SAXSdb — 4mi8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2 homolog (Gene 16?)

Murid herpesvirus 4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Beclin-1 × 1 （Q14457） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Beclin-1 × 1 （Q14457） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Beclin-1 × 4 （Q14457） SULFATE ION × 8 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P89884_MHV68
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–137； UniProt 2–136 作者链 B； PDB构建体 3–137； UniProt 2–136

Beclin-1

物种未注明

UniProt Q14457

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Bcl-2 homolog (Gene 16?) × 1 （P89884） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Bcl-2 homolog (Gene 16?) × 1 （P89884） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Bcl-2 homolog (Gene 16?) × 4 （P89884） SULFATE ION × 8 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BECN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–26； UniProt 107–130 作者链 D； PDB构建体 3–26； UniProt 107–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mi8
沉积日期 deposition_date	2013-08-30
结构标题 title	Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide
关键词 keywords	BH3D, Bcl-2 family, anti-apoptotic and anti-autophagic activities, VIRAL PROTEIN-APOPTOSIS complex; VIRAL PROTEIN/APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4mi8__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4mi8__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4mi8__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.20 Å
Rg（电子密度）	27.19 Å
总 Rg	28.08 Å
原子数	5124
残基数	626
排除体积	91122 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4mi8__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4mi8__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4mi8__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bcl-2 homolog (Gene 16?)
分子量 formula_weight	16652.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2695

MASHKKSGTYWATLITAFLKTVSKVEELDCVDSAVLVDVSKIITLTQEFRRHYDSVYRADYGPALKNWKRDLSKLFTSLFVDVINSGRIVGFFDVGRYVCEEVLCPGSWTEDHELLNDCMTHFFIENNLMNHFPLEDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Murid herpesvirus 4
通用名 common_name	MuHV-4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beclin-1
分子量 formula_weight	2845.2 kDa
突变 mutation	G120E, D121A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GSGTMENLSRRLKVTEALFDIMSGQT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4mi8A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

结构域编号 domain_id	4mi8B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Blc2-like

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晶胞边长 a length_a	70.598 Å
晶胞边长 b length_b	140.844 Å
晶胞边长 c length_c	54.038 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.81 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	27.160 Å
R 因子 r_factor	0.1597
R_work r_work	0.1564
R_free r_free	0.2236

Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2 homolog (Gene 16?)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beclin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mi8__assembly_3__model_1

4mi8__assembly_3__model_1 | I(q)

4mi8__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and a Beclin 1 BH3 domain-derived peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2 homolog (Gene 16?)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beclin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mi8__assembly_3__model_1

4mi8__assembly_3__model_1 | I(q)

4mi8__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)