SAXSdb — 4nkg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–405	片段：LRR domains, UNP residues 161-405	Serine/threonine-protein kinase N1 × 1 （Q16512） HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.242
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 161–405	片段：LRR domains, UNP residues 161-405	Serine/threonine-protein kinase N1 × 1 （Q16512） HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NKG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398 链 F 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398 链 E 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398 链 D 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4NKH Crystal structure of SspH1 LRR domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 161–398（238 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-398	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
9H6W Crystal structure of the Salmonella effector SspH1 提交 2024-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 161–700（540 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.225 M sodium tartrate, 22% PEG 3350, 11 mM sarcosine	分辨率 2.90 Å R-free 0.316
9H6W Crystal structure of the Salmonella effector SspH1 提交 2024-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 161–700（540 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.225 M sodium tartrate, 22% PEG 3350, 11 mM sarcosine	分辨率 2.90 Å R-free 0.316

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSPH1_SALT1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–246； UniProt 161–405 作者链 C； PDB构建体 2–246； UniProt 161–405

Serine/threonine-protein kinase N1

Homo sapiens

UniProt Q16512

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 122–199	片段：HR1b domain, REM 2 domain, UNP residues 122-199	E3 ubiquitin-protein ligase sspH1 × 1 （D0ZVG2） HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.242
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 122–199	片段：HR1b domain, REM 2 domain, UNP residues 122-199	E3 ubiquitin-protein ligase sspH1 × 1 （D0ZVG2） HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NKG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CXZ CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RHOA COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF THE PROTEIN KINASE PKN/PRK1 提交 1999-08-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 13–98（86 aa）片段：RESIDUES 13 - 98	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；277 K；PEG 300, pH 6.5, MICROBATCH, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.268
1URF HR1b domain from PRK1 提交 2003-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–199（78 aa）片段：HR1B, RESIDUES 122-199	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）60；压力 1	分辨率未提供
2RMK Rac1/PRK1 Complex 提交 2007-10-25	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 122–199（78 aa）片段：HR1b domain, REM 2, UNP residues 122-199	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.225；压力 ambient NMR样品组成 0.6mM [U-13C; U-15N; U-2H] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6mM [U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 HR1b; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rac1; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6mM [U-100% 15N] HR1b; 0.6mM PRK1 Rac1; 0.7mM PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4OTD Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain 提交 2014-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 605–942（338 aa）片段：UNP residues 605-942	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
4OTG Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain in Complex with Lestaurtinib 提交 2014-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 605–942（338 aa）片段：UNP residues 605-942	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2V9 Lestaurtinib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
4OTH Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain in Complex with Ro-31-8220 提交 2014-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 605–942（338 aa）片段：UNP residues 605-942	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	DRN BISINDOLYLMALEIMIDE IX × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion	分辨率 1.80 Å R-free 0.266
4OTI Crystal Structure of PRK1 Catalytic Domain in Complex with Tofacitinib 提交 2014-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 605–942（338 aa）片段：UNP residues 605-942	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MI1 3-{(3R,4R)-4-methyl-3-[methyl(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)amino]piperidin-1-yl}-3-oxopropanenitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；100mM Tris pH 8.5, 150-225mM Ammonium acetate, 23-28% PEG 3350, Vapor diffusion	分辨率 1.93 Å R-free 0.226
9RXE Solution structure of the HR1c domain of human PKN1 提交 2025-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 201–297（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.17；压力 1 NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.17；压力 1 NMR样品组成 1.6 mM [U-100% 15N] PRK1 HR1c domain, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-2H] D2O, 0.05 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PRK1 HR1c domain, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 10 % [U-2H] D2O, 0.05 % w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PKN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–82； UniProt 122–199 作者链 D； PDB构建体 5–82； UniProt 122–199

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nkg
沉积日期 deposition_date	2013-11-12
结构标题 title	Crystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain
关键词 keywords	LEUCINE-RICH REPEAT, COILED-COIL, E3 ligase substrate interaction, Ligase-Transferase complex; Ligase/Transferase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.25 Å
零角强度 I(0) i0	66644100.00
分子量 molecular_weight	64048.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80297 Å³
包络体积 envelope_volume	102180 Å³
水化壳体积 shell_volume	29519 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.89 Å
包络 Rg envelope_rg	29.46 Å
形状 Rg shape_rg	29.23 Å
总 Rg total_rg	29.95 Å
总原子数 total_atoms	4504
残基数 n_residues	594
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9022
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.288
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.568
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
分子量 formula_weight	26580.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4507

GAEYDAVWSKWERDAPAGESPGRAAVVQEMRDCLNNGNPVLNVGASGLTTLPDRLPPHITTLVIPDNNLTSLPELPEGLRELEVSGNLQLTSLPSLPQGLQKLWAYNNWLASLPTLPPGLGDLAVSNNQLTSLPEMPPALRELRVSGNNLTSLPALPSGLQKLWAYNNRLTSLPEMSPGLQELDVSHNQLTRLPQSLTGLSSAARVYLDGNPLSVRTLQALRDIIGHSGIRIHFDMAGPSVPREAR

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	588858
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase N1
分子量 formula_weight	9066.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GAMDATNLSRVAGLEKQLAIELKVKQGAENMIQTYSNGSTKDRKLLLTAQQMLQDSKTKIDIIRMQLRRALQAGQLENQAAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	HEXANE-1,6-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4nkgb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.6 — HR1 repeat
家族 Family family	a.2.6.1 — HR1 repeat

结构域编号 domain_id	d4nkgd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.2 — Long alpha-hairpin
超家族 Superfamily superfamily	a.2.6 — HR1 repeat
家族 Family family	a.2.6.1 — HR1 repeat

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4nkgA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4nkgB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — HR1 repeat

结构域编号 domain_id	4nkgC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4nkgD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — HR1 repeat

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.623 Å
晶胞边长 b length_b	167.623 Å
晶胞边长 c length_c	89.143 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	39.350 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/nk/4nkg/4nkg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nk/4nkg/4nkg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nk/4nkg/4nkg.dat

Crystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine/threonine-protein kinase N1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)