SAXSdb — 4np9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rabphilin-3A

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 378–510	片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510	I3P D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；25-28% PEG 4K, 10-20mM Ammonium sulfate, 100mM HEPES pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.92 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4NP9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 41–170（130 aa）片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN	突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1ZBD STRUCTURAL BASIS OF RAB EFFECTOR SPECIFICITY: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN RAB3A COMPLEXED WITH THE EFFECTOR DOMAIN OF RABPHILIN-3A 提交 1998-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 41–170（130 aa）片段：40-170, EFFECTOR DOMAIN	突变：C108S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
2CHD Crystal structure of the C2A domain of Rabphilin-3A 提交 2006-03-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 371–510（140 aa）片段：C2A DOMAIN, RESIDUES 371-510	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25% PEG4000, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH=4.6	分辨率 1.92 Å R-free 0.269
2CM5 crystal structure of the C2B domain of rabphilin 提交 2006-05-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1M HEPES PH 8.5,20 % PEG MME 2000 OR 20 % PEG 8000	分辨率 1.28 Å R-free 0.194
2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA	分辨率 1.85 Å R-free 0.268
2CM6 crystal structure of the C2B domain of rabphilin3A 提交 2006-05-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 519–684（166 aa）片段：C2B DOMAIN AND LINKER, RESIDUES 519-684	未记录	CA CALCIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M HEPES PH 7.6, 25 % PEG 8000, 200 MM CA	分辨率 1.85 Å R-free 0.268
3RPB THE C2B-DOMAIN OF RABPHILIN: STRUCTURAL VARIATIONS IN A JANUS-FACED DOMAIN 提交 1999-04-19	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 541–680（140 aa）片段：C2B DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；304.5 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM NMR样品组成 95% WATER/5% D2O	分辨率未提供
4LT7 Crystal structure of the c2a domain of rabphilin-3a in complex with a calcium 提交 2013-07-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 1 domain residues 378-510	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10 mM CaCl2, 150mM NaCl, 25mM HEPES ph 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.289
4NS0 The C2A domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2013-11-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 378–510（133 aa）片段：C2 domain, UNP RESIDUES 378-510	未记录	PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25mM Hepes, 20mM Ammonuim Sulphate, 25% PEG 4K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
5LO8 The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2016-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 536–680（145 aa）片段：C2B domain, UNP Residues 536-680	未记录	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 1 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350 0.1M ammonium sulfate 50mM Tris pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
5LO8 The C2B domain of Rabphilin 3A in complex with PI(4,5)P2 提交 2016-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 536–680（145 aa）片段：C2B domain, UNP Residues 536-680	未记录	CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；24% PEG3350 0.1M ammonium sulfate 50mM Tris pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
5LOB Structure of the Ca2+-bound Rabphilin3A C2B- SNAP25 complex (C2 space group) 提交 2016-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 536–680（145 aa）链 B 536–680（145 aa）链 C 536–680（145 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6 SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.286
5LOW Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group) 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 536–680（145 aa）链 B 536–680（145 aa）链 C 536–680（145 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
5LOW Structure of the Ca2+-bound Rabphilin 3A C2B domain SNAP25 complex (P21 space group) 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 536–680（145 aa）链 I 536–680（145 aa）链 J 536–680（145 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG3350 0.35 M Ammonium sulfate 0.1 M Tris (pH 8.5) al's oil	分辨率 2.80 Å R-free 0.269

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RP3A_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–133； UniProt 378–510

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4np9
沉积日期 deposition_date	2013-11-21
结构标题 title	Structure of Rabphilin C2A domain bound to IP3
关键词 keywords	RABPHILIN-3A, C2 DOMAIN, C2A, CALCIUM BINDING, SYNAPTIC EXOCYTOSIS METAL-BINDING, PROTEIN TRANSPORT, C-2 domain fold, EXOPHILIN-1; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.94 Å
零角强度 I(0) i0	5023000.00
分子量 molecular_weight	15273.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18795 Å³
包络体积 envelope_volume	21552 Å³
水化壳体积 shell_volume	12516 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.5 Å
壳层 Rg shell_rg	20.58 Å
包络 Rg envelope_rg	15.39 Å
形状 Rg shape_rg	14.95 Å
总 Rg total_rg	15.97 Å
总原子数 total_atoms	1065
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.3 Å
Rg (实空间) rg_real	16.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0230e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5023000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8625
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.184
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	861900.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.746; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rabphilin-3A
分子量 formula_weight	15305.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1204

DQATTLGALEFSLLYDQDNSNLQCTIIRAKGLKPMDSNGLADPYVKLHLLPGASKSNKLRTKTLRNTRNPVWNETLQYHGITEEDMQRKTLRISVCDEDKFGHNEFIGETRFSLKKLKANQRKNFNICLERVI

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	brown rat,rat,rats
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-MYO-INOSITOL-1,4,5-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	420.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	139

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4np9a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4np9A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.270 Å
晶胞边长 b length_b	39.470 Å
晶胞边长 c length_c	89.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.920 Å
最低分辨率 resolution_low	29.566 Å
R 因子 r_factor	0.2108
R_work r_work	0.2089
R_free r_free	0.2501

fit	/app/data/saxs_computation/np/4np9/4np9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/np/4np9/4np9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/np/4np9/4np9.dat

Structure of Rabphilin C2A domain bound to IP3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rabphilin-3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction