SAXSdb — 4nn6

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymic stromal lymphopoietin

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–140	片段：UNP residues 20-140 突变：N123Q	Interleukin-7 receptor subunit alpha × 1 （P16872） Cytokine receptor-like factor 2 × 1 （Q8CII9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NN6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NN5 Cytokine receptor complex - Crystal form 1A 提交 2013-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–140（121 aa）片段：UNP residues 20-140	突变：N123Q	ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
4NN7 Cytokine receptor complex - Crystal form 2 提交 2013-11-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 20–140（121 aa）片段：UNP residues 20-140	突变：N123Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% pentaerythritol ethoxylate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.77 Å R-free 0.286

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSLP_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–121； UniProt 20–140

Interleukin-7 receptor subunit alpha

Mus musculus

UniProt P16872

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–239	片段：extracellular domain (UNP residues 21-239)	Thymic stromal lymphopoietin × 1 （Q9JIE6） Cytokine receptor-like factor 2 × 1 （Q8CII9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NN6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NN5 Cytokine receptor complex - Crystal form 1A 提交 2013-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 21-239)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
4NN7 Cytokine receptor complex - Crystal form 2 提交 2013-11-16	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–239（219 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 21-239)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% pentaerythritol ethoxylate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.77 Å R-free 0.286
5J12 Structure of human TSLP:TSLPR in complex with mouse IL-7Ralpha 提交 2016-03-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–239（219 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.53 M ammonium sulfate 0.1 M sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 7.0	分辨率 3.55 Å R-free 0.225
8DDC Intramembrane recognition between transmembrane domains of IL-7R and common gamma chain 提交 2022-06-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 236–266（31 aa）片段：Transmembrane domain, residues 236-266	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C, 85%2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM DMPC, 100 mM DH6PC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 2H Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 0.4 mM 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the common gamma-chain receptor, 0.4 mM 15N, 13C Transmembrane domain of the Interleukin-7 receptor alpha subunit, 40 mM deuterated DMPC (deuterated), 100 mM deuterated DH6PC (deuterated), 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL7RA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–223； UniProt 21–239

Cytokine receptor-like factor 2

Mus musculus

UniProt Q8CII9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 20–222	片段：extracellular domain (UNP residues 20-222) 突变：N122Q	Thymic stromal lymphopoietin × 1 （Q9JIE6） Interleukin-7 receptor subunit alpha × 1 （P16872）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, soaked in 18% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5, 0.3 M calcium acetate for 1 hour prior to cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.54 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NN6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NN5 Cytokine receptor complex - Crystal form 1A 提交 2013-11-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–222（203 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 20-222)	突变：N122Q	ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.1；293 K；14% PEG4000, 0.3 M sodium acetate, pH 4.5, 0.3 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
4NN7 Cytokine receptor complex - Crystal form 2 提交 2013-11-16	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 20–222（203 aa）片段：extracellular domain (UNP residues 20-222)	突变：N53Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；25% pentaerythritol ethoxylate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.77 Å R-free 0.286

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRLF2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–203； UniProt 20–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nn6
沉积日期 deposition_date	2013-11-16
结构标题 title	Cytokine receptor complex - Crystal form 1B
关键词 keywords	;four helical bundle fold, CHR domains, TSLP cytokine signaling, TSLPR and IL-7Ralpha receptors, cell surface, CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex ;; CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.67 Å
零角强度 I(0) i0	37925400.00
分子量 molecular_weight	47666.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59484 Å³
包络体积 envelope_volume	75968 Å³
水化壳体积 shell_volume	25087 Å³
包络直径 envelope_diameter	91.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.42 Å
包络 Rg envelope_rg	26.06 Å
形状 Rg shape_rg	25.66 Å
总 Rg total_rg	26.46 Å
总原子数 total_atoms	6387
残基数 n_residues	457
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.8 Å
Rg (实空间) rg_real	26.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9007
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.475
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7193000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.976

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thymic stromal lymphopoietin
分子量 formula_weight	15109.9 kDa
突变 mutation	N123Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6390

YNFSNCNFTSITKIYCNIIFHDLTGDLKGAKFEQIEDCESKPACLLKIEYYTLNPIPGCPSLPDKTFARRTREALNDHCPGYPETERNDGTQEMAQEVQNICLQQTSQILRLWYSFMQSPEGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Interleukin-7 receptor subunit alpha
分子量 formula_weight	25431.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSHMESGNAQDGDLEDADADDHSFWCHSQLEVDGSQHLLTCAFNDSDINTANLEFQICGALLRVKCLTLNKLQDIYFIKTSEFLLIGSSNICVKLGQKNLTCKNMAINTIVKAEAPSDLKVVYRKEANDFLVTFNAPHLKKKYLKKVKHDVAYRPARGESNWTHVSLFHTRTTIPQRKLRPKAMYEIKVRSIPHNDYFKGFWSEWSPSSTFETPEPKNQGGWD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cytokine receptor-like factor 2
分子量 formula_weight	22812.4 kDa
突变 mutation	N122Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

AAAVTSRGDVTVVCHDLETVEVTWGSGPDHHGANLSLEFRYGTGALQPCPRYFLSGAGVTSGCILPAARAGLLELALRDGGGAMVFKARQRASAWLKPRPPWQVTLLWTPDGDVTVSWPAHSYLGLDYEVQHRESNDDEDAWQTTSGPCCDLTVGGLDPVRCYDFRVRASPRAAHYGLEAQPSEWTAVTRLSGAASAASCTASGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4nn6A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Thymic stromal lymphopoietin

结构域编号 domain_id	4nn6B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1870 —

结构域编号 domain_id	4nn6B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4nn6C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4nn6C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	147.949 Å
晶胞边长 b length_b	75.157 Å
晶胞边长 c length_c	51.439 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.545 Å
最低分辨率 resolution_low	42.449 Å
R 因子 r_factor	0.2606
R_work r_work	0.2587
R_free r_free	0.2966

fit	/app/data/saxs_computation/nn/4nn6/4nn6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nn/4nn6/4nn6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nn/4nn6/4nn6.dat

Cytokine receptor complex - Crystal form 1B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thymic stromal lymphopoietin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Interleukin-7 receptor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytokine receptor-like factor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)