SAXSdb — 4mxp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Defects in Rab1 recruitment protein A

Legionella pneumophila subsp. pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 330–647	片段：GEF and P4M domains, UNP residues 330-647	DB4 (2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dibutanoate × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4-6% PEG 3350, 100 mM Tris, 0.5 M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.83 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4MXP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JZ9 Crystal structure of the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2009-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 340–533（194 aa）片段：GEF domain: UNP residues 340-533	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.25 M Sodium sulfate, 21% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
3JZA Crystal structure of human Rab1b in complex with the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2009-09-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 340–533（194 aa）片段：GEF domain: UNP residues 340-533	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.75；292 K；0.1 M Sodium citrate, 35% v/v PEG 600, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
3N6O Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 340–647（308 aa）片段：GEF and P4M domains (UNP residues 340-647)	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；298 K；20% (w/v) PEG4000, 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.236
3N6O Crystal structure of the GEF and P4M domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-05-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 340–647（308 aa）片段：GEF and P4M domains (UNP residues 340-647)	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；298 K；20% (w/v) PEG4000, 0.16 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 20% glycerol, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.236

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DRRA_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–328； UniProt 330–647

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4mxp
沉积日期 deposition_date	2013-09-26
结构标题 title	Structural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the Legionella pneumophila Effector DrrA/SidM
关键词 keywords	Protein-lipid complex, Guanine Nucleotide Exchange Factor, Rab1 binding, PI(4)P-BINDING PROTEIN; PI(4)P-BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.12 Å
零角强度 I(0) i0	22370400.00
分子量 molecular_weight	35564.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44437 Å³
包络体积 envelope_volume	55177 Å³
水化壳体积 shell_volume	20695 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.6 Å
壳层 Rg shell_rg	29.38 Å
包络 Rg envelope_rg	24.62 Å
形状 Rg shape_rg	24.11 Å
总 Rg total_rg	24.83 Å
总原子数 total_atoms	2491
残基数 n_residues	310
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.3 Å
Rg (实空间) rg_real	24.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8178
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.579
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.172
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5049000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.686; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.615; Smooth: 0.957

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Defects in Rab1 recruitment protein A
分子量 formula_weight	37114.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2696

MGHHHHHHGSAKIRELGVQRVTRIENLENAKKLWDNANSMLEKGNISGYLKAANELHKFMKEKNLKEDDLRPELSDKTISPKGYAILQSLWGAASDYSRAAATLTESTVEPGLVSAVNKMSAFFMDCKLSPNERATPDPDFKVGKSKILVGIMQFIKDVADPTSKIWMHNTKALMNHKIAAIQKLERSNNVNDETLESVLSSKGENLSEYLSYKYATKDEGREHRYTASTENFKNVKEKYQQMRGDALKTEILADFKDKLAEATDEQSLKQIVAELKSKDEYRILAKGQGLTTQLLGLKTSSVSSFEKMVEETRESIKSQERQTIKIK

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila subsp. pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272624
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dibutanoate ;
分子量 formula_weight	554.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	195

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4mxpA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	128.552 Å
晶胞边长 b length_b	128.552 Å
晶胞边长 c length_c	53.222 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	26.900 Å
R 因子 r_factor	0.1896
R_work r_work	0.1886
R_free r_free	0.2079

fit	/app/data/saxs_computation/mx/4mxp/4mxp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mx/4mxp/4mxp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mx/4mxp/4mxp.dat

Structural Basis for PI(4)P-Specific Membrane Recruitment of the Legionella pneumophila Effector DrrA/SidM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Defects in Rab1 recruitment protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction