SAXSdb — 4mky

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	5'-D(PDGPDCPDGPDGPDC)-3' × 2 5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDGPDTPDAP*DC)-3' × 2 water × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	5'-D(PDGPDCPDGPDGPDC)-3' × 2 5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDGPDTPDAP*DC)-3' × 2 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y938_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–303； UniProt 1–300 作者链 B； PDB构建体 4–303； UniProt 1–300 作者链 C； PDB构建体 4–303； UniProt 1–300 作者链 D； PDB构建体 4–303； UniProt 1–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mky
沉积日期 deposition_date	2013-09-05
结构标题 title	Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with an annealed double-strand DNA break.
关键词 keywords	protein-DNA complex, transferase-DNA complex, Nucleotide-binding, polymerase, primase, transferase; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4mky__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4mky__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4mky__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.61 Å
Rg（电子密度）	26.94 Å
总 Rg	27.65 Å
原子数	4866
残基数	593
排除体积	84725 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4mky__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4mky__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965
分子量 formula_weight	32825.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9936

GSHMGSASEQRVTLTNADKVLYPATGTTKSDIFDYYAGVAEVMLGHIAGRPATRKRWPNGVDQPAFFEKQLALSAPPWLSRATVAHRSGTTTYPIIDSATGLAWIAQQAALEVHVPQWRFVAEPGSGELNPGPATRLVFDLDPGEGVMMAQLAEVARAVRDLLADIGLVTFPVTSGSKGLHLYTPLDEPVSSRGATVLAKRVAQRLEQAMPALVTSTMTKSLRAGKVFVDWSQNSGSKTTIAPYSLRGRTHPTVAAPRTWAELDDPALRQLSYDEVLTRIARDGDLLERLDADAPVADRLTRY

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PDGPDCPDGPDGP*DC)-3'
分子量 formula_weight	1521.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,G,I,K

GCGGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(DGPDCPDCPDGPDCPDAPDGPDTPDAPDC)-3'
分子量 formula_weight	3030.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,H,J,L

GCCGCAGTAC

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4mkyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3300 —

结构域编号 domain_id	4mkyB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3300 —

结构域编号 domain_id	4mkyC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3300 —

结构域编号 domain_id	4mkyD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3300 —

▶

晶胞边长 a length_a	87.580 Å
晶胞边长 b length_b	80.110 Å
晶胞边长 c length_c	118.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	37.640 Å
R 因子 r_factor	0.1997
R_work r_work	0.1973
R_free r_free	0.2453

Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with an annealed double-strand DNA break.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mky__assembly_1__model_1

4mky__assembly_1__model_1 | I(q)

4mky__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Polymerase Domain from Mycobacterium tuberculosis Ligase D in complex with an annealed double-strand DNA break.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase-like protein Rv0938/MT0965

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mky__assembly_1__model_1

4mky__assembly_1__model_1 | I(q)

4mky__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)