4o5i

Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 18	Fab F045-092 heavy chain × 3 （S6C4S0） Fab F045-092 light chain × 3 （P0CG05） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 17	Fab F045-092 heavy chain × 3 （S6C4S0） Fab F045-092 light chain × 3 （P0CG05） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R9U684_9INFA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–323； UniProt 27–345 作者链 C； PDB构建体 5–323； UniProt 27–345 作者链 E； PDB构建体 5–323； UniProt 27–345 作者链 G； PDB构建体 5–323； UniProt 27–345 作者链 I； PDB构建体 5–323； UniProt 27–345 作者链 K； PDB构建体 5–323； UniProt 27–345 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521 作者链 D； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521 作者链 F； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521 作者链 H； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521 作者链 J； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521 作者链 L； PDB构建体 1–176； UniProt 346–521

Fab F045-092 heavy chain

Homo sapiens

UniProt S6C4S0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 18	Hemagglutinin HA1 chain × 3 （R9U684） Hemagglutinin HA2 chain × 3 （R9U684） Fab F045-092 light chain × 3 （P0CG05） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 17	Hemagglutinin HA1 chain × 3 （R9U684） Hemagglutinin HA2 chain × 3 （R9U684） Fab F045-092 light chain × 3 （P0CG05） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6C4S0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 150–234； UniProt 161–245 作者链 O； PDB构建体 150–234； UniProt 161–245 作者链 Q； PDB构建体 150–234； UniProt 161–245 作者链 S； PDB构建体 150–234； UniProt 161–245 作者链 U； PDB构建体 150–234； UniProt 161–245 作者链 W； PDB构建体 150–234； UniProt 161–245

Fab F045-092 light chain

Homo sapiens

UniProt P0CG05

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 18	Hemagglutinin HA1 chain × 3 （R9U684） Hemagglutinin HA2 chain × 3 （R9U684） Fab F045-092 heavy chain × 3 （S6C4S0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 4 ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 17	Hemagglutinin HA1 chain × 3 （R9U684） Hemagglutinin HA2 chain × 3 （R9U684） Fab F045-092 heavy chain × 3 （S6C4S0） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 117–216； UniProt 7–106 作者链 P； PDB构建体 117–216； UniProt 7–106 作者链 R； PDB构建体 117–216； UniProt 7–106 作者链 T； PDB构建体 117–216； UniProt 7–106 作者链 V； PDB构建体 117–216； UniProt 7–106 作者链 X； PDB构建体 117–216； UniProt 7–106

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4o5i
沉积日期 deposition_date	2013-12-19
结构标题 title	Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin
关键词 keywords	immunoglobulin, virus attachment and entry, immune recognition, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4o5i__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4o5i__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4o5i__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	61.89 Å
Rg（电子密度）	62.16 Å
总 Rg	61.98 Å
原子数	22070
残基数	2787
排除体积	389370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4o5i__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4o5i__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain
分子量 formula_weight	35934.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	44305

ADPGATLCLGHHAVPNGTIVKTITNDQIEVTNATELVQNSSIGEICDSPHQILDGENCTLIDALLGDPQCDGFQNKKWDLFVERSKAYSNCYPYDVPDYASLRSLVASSGTLEFNNESFNWTGVTQNGTSSACIRRSNNSFFSRLNWLTHLNFKYPALNVTMPNNEQFDKLYIWGVHHPGTDKDQIFLYAQSSGRITVSTKRSQQAVIPNIGSRPRIRNIPSRISIYWTIVKPGDILLINSTGNLIAPRGYFKIRSGKSSIMRSDAPIGKCNSECITPNGSIPNDKPFQNVNRITYGACPRYVKQSTLKLATGMRNVPEKQTR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1331560
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	20153.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

GIFGAIAGFIENGWEGMVDGWYGFRHQNSEGRGQAADLKSTQAAIDQINGKLNRLIGKTNEKFHQIEKEFSEVEGRIQDLEKYVEDTKIDLWSYNAELLVALENQHTIDLTDSEMNKLFEKTKKQLRENAEDMGNGCFKIYHKCDNACIGSIRNGTYDHDVYRDEALNNRFQIKGV

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1331560
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fab F045-092 heavy chain
分子量 formula_weight	25719.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O,Q,S,U,W

EVQLVESGAEVKKPGSSVKVSCRASGTFYKYAINWVRQAPGQGLEWMGGIIPFFGTTNYAQKFQGRLTITADGSTNTAYMQLDSLRSEDTAVYYCAGPSITESHYCLDCAAKDYYYGLDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Fab F045-092 light chain
分子量 formula_weight	22626.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P,R,T,V,X

QSVLTQPPSASGTPGQSVTISCSGSRSNIGGNTVNWYQHLPGMAPKLLIYSSNQRSSGVPDRFSGSKSGTSASLAISGLQSEDDADYYCASWDDSLNGVVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	13

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	15

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

▶

晶胞边长 a length_a	318.123 Å
晶胞边长 b length_b	187.167 Å
晶胞边长 c length_c	353.636 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.501 Å
最低分辨率 resolution_low	49.000 Å
R 因子 r_factor	0.2032
R_work r_work	0.2008
R_free r_free	0.2476

Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab F045-092 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab F045-092 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4o5i__assembly_2__model_1

4o5i__assembly_2__model_1 | I(q)

4o5i__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of broadly neutralizing antibody F045-092 in complex with A/Victoria/361/2011 (H3N2) influenza hemagglutinin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fab F045-092 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fab F045-092 light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4o5i__assembly_2__model_1

4o5i__assembly_2__model_1 | I(q)

4o5i__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)