4ms8

42F3 TCR pCPB9/H-2Ld Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–203	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R	42F3 alpha × 1 42F3 beta × 1 pCPB9 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；20% PEG 4000, 100mM TRIS pH8, 200mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.92 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MS8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LD9 THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN H-2LD PEPTIDE COMPLEX EXPLAINS THE UNIQUE INTERACTION OF LD WITH BETA2M AND PEPTIDE 提交 1997-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–292（268 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1LD9 THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN H-2LD PEPTIDE COMPLEX EXPLAINS THE UNIQUE INTERACTION OF LD WITH BETA2M AND PEPTIDE 提交 1997-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 25–292（268 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.279
1LDP CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE MHC CLASS I H-2LD WITH A MIXTURE OF BOUND PEPTIDES 提交 1998-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 25–296（272 aa）片段：CHAIN H IS THE HEAVY CHAIN, PEPTIDE BINDING DOMAIN, CHAIN L IS THE LIGHT CHAIN OR BETA-2-MICROGLOBULIN	突变：HEAVY CHAIN TRUNCATED AFTER RESIDUE 274, B2M, LIGHT CHAIN TRUNCATED AFTER RESIDUE 99	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100MM SODIUM CACODYLATE, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.5M SODIUM BROMIDE, 30% PEG 8000, PH 6.5.	分辨率 3.10 Å R-free 0.371
2E7L Structure of a high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2007-01-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 25–205（181 aa）片段：alpha 1,2 domains (UNP RESIDUES 25-205)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M ammonium phosphate, 20% PEG 3350, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
2E7L Structure of a high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2007-01-11	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 25–205（181 aa）片段：alpha 1,2 domains (UNP RESIDUES 25-205)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2M ammonium phosphate, 20% PEG 3350, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
2OI9 Structure of the 2C/Ld/QL9 allogeneic complex 提交 2007-01-10	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–203（179 aa）片段：alpha 1,2 domains	突变：F9Y, V12T, I23T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；298 K；0.9M sodium dihydrogen phosphate, 0.01M di-potassium hydrogen phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.226
3E2H Structure of the m67 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-05	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–199（175 aa）	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, R97W, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；2M ammonium tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.80 Å R-free 0.276
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 c 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 U 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3E3Q Structure of the 3alpham13 high-affinity mutant of the 2C TCR in complex with Ld/QL9 提交 2008-08-07	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 Y 25–199（175 aa）片段：UNP residues 25-199	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, I66V, W97R, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium citrate, 20% PEG 3350, 3% trimethyl amine N-oxide dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
3UO1 Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen 提交 2011-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 70–78（9 aa）片段：H-2L(d) PEPTIDE SEGMENT 46-54	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；antibody at 6.8 mg/ml mixed with equimolar peptide and then 1:1 with 0.1 M LiSO4, 0.1 M TRIS, 30% w/v PEG 3000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.64 Å R-free 0.206
3UYR Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen 提交 2011-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 70–77（8 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M LiSO4, 0.1M Tris pH 8.5, 30% (w/v) PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.226
3V4U Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen 提交 2011-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 70–78（9 aa）片段：H-2L(d) PEPTIDE SEGMENT 46-54	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M LiSO4, 0.1M Tris, 30%(w/v)PEG 3000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.64 Å R-free 0.251
3V52 Structure of a monoclonal antibody complexed with its MHC-I antigen 提交 2011-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 70–77（8 aa）片段：H-2Ld peptide p46-53	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1M LiSO4, 0.1M Tris, 30% (w/v/) PEG 3000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.227
3VJ6 Structure of the MHC class Ib molecule Qa-1b 提交 2011-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 3–11（9 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；6% PEG 4000, 10mM NiCl2, 0.1M sodium acetate, pH 6.3. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.242
4MVB 42F3 pCPB7/H-2Ld Complex 提交 2013-09-23	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–203（179 aa）片段：UNP residues 25-203	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG 3350, 100mM BIS-TRIS pH 5.5 and 200mM ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.09 Å R-free 0.279
4MXQ 42F3 TCR pCPC5/H-2Ld Complex 提交 2013-09-26	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–203（179 aa）片段：UNP residues 25-203	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；14% PEG 3350, 100mM BIS-TRIS, pH 7.0 and 200mM magnesium nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.240
4N0C 42F3 TCR pCPE3/H-2Ld complex 提交 2013-10-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–203（179 aa）片段：UNP residues 25-203	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；17% PEG 3350 and 100mM BiS-TRIS, pH 6.6 and 200mM magnesium nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
4N0C 42F3 TCR pCPE3/H-2Ld complex 提交 2013-10-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 25–203（179 aa）片段：UNP residues 25-203	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；17% PEG 3350 and 100mM BiS-TRIS, pH 6.6 and 200mM magnesium nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.247
4N5E 42F3 TCR pCPA12/H-2Ld complex 提交 2013-10-09	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–203（179 aa）片段：UNP residues 25-203	突变：F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；16% PEG 3350, 100mM TRIS, pH 7.5 and 200mM magnesium nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.06 Å R-free 0.227
4NHU The M33 TCR p3M33l/H-2 Ld Complex 提交 2013-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 25–204（180 aa）	突变：N30D, A49V, I66V, W97R, K131R, W167A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Crystals grown in 20% PEG 3350 and 200mM Ammonium Nitrate and micro seeded into 20% PEG 3350 and 200mM Ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
4NHU The M33 TCR p3M33l/H-2 Ld Complex 提交 2013-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 25–204（180 aa）	突变：N30D, A49V, I66V, W97R, K131R, W167A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Crystals grown in 20% PEG 3350 and 200mM Ammonium Nitrate and micro seeded into 20% PEG 3350 and 200mM Ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5VCL Structure of the Qdm peptide bound to Qa-1a 提交 2017-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 3–11（9 aa）片段：UNP residues 3-11	未记录	GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；5% polyethylene glycol 1000, 40% ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 6.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.246
8D5N Crystal structure of Ld-HF10 提交 2022-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 25–298（274 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PPI PROPANOIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% w/v PEG10K, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH5.5, and 1M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
8D5N Crystal structure of Ld-HF10 提交 2022-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 25–298（274 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% w/v PEG10K, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate pH5.5, and 1M Lithium sulfate monohydrate	分辨率 1.80 Å R-free 0.219
8D5Q TCR TG6 in complex with Ld-HF10 提交 2022-06-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 25–203（179 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11 % w/v PEG 8000, 0.1 M MES 6.0, 0.24 M Ammonium sulfate	分辨率 2.50 Å R-free 0.222
8UMO Murine CD94-NKG2A receptor in complex with Qa-1b presenting AMAPRTLLL 提交 2023-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 3–11（9 aa）片段：UNP residues 3-11	未记录	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；23% PEG3350 and 0.2M NaBr	分辨率 2.60 Å R-free 0.251

共 20 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA1L_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–180； UniProt 25–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ms8
沉积日期 deposition_date	2013-09-18
结构标题 title	42F3 TCR pCPB9/H-2Ld Complex
关键词 keywords	Ig, TCR MHC, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.46 Å
零角强度 I(0) i0	77986700.00
分子量 molecular_weight	68144.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84469 Å³
包络体积 envelope_volume	108860 Å³
水化壳体积 shell_volume	31924 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.68 Å
包络 Rg envelope_rg	29.36 Å
形状 Rg shape_rg	29.45 Å
总 Rg total_rg	30.08 Å
总原子数 total_atoms	4813
残基数 n_residues	606
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0810e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	77980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8767
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.476
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	15750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.920; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	42F3 alpha
分子量 formula_weight	23383.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	5275

GSHMAQSVTQPDARVTVSEGASLQLRCKYSYSATPYLFWYVQYPRQGLQMLLKYYSGDPVVQGVNGFEAEFSKSDSSFHLRKASVHWSDSAVYFCAVSAKGTGSKLSFGKGAKLTVSPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	42F3 beta
分子量 formula_weight	27248.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGEAAVTQSPRNKVTVTGGNVTLSCRQTNSHNYMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGNLQIGDVPDGYKATRTTQEDFFLLLELASPSQTSLYFCASSDAPGQLYFGEGSKLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
分子量 formula_weight	21115.3 kDa
突变 mutation	F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGPHSMRYYETATSRRGLGEPRYTSVGYVDDKEFVRFDSDAENPRYEPQVPWMEQEGPEYWERITQIAKGQEQWFRVNLRTLLGYYNQSAGGTHTLQWMYGCDVGSDGRLLRGYEQFAYDGCDYIALNEDLRTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAEYYRAYLEGECVEWLHRYLKNGNATL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	pCPB9
分子量 formula_weight	938.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPAEAGFFL

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	456

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4ms8a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ms8a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ms8c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ms8c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d4ms8d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ms8d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4ms8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	4ms8C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ms8C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ms8D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4ms8D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	175.260 Å
晶胞边长 b length_b	60.620 Å
晶胞边长 c length_c	70.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.922 Å
最低分辨率 resolution_low	34.854 Å
R 因子 r_factor	0.1825
R_work r_work	0.1805
R_free r_free	0.2189

fit	/app/data/saxs_computation/ms/4ms8/4ms8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ms/4ms8/4ms8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ms/4ms8/4ms8.dat

42F3 TCR pCPB9/H-2Ld Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)