4ntx

Structure of acid-sensing ion channel in complex with snake toxin and amiloride

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acid-sensing ion channel 1

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Neurotoxin MitTx-alpha × 1 （G9I929） Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta × 1 （G9I930） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 3 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Neurotoxin MitTx-alpha × 3 （G9I929） Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta × 3 （G9I930） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CHLORIDE ION × 3 SODIUM ION × 9 HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 9 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASIC1_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–450； UniProt 14–463

Neurotoxin MitTx-alpha

Micrurus tener tener

UniProt G9I929

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Acid-sensing ion channel 1 × 1 （Q1XA76） Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta × 1 （G9I930） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 3 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Acid-sensing ion channel 1 × 3 （Q1XA76） Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta × 3 （G9I930） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CHLORIDE ION × 3 SODIUM ION × 9 HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 9 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IVBMA_MICTN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–60； UniProt 25–84

Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta

Micrurus tener tener

UniProt G9I930

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Acid-sensing ion channel 1 × 1 （Q1XA76） Neurotoxin MitTx-alpha × 1 （G9I929） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 3 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	Acid-sensing ion channel 1 × 3 （Q1XA76） Neurotoxin MitTx-alpha × 3 （G9I929） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CHLORIDE ION × 3 SODIUM ION × 9 HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE × 9 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA2HB_MICTN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–119； UniProt 31–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ntx
沉积日期 deposition_date	2013-12-02
结构标题 title	Structure of acid-sensing ion channel in complex with snake toxin and amiloride
关键词 keywords	Kunitz, phospholipase A2-like, ion channel, nociception, membrane, TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex; TRANSPORT PROTEIN/TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ntx__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ntx__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ntx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.40 Å
Rg（电子密度）	39.69 Å
总 Rg	40.01 Å
原子数	14232
残基数	1761
排除体积	251700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ntx__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ntx__assembly_2__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acid-sensing ion channel 1
分子量 formula_weight	51327.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4924

GQPVSIQAFASSSTLHGISHIFSYERLSLKRVVWALCFMGSLALLALVCTNRIQYYFLYPHVTKLDEVAATRLTFPAVTFCNLNEFRFSRVTKNDLYHAGELLALLNNRYEIPDTQTADEKQLEILQDKANFRNFKPKPFNMLEFYDRAGHDIREMLLSCFFRGEQCSPEDFKVVFTRYGKCYTFNAGQDGKPRLITMKGGTGNGLEIMLDIQQDEYLPVWGETDETSFEAGIKVQIHSQDEPPLIDQLGFGVAPGFQTFVSCQEQRLIYLPPPWGDCKATTGDSEFYDTYSITACRIDCETRYLVENCNCRMVHMPGDAPYCTPEQYKECADPALDFLVEKDNEYCVCEMPCNVTRYGKELSMVKIPSKASAKYLAKKYNKSEQYIGENILVLDIFFEALNYETIEQKKAYEVAGLLGDIGGQMGLFIGASILTVLELFDYAYEVIKHR

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	bantam,chickens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neurotoxin MitTx-alpha
分子量 formula_weight	7118.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QIRPAFCYEDPPFFQKCGAFVDSYYFNRSRITCVHFFYGQCDVNQNHFTTMSECNRVCHG

来源 Source

来源生物 organism	Micrurus tener tener
通用名 common_name	Texas coral snake
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1114302
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
分子量 formula_weight	13767.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

NLNQFRLMIKCTNDRVWADFVDYGCYCVARDSNTPVDDLDRCCQAQKQCYDEAVKVHGCKPLVMFYSFECRYLASDLDCSGNNTKCRNFVCNCDRTATLCILTATYNRNNHKIDPSRCQ

来源 Source

来源生物 organism	Micrurus tener tener
通用名 common_name	Texas coral snake
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1114302
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	3,5-DIAMINO-N-(AMINOIMINOMETHYL)-6-CHLOROPYRAZINECARBOXAMIDE
分子量 formula_weight	229.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4ntxb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ntxc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.133 — Phospholipase A2, PLA2
超家族 Superfamily superfamily	a.133.1 — Phospholipase A2, PLA2
家族 Family family	a.133.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4ntxA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	770 — YojJ-like

结构域编号 domain_id	4ntxA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Acid-sensing ion channels like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid-sensing ion channels like domains

结构域编号 domain_id	4ntxA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3590 — acid-sensing ion channel 1 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — acid-sensing ion channel 1 domain

结构域编号 domain_id	4ntxA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	820 — Acid-sensing ion channel domain

结构域编号 domain_id	4ntxB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

结构域编号 domain_id	4ntxC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	90 — Phospholipase A2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phospholipase A2 domain

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晶胞边长 a length_a	151.560 Å
晶胞边长 b length_b	151.560 Å
晶胞边长 c length_c	123.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	29.000 Å
R 因子 r_factor	0.2072
R_work r_work	0.2058
R_free r_free	0.2331

Structure of acid-sensing ion channel in complex with snake toxin and amiloride

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acid-sensing ion channel 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Neurotoxin MitTx-alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ntx__assembly_2__model_1

4ntx__assembly_2__model_1 | I(q)

4ntx__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)