4o1z

Crystal Structure of Ovine Cyclooxygenase-1 Complex with Meloxicam

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prostaglandin G/H synthase 1

物种未注明

UniProt P05979

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 32–600 链 B; UniProt 32–600 片段:UNP residues 32-600 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MXM 4-hydroxy-2-methyl-N-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)-2H-1,2-benzothiazine-3-carboxamide 1,1-dioxide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;Sodium Citrate, Lithium Chloride, Sodium Azide, beta-octylglucoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.40 Å R-free 0.173

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PGH1_SHEEP
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–569; UniProt 32–600 作者链 B; PDB构建体 1–569; UniProt 32–600

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4o1z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4o1z
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4o1z
沉积日期 deposition_date2013-12-16
结构标题 titleCrystal Structure of Ovine Cyclooxygenase-1 Complex with Meloxicam
关键词 keywordsdioxygenase, peroxidase, NSAIDs, glycosylation, Membrane, OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex; OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.44
零角强度 I(0) i0252009000.00
分子量 molecular_weight131250.0 kDa
排除体积 excluded_volume165530 ų
包络体积 envelope_volume196600 ų
水化壳体积 shell_volume50089 ų
包络直径 envelope_diameter104.5
壳层 Rg shell_rg40.17
包络 Rg envelope_rg31.37
形状 Rg shape_rg31.42
总 Rg total_rg32.18
总原子数 total_atoms9256
残基数 n_residues1106
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.0
Rg (实空间) rg_real32.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real2.5200e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9460e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal252000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9013
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary39.2
偏度 Skewness skewness0.219
峰度 Kurtosis kurtosis-0.482
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha84160000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.934

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4o1za1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4o1za2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.2 — Myeloperoxidase-like
结构域编号 domain_idd4o1zb1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4o1zb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.93 — Heme-dependent peroxidases
超家族 Superfamily superfamilya.93.1 — Heme-dependent peroxidases
家族 Family familya.93.1.2 — Myeloperoxidase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4o1zA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id4o1zA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type
结构域编号 domain_id4o1zB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin
结构域编号 domain_id4o1zB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology640 — Myeloperoxidase, subunit C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Haem peroxidase domain superfamily, animal type

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)