4mtk

Crystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type VI Secretion System

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VgrG1

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 143 TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 113 TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9I741_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–643； UniProt 1–643 作者链 B； PDB构建体 1–643； UniProt 1–643 作者链 C； PDB构建体 1–643； UniProt 1–643 作者链 D； PDB构建体 1–643； UniProt 1–643 作者链 E； PDB构建体 1–643； UniProt 1–643 作者链 F； PDB构建体 1–643； UniProt 1–643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mtk
沉积日期 deposition_date	2013-09-19
结构标题 title	Crystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type VI Secretion System
关键词 keywords	Beta-barrel, OB-fold, Beta-helix, Type VI secretion system central spike, Secreted outside of the cell, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4mtk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4mtk__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4mtk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	48.03 Å
Rg（电子密度）	48.47 Å
总 Rg	48.63 Å
原子数	15657
残基数	1881
排除体积	269570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4mtk__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4mtk__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VgrG1
分子量 formula_weight	72098.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	31170

MQLTRLVQVDCPLGPDVLLLQRMEGREELGRLFAYELHLVSENPNLPLEQLLGKPMSLSLELPGGSRRFFHGIVARCSQVAGHGQFAGYQATLRPWPWLLTRTSDCRIFQNQSVPEIIKQVFRNLGFSDFEDALTRPYREWEYCVQYRETSFDFISRLMEQEGIYYWFRHEQKRHILVLSDAYGAHRSPGGYASVPYYPPTLGHRERDHFFDWQMAREVQPGSLTLNDYDFQRPGARLEVRSNIARPHAAADYPLYDYPGEYVQSQDGEQYARNRIEAIQAQHERVRLRGVVRGIGAGHLFRLSGYPRDDQNREYLVVGAEYRVVQELYETGSGGAGSQFESELDCIDASQSFRLLPQTPVPVVRGPQTAVVVGPKGEEIWTDQYGRVKVHFHWDRHDQSNENSSCWIRVSQAWAGKNWGSMQIPRIGQEVIVSFLEGDPDRPIITGRVYNAEQTVPYELPANATQSGMKSRSSKGGTPANFNEIRMEDKKGAEQLYIHAERNQDNLVENDASLSVGHDRNKSIGHDELARIGNNRTRAVKLNDTLLVGGAKSDSVTGTYLIEAGAQIRLVCGKSVVEFNADGTINISGSAFNLYASGNGNIDTGGRLDLNSGGASEVDAKGKGVQGTIDGQVQAMFPPPAKG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	256

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	4mtkA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4mtkA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Baseplate protein-like domains

结构域编号 domain_id	4mtkA03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4mtkA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Gp5 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4mtkB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4mtkB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Baseplate protein-like domains

结构域编号 domain_id	4mtkB03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4mtkB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Gp5 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4mtkC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4mtkC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Baseplate protein-like domains

结构域编号 domain_id	4mtkC03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4mtkC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Gp5 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4mtkD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4mtkD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Baseplate protein-like domains

结构域编号 domain_id	4mtkD03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4mtkD04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Gp5 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4mtkE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4mtkE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Baseplate protein-like domains

结构域编号 domain_id	4mtkE03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4mtkE04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Gp5 N-terminal domain

结构域编号 domain_id	4mtkF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Pnp Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4mtkF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	55 — 3-Layer(bab) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Phage tail protein beta-alpha-beta fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Baseplate protein-like domains

结构域编号 domain_id	4mtkF03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	220 — Light-harvesting Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	4mtkF04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Gp5 N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	168.275 Å
晶胞边长 b length_b	168.275 Å
晶胞边长 c length_c	652.849 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.322 Å
最低分辨率 resolution_low	49.143 Å
R 因子 r_factor	0.1754
R_work r_work	0.1697
R_free r_free	0.1954

Crystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type VI Secretion System

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VgrG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mtk__assembly_1__model_1

4mtk__assembly_1__model_1 | I(q)

4mtk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of PA0091 VgrG1, the central spike of the Type VI Secretion System

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VgrG1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4mtk__assembly_1__model_1

4mtk__assembly_1__model_1 | I(q)

4mtk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)