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4ngf

Structure of human Dicer Platform-PAZ-Connector Helix cassette in complex with 17-mer siRNA having 5'-p and UU-3' ends (3.1 Angstrom resolution)

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endoribonuclease Dicer

Homo sapiens

UniProt Q9UPY3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 2 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*GP*UP*UP*U)-3' × 2 与全部聚合物一致
2 蛋白–RNA 单体 蛋白 1 RNA 2 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*GP*UP*UP*U)-3' × 2 与全部聚合物一致
3 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 2 RNA 2 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*GP*UP*UP*U)-3' × 2 与全部聚合物一致
4 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 2 RNA 2 5'-R(P*UP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*UP*CP*CP*UP*UP*CP*GP*UP*UP*U)-3' × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
7xw3

共 1 个 assembly

同源二聚体
2eb1 2eb1

共 2 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
21cb 21cn 21cq 4ngb 4ngb 4ngc 4ngc 4ngd 4ngd 4ngf 4ngf 4ngf

共 31 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DICER_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–302； UniProt 765–1065 作者链 B； PDB构建体 2–302； UniProt 765–1065 作者链 C； PDB构建体 2–302； UniProt 765–1065 作者链 D； PDB构建体 2–302； UniProt 765–1065

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ngf
沉积日期 deposition_date2013-11-01
结构标题 titleStructure of human Dicer Platform-PAZ-Connector Helix cassette in complex with 17-mer siRNA having 5'-p and UU-3' ends (3.1 Angstrom resolution)
关键词 keywordsPAZ domain, platform domain, connector helix, siRNA, RNase III domain, endoribonuclease, pre-miRNA, HYDROLASE-RNA complex; HYDROLASE/RNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ngf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ngf__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ngf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）26.90 Å
Rg（电子密度）25.76 Å
总 Rg26.60 Å
原子数2763
残基数294
排除体积47207 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4ngf__assembly_1__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4ngf__assembly_2__model_1 trimeric （3） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 4ngf__assembly_3__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 4ngf__assembly_4__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4ngfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — paz domain
结构域编号 domain_id4ngfB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — paz domain
结构域编号 domain_id4ngfC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — paz domain
结构域编号 domain_id4ngfD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology260 — paz domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — paz domain
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7. 引用文献 (1)