← 返回搜索
4ncf

Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae in complex with GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.2 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 5B

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P39730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 399–852 片段：unp residues 399-852 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；8 % PEG 8000 0.37 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K 分辨率 3.02 Å R-free 0.281
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 399–852 片段：unp residues 399-852 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；8 % PEG 8000 0.37 M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K 分辨率 3.02 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4NCF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3WBI Crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B structure I 提交 2013-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 401–1002（602 aa） 片段：UNP residues 401-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.2M Tri-Sodium Citrate, 19% PEG 3350, HEPES pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.35 Å R-free 0.268
3WBJ Crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B structure II 提交 2013-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 401–855（455 aa） 片段：UNP residues 401-855
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.1M Tris-HCl pH 8.0, 40% PEG 400, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
3WBK crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B and 1A complex 提交 2013-05-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 401–1002（602 aa） 片段：UNP residues 401-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；100mM Tris-HCl pH 8.2, 12.5%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.317
3WBK crystal structure analysis of eukaryotic translation initiation factor 5B and 1A complex 提交 2013-05-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 401–1002（602 aa） 片段：UNP residues 401-1002
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；100mM Tris-HCl pH 8.2, 12.5%(w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.317
4N3S Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae, apo form 提交 2013-10-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 399–852（454 aa） 片段：unp residues 399-852
未记录 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；5 % PEG 3350 and 20 mM MgCl2., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.83 Å R-free 0.194
4N3S Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae, apo form 提交 2013-10-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 399–852（454 aa） 片段：unp residues 399-852
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；5 % PEG 3350 and 20 mM MgCl2., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.83 Å R-free 0.194
4V8Y Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：87-meric
链 CP 401–739（339 aa） 片段：DOMAIN 1 AND 2, RESIDUES 401-739
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 191 OHX osmium (III) hexammine × 197 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 4.30 Å
4V8Z Cryo-EM reconstruction of the 80S-eIF5B-Met-itRNAMet Eukaryotic Translation Initiation Complex 提交 2013-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：85-meric
链 CV 401–739（339 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 226 OHX osmium (III) hexammine × 210 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT；pH 7.2；3MM HEPES-KOH, 6.6 MM TRIS-ACETATE PH 7.2, 3 MM NH4CL, 6.6 MM NH4- ACETATE, 48 MM K-ACETATE, 4 MM MG-ACETATE, 2.4 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 90, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK II, METHOD- BLOT 2.5 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 6.60 Å
6WOO CryoEM structure of yeast 80S ribosome with Met-tRNAiMet, eIF5B, and GDP 提交 2020-04-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：84-meric
链 1 401–1000（600 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U6A N-carboxy-L-threonine × 1 MET METHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 7 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IF2P_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–457； UniProt 399–852 作者链 B； PDB构建体 4–457； UniProt 399–852

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ncf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ncf
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ncf
沉积日期 deposition_date2013-10-24
结构标题 titleCrystal structure of eukaryotic translation initiation factor eIF5B (399-852) from Saccharomyces cerevisiae in complex with GDP
关键词 keywordsTranslation initiation, GTPase, eIF5B/IF2, Subunit joining, Ribosome, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.64 Å
零角强度 I(0) i0142653000.00
分子量 molecular_weight95469.0 kDa
排除体积 excluded_volume120020 ų
包络体积 envelope_volume155780 ų
水化壳体积 shell_volume42209 ų
包络直径 envelope_diameter103.5 Å
壳层 Rg shell_rg37.93 Å
包络 Rg envelope_rg30.13 Å
形状 Rg shape_rg30.68 Å
总 Rg total_rg31.21 Å
总原子数 total_atoms6699
残基数 n_residues877
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.2 Å
Rg (实空间) rg_real31.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3970e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal142700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7128
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.2 Å
偏度 Skewness skewness0.234
峰度 Kurtosis kurtosis-0.328
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha4.0730
最高正则化参数 α highest_alpha44040000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 0.927; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.707
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id4ncfA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4ncfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id4ncfA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10050 — Translation initiation factor IF- 2, domain 3
结构域编号 domain_id4ncfB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4ncfB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id4ncfB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10050 — Translation initiation factor IF- 2, domain 3
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)