SAXSdb — 4nkh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–398 链 F； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 161–398 链 E； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 161–398 链 D； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
7	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
8	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280
9	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 161–398	片段：LRR domains, UNP residues 161-398	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；293 K；0.95M Ammonium sulphate, 0.5% PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NKH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NKG Crystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 161–405（245 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-405	未记录	HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.242
4NKG Crystal structure of SspH1 LRR domain in complex PKN1 HR1b domain 提交 2013-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 161–405（245 aa）片段：LRR domains, UNP residues 161-405	未记录	HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；293 K；26% PEG3350, 0.18M tri-Ammonium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.242
9H6W Crystal structure of the Salmonella effector SspH1 提交 2024-10-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 161–700（540 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.225 M sodium tartrate, 22% PEG 3350, 11 mM sarcosine	分辨率 2.90 Å R-free 0.316
9H6W Crystal structure of the Salmonella effector SspH1 提交 2024-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 161–700（540 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.225 M sodium tartrate, 22% PEG 3350, 11 mM sarcosine	分辨率 2.90 Å R-free 0.316

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSPH1_SALT1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–239； UniProt 161–398 作者链 B； PDB构建体 2–239； UniProt 161–398 作者链 C； PDB构建体 2–239； UniProt 161–398 作者链 D； PDB构建体 2–239； UniProt 161–398 作者链 E； PDB构建体 2–239； UniProt 161–398 作者链 F； PDB构建体 2–239； UniProt 161–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nkh
沉积日期 deposition_date	2013-11-12
结构标题 title	Crystal structure of SspH1 LRR domain
关键词 keywords	Leucine-rich repeat, E3 ligase substrate interaction domain, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.24 Å
零角强度 I(0) i0	339164000.00
分子量 molecular_weight	148320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	185740 Å³
包络体积 envelope_volume	246380 Å³
水化壳体积 shell_volume	57536 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.6 Å
壳层 Rg shell_rg	42.56 Å
包络 Rg envelope_rg	34.57 Å
形状 Rg shape_rg	35.25 Å
总 Rg total_rg	35.74 Å
总原子数 total_atoms	10455
残基数 n_residues	1416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.2 Å
Rg (实空间) rg_real	35.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	339200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.087
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4nkhA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4nkhB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4nkhC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4nkhD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4nkhE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	4nkhF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.930 Å
晶胞边长 b length_b	114.930 Å
晶胞边长 c length_c	252.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	49.860 Å
R 因子 r_factor	0.2446
R_work r_work	0.2427
R_free r_free	0.2802

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase sspH1
分子量 formula_weight	25782.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	10455

Crystal structure of SspH1 LRR domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase sspH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	588858
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/nk/4nkh/4nkh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nk/4nkh/4nkh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nk/4nkh/4nkh.dat