SAXSdb — 4ncv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibritin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 458–484 链 B； UniProt 458–484 链 C； UniProt 458–484	片段：C-terminus fragment (UNP residues 458-484) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.4 M Na/K-phosphate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.20 Å R-free 0.163

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NCV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NCU Foldon domain wild type 提交 2013-10-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 458–484（27 aa）片段：C-terminus fragment (UNP residues 458-484)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 200, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.11 Å R-free 0.141
4NCW foldon domain wild type C-conjugate 提交 2013-10-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 458–484（27 aa）片段：C-terminus fragment (UNP residues 458-484) 链 B 458–484（27 aa）片段：C-terminus fragment (UNP residues 458-484) 链 C 458–484（27 aa）片段：C-terminus fragment (UNP residues 458-484)	未记录	2KN N,N',N''-triethylbenzene-1,3,5-tricarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2 M Ammoniumsulfate, 30% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.30 Å R-free 0.193
4ZYP Crystal Structure of Motavizumab and Quaternary-Specific RSV-Neutralizing Human Antibody AM14 in Complex with Prefusion RSV F Glycoprotein 提交 2015-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 458–484（27 aa）链 B 458–484（27 aa）链 C 458–484（27 aa）	突变：S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V 突变：S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V 突变：S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；5.645mg/mL EndoH digested DS-Cav1 + AM14 Fab + Motavizumab Fab, 11.4% PEG8000, 1.71% MPD, 0.1M Imidazole pH 6.5	分辨率 5.50 Å R-free 0.277
5C0R Crystal Structure of a Generation 3 Influenza Hemagglutinin Stabilized Stem Complexed with the Broadly Neutralizing Antibody C179 提交 2015-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 458–485（28 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% (w/v) PEG 1500, 5% (v/v) MPD, 200 mM ammonium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.19 Å R-free 0.251
5C0S Crystal structure of a generation 4 influenza hemagglutinin stabilized stem in complex with the broadly neutralizing antibody CR6261 提交 2015-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 458–485（28 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7% (w/v) PEG 4000, 4.5% (v/v) isopropanol, 100 mM imidazole, pH 6.5	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
6CRV SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 457–484（28 aa）链 B 457–484（28 aa）链 C 457–484（28 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6CRW SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, single upwards S1 CTD conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 457–484（28 aa）链 B 457–484（28 aa）链 C 457–484（28 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CRX SARS Spike Glycoprotein, Stabilized variant, two S1 CTDs in the upwards conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 457–484（28 aa）链 B 457–484（28 aa）链 C 457–484（28 aa）	突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6CRZ SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, C3 symmetry 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 457–484（28 aa）链 B 457–484（28 aa）链 C 457–484（28 aa）	突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
6CS0 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, one S1 CTD in an upwards conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 457–484（28 aa）链 B 457–484（28 aa）链 C 457–484（28 aa）	突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P 突变：K968P, V968P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6CS1 SARS Spike Glycoprotein, Trypsin-cleaved, Stabilized variant, two S1 CTDs in an upwards conformation 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 457–484（28 aa）链 B 457–484（28 aa）链 C 457–484（28 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
6CS2 SARS Spike Glycoprotein - human ACE2 complex, Stabilized variant, all ACE2-bound particles 提交 2018-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 457–484（28 aa）链 B 457–484（28 aa）链 C 457–484（28 aa）	突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P 突变：K968P, V969P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D9IEJ2_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–28； UniProt 458–484 作者链 B； PDB构建体 2–28； UniProt 458–484 作者链 C； PDB构建体 2–28； UniProt 458–484

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ncv
沉积日期 deposition_date	2013-10-25
结构标题 title	Foldon domain wild type N-conjugate
关键词 keywords	trimeric scaffold, chemical ligation, folding, trazido-functionalized trimesic acid scaffold, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.45 Å
零角强度 I(0) i0	1754210.00
分子量 molecular_weight	9328.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11811 Å³
包络体积 envelope_volume	12516 Å³
水化壳体积 shell_volume	9352 Å³
包络直径 envelope_diameter	36.5 Å
壳层 Rg shell_rg	17.10 Å
包络 Rg envelope_rg	11.73 Å
形状 Rg shape_rg	11.42 Å
总 Rg total_rg	12.98 Å
总原子数 total_atoms	663
残基数 n_residues	81
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.5 Å
Rg (实空间) rg_real	12.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7540e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8150e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1754000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8926
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.021
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	418900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	27.970 Å
晶胞边长 b length_b	47.930 Å
晶胞边长 c length_c	27.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.200 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.1349
R_work r_work	0.1335
R_free r_free	0.1632

描述 description	Fibritin
分子量 formula_weight	3110.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	789

Foldon domain wild type N-conjugate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibritin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

fit	/app/data/saxs_computation/nc/4ncv/4ncv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nc/4ncv/4ncv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nc/4ncv/4ncv.dat