyl ether, 0.15 M trimethylamine N-oxide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K 分辨率 1.99 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4MEW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4I5L Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 122–490（369 aa） 片段：UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 MLI MALONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；0.1M Na Malonate, 12% PEG 3350 + 6.2mg/mL protein in buffer Tris, 150mM NaCl , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.43 Å R-free 0.228
4I5L Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 122–490（369 aa） 片段：UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 MLI MALONATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；0.1M Na Malonate, 12% PEG 3350 + 6.2mg/mL protein in buffer Tris, 150mM NaCl , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.43 Å R-free 0.228
4I5N Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 122–490（369 aa） 片段：UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；296 K；0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.80 Å R-free 0.250
4I5N Structural mechanism of trimeric PP2A holoenzyme involving PR70: insight for Cdc6 dephosphorylation 提交 2012-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 122–490（369 aa） 片段：UNP Q9Y5P8 residues 122-490 and UNP Q99741 residues 70-90
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；296 K；0.03M Succinic acid with 7% PEG 3350. Protein (6.2mg/mL) in 10mM tris pH 8.0, 150mM NaCl, 5mM DTT, 1mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.80 Å R-free 0.250

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P2R3B_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–356； UniProt 130–483

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4mew

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4mew
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4mew
沉积日期 deposition_date2013-08-27
结构标题 titleStructure of the core fragment of human PR70
关键词 keywordsEF-hands, Protein Phosphatase, Calcium Binding, METAL BINDING PROTEIN, hydrolase, cell cycle; hydrolase, cell cycle
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.25 Å
零角强度 I(0) i029197500.00
分子量 molecular_weight41078.0 kDa
排除体积 excluded_volume50995 ų
包络体积 envelope_volume62224 ų
水化壳体积 shell_volume22490 ų
包络直径 envelope_diameter88.6 Å
壳层 Rg shell_rg30.21 Å
包络 Rg envelope_rg24.61 Å
形状 Rg shape_rg24.20 Å
总 Rg total_rg25.15 Å
总原子数 total_atoms2858
残基数 n_residues339
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.3 Å
Rg (实空间) rg_real25.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6100e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8537
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.6 Å
偏度 Skewness skewness0.508
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5163000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.786; Smooth: 0.964
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4mewA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily230 —
结构域编号 domain_id4mewA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220 —
结构域编号 domain_id4mewA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)