SAXSdb — 4mmf

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transporter

Aquifex aeolicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SODIUM ION × 2 (5R)-5-(4-chlorophenyl)-2,5-dihydro-3H-imidazo[2,1-a]isoindol-5-ol × 1 octyl beta-D-glucopyranoside × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	SODIUM ION × 2 (5R)-5-(4-chlorophenyl)-2,5-dihydro-3H-imidazo[2,1-a]isoindol-5-ol × 1 octyl beta-D-glucopyranoside × 3 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SODIUM ION × 4 (5R)-5-(4-chlorophenyl)-2,5-dihydro-3H-imidazo[2,1-a]isoindol-5-ol × 2 octyl beta-D-glucopyranoside × 5 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O67854_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513 作者链 B； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mmf
沉积日期 deposition_date	2013-09-08
结构标题 title	Crystal structure of LeuBAT (delta5 mutant) in complex with mazindol
关键词 keywords	transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4mmf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4mmf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4mmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.75 Å
Rg（电子密度）	22.47 Å
总 Rg	23.47 Å
原子数	4074
残基数	504
排除体积	74968 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4mmf__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4mmf__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4mmf__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transporter
分子量 formula_weight	57927.2 kDa
突变 mutation	N21Y, G24D, T254S, S256G, I359G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8220

MEVKREHWATRLGLILAMAGYAVDLGNFLRFPVQAAENGGGAFMIPYIIAFLLVGIPLMWIEWAMGRYGGAQGHGTTPAIFYLLWRNRFAKILGVFGLWIPLVVAIYYVYIESWTLGFAIKFLVGLVPEPPPNATDPDSILRPFKEFLYSYIGVPKGDEPILKPSLFAYIVFLITMFINVSILIRGISKGIERFAKIAMPTLFILAVFLVIRVFLLETPNGTAADGLNFLWTPDFEKLKDPGVWIAAVGQIFFSLGLGFGAIITYASYVRKDQDIVLSGLTAATLNEKAEVILGGSISIPAAVAFFGVANAVAIAKAGAFNLGFITLPAIFSQTAGGTFLGFLWFFLLFFAGLTSSIAGMQPMIAFLEDELKLSRKHAVLWTAAIVFFSAHLVMFLNKSLDEMDFWAGTIGVVFFGLTELIIFFWIFGADKAWEEINRGGIIKVPRIYYYVMRYITPAFLAVLLVVWAREYIPKIMEETHWTVWITRFYIIGLFLFLTFLVFLAERRRNHESAGTLVP

来源 Source

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(5R)-5-(4-chlorophenyl)-2,5-dihydro-3H-imidazo[2,1-a]isoindol-5-ol
分子量 formula_weight	284.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4mmfa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.54 — SNF-like
超家族 Superfamily superfamily	f.54.1 — SNF-like
家族 Family family	f.54.1.1 — SNF-like

结构域编号 domain_id	d4mmfb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.54 — SNF-like
超家族 Superfamily superfamily	f.54.1 — SNF-like
家族 Family family	f.54.1.1 — SNF-like

▶

晶胞边长 a length_a	84.227 Å
晶胞边长 b length_b	92.137 Å
晶胞边长 c length_c	87.827 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	38.850 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2360

Crystal structure of LeuBAT (delta5 mutant) in complex with mazindol

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transporter

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mmf__assembly_1__model_1

4mmf__assembly_1__model_1 | I(q)

4mmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of LeuBAT (delta5 mutant) in complex with mazindol

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transporter

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mmf__assembly_1__model_1

4mmf__assembly_1__model_1 | I(q)

4mmf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)