SAXSdb — 4nwq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative uncharacterized protein PH0671

Pyrococcus horikoshii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Uncharacterized protein × 12 （Q9I2D8） SULFATE ION × 132 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O58404_PYRHO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172

Uncharacterized protein

Pseudomonas aeruginosa

UniProt Q9I2D8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Putative uncharacterized protein PH0671 × 12 （O58404） SULFATE ION × 132 water × 24	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9I2D8_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nwq
沉积日期 deposition_date	2013-12-06
结构标题 title	Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage, T33-21, Crystallized in Space Group F4132
关键词 keywords	;two-component, self-assembling, tetrahedron, designed protein cage, computational design, protein engineering, multimerization, nanomaterial, nanostructure, transferase, isomerase, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4nwq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4nwq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4nwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.19 Å
Rg（电子密度）	45.28 Å
总 Rg	45.56 Å
原子数	25104
残基数	3228
排除体积	447010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4nwq__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative uncharacterized protein PH0671
分子量 formula_weight	19316.6 kDa
突变 mutation	K85A, E88L, G89K, S92L, E95M, E126L, A130L, L133T, K140A, L143A, V144A, N147L, R148A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2112

MRITTKVGDKGSTRLFGGEEVWKDSPIIEANGTLDELTSFIGEAKHYVDEEMKGILEEIQNDIYKIMGEIGSKGKIEGISEERIAWLLKLILRYMEMVNLKSFVLPGGTLESAKLDVCRTIARRALRKVLTVTREFGIGAEAAAYLLALSDLLFLLARVIEIEKNKLKEVRS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70601
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	14346.3 kDa
突变 mutation	A27K, A74I, Q78T, A79L, E82A, E86A, G90E, A112L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPHLVIEATANLRLETSPGELLEQANKALFASGQFGEADIKSRFVTLEAYRQGTAAVERAYLHACLSILDGRDIATRTLLGASLCAVLAEAVAGGGEEGVQVSVEVREMERLSYAKRVVARQRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4nwqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Hypothetical Protein Ta1238; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cobalamin adenosyltransferase-like

结构域编号 domain_id	4nwqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

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晶胞边长 a length_a	272.180 Å
晶胞边长 b length_b	272.180 Å
晶胞边长 c length_c	272.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	F 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	210
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	96.230 Å
R 因子 r_factor	0.1830
R_work r_work	0.1810
R_free r_free	0.1960

Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage, T33-21, Crystallized in Space Group F4132

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative uncharacterized protein PH0671

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nwq__assembly_1__model_1

4nwq__assembly_1__model_1 | I(q)

4nwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Computationally Designed Two-Component Self-Assembling Tetrahedral Cage, T33-21, Crystallized in Space Group F4132

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative uncharacterized protein PH0671

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nwq__assembly_1__model_1

4nwq__assembly_1__model_1 | I(q)

4nwq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)