SAXSdb — 4nwo

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA

Shewanella oneidensis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Chorismate mutase AroH × 12 （Q84FH6） CALCIUM ION × 12 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8EKM7_SHEON
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–177； UniProt 1–177

Chorismate mutase AroH

Thermus thermophilus

UniProt Q84FH6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA × 12 （Q8EKM7） CALCIUM ION × 12 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AROH_THETH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nwo
沉积日期 deposition_date	2013-12-06
结构标题 title	Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T33-15
关键词 keywords	;two-component, self-assembling, tetrahedron, designed protein cage, computational design, protein engineering, multimerization, nanomaterial, nanostructure, molybdenum cofactor biosynthesis protein, mog, chorismate mutase, isomerase, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4nwo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4nwo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4nwo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.32 Å
Rg（电子密度）	49.20 Å
总 Rg	49.56 Å
原子数	24108
残基数	3420
排除体积	435460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4nwo__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA
分子量 formula_weight	19049.1 kDa
突变 mutation	Y20T, E21A, D30L, T31A, D34L, F110E, K135D, K137A, R140S, E141D, D144L, V168M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2011

MSKAKIGIVTVSDRASAGITADISGKAIILALNLYLTSEWEPIYQVIPDEQDVIETTLIKMADEQDCCLIVTTGGTGPAKRDVTPEATEAVCDRMMPGFGELMRAESLKEVPTAILSRQTAGLRGDSLIVNLPGDPASISDCLLAVFPAIPYCIDLMEGPYLECNEAMIKPFRPKAK

来源 Source

来源生物 organism	Shewanella oneidensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70863
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chorismate mutase AroH
分子量 formula_weight	14514.6 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.5
突变 mutation	E12N, E13S, E17T, A18S, H20I, Q21I, R24I, E25L, L28E, R109S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVRGIRGAITVNSDTPTSIIIATILLLEKMLEANGIQSYEELAAVIFTVTEDLTSAFPAEAARQIGMHRVPLLSAREVPVPGSLPRVIRVLALWNTDTPQDRVRHVYLSEAVRLRPDLESAQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4nwoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	980 — Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MoaB/Mog-like domain

结构域编号 domain_id	4nwoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — RutC-like

▶

晶胞边长 a length_a	213.520 Å
晶胞边长 b length_b	213.520 Å
晶胞边长 c length_c	213.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	F 4 3 2
空间群编号 int_tables_number	209
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	75.490 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2520

Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T33-15

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Chorismate mutase AroH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nwo__assembly_1__model_1

4nwo__assembly_1__model_1 | I(q)

4nwo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage T33-15

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Molybdenum cofactor biosynthesis protein MogA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chorismate mutase AroH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nwo__assembly_1__model_1

4nwo__assembly_1__model_1 | I(q)

4nwo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)