4nz0

The EMCV 3Dpol structure at 2.8A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

Mengo virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 3 CHLORIDE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 3 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 2 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	GLYCEROL × 5 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ENMGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–460； UniProt 1834–2293 作者链 B； PDB构建体 1–460； UniProt 1834–2293 作者链 C； PDB构建体 1–460； UniProt 1834–2293 作者链 D； PDB构建体 1–460； UniProt 1834–2293 作者链 E； PDB构建体 1–460； UniProt 1834–2293 作者链 F； PDB构建体 1–460； UniProt 1834–2293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4nz0
沉积日期 deposition_date	2013-12-11
结构标题 title	The EMCV 3Dpol structure at 2.8A resolution
关键词 keywords	Encephalomyocarditis virus, Close right hand, RNa dependent RNA polymerase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4nz0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4nz0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4nz0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.05 Å
Rg（电子密度）	22.95 Å
总 Rg	23.80 Å
原子数	3681
残基数	460
排除体积	65747 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4nz0__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4nz0__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4nz0__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4nz0__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4nz0__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`4nz0__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`4nz0__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	52244.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	22240

GALERLPDGPRIHVPRKTALRPTVARQVFQPAFAPAVLSKFDPRTDADVDEVAFSKHTSNQETLPPVFRMVAREYANRVFALLGRDNGRLSVKQALDGLEGMDPMDKNTSPGLPYTTLGMRRTDVVDWETATLIPFAAERLEKMNNKDFSDIVYQTFLKDELRPIEKVQAAKTRIVDVPPFEHCILGRQLLGKFASKFQTQPGLELGSAIGCDPDVHWTAFGVAMQGFERVYDVDYSNFDSTHSVAMFRLLAEEFFSEENGFDPLVKDYLESLAISKHAYEEKRYLITGGLPSGCAATSMLNTIMNNIIIRAGLYLTYKNFEFDDVKVLSYGDDLLVATNYQLNFDRVRTSLAKTGYKITPANKTSTFPLESTLEDVVFLKRKFKKEGPLYRPVMNREALEAMLSYYRPGTLSEKLTSITMLAVHSGKQEYDRLFAPFREVGVIVPTFESVEYRWRSLFW

来源 Source

来源生物 organism	Mengo virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12107
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	86

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4nz0a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nz0b_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nz0c_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nz0d_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nz0e_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4nz0f_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4nz0A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4nz0A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4nz0B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4nz0B03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4nz0C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4nz0C03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4nz0D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4nz0D03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4nz0E02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4nz0E03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4nz0F02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	4nz0F03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	960 — Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	230.400 Å
晶胞边长 b length_b	140.786 Å
晶胞边长 c length_c	170.579 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	125.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	138.200 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2680

The EMCV 3Dpol structure at 2.8A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nz0__assembly_1__model_1

4nz0__assembly_1__model_1 | I(q)

4nz0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

The EMCV 3Dpol structure at 2.8A resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4nz0__assembly_1__model_1

4nz0__assembly_1__model_1 | I(q)

4nz0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)