SAXSdb — 4o5t

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diisopropyl-fluorophosphatase

Loligo vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	4-{[2-(phosphonooxy)ethyl]carbamoyl}benzyl [(1R,6S)-6-(dimethylcarbamoyl)cyclohex-2-en-1-yl]carbamate × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	4-{[2-(phosphonooxy)ethyl]carbamoyl}benzyl [(1R,6S)-6-(dimethylcarbamoyl)cyclohex-2-en-1-yl]carbamate × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DFPA_LOLVU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–327； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–327； UniProt 1–314

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4o5t
沉积日期 deposition_date	2013-12-20
结构标题 title	Crystal structure of Diels-Alderase CE20 in complex with a product analog
关键词 keywords	;protein engineering, computer-aided design, Diels-Alder reaction, enzyme design, directed evolution, substrate specificity, beta-propeller, helix-loop-helix, de novo protein, artificial catalyst, Diels-Alderase, catalyst for cycloaddition, Hydrolase, enzyme-product analog complex' ;; De Novo Protein, Hydrolase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4o5t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4o5t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4o5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.87 Å
Rg（电子密度）	17.63 Å
总 Rg	18.61 Å
原子数	4602
残基数	319
排除体积	42176 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4o5t__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4o5t__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Diisopropyl-fluorophosphatase
分子量 formula_weight	37300.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.8.2
突变 mutation	;V13M, A21T, I33V, 36-PYVEVNGKPA-45 replaced by 36-SPLSEALINANSLAEAYEARSDA-58, R63H, I85S, A87I, K121N, R128C, E151G, Q162R, A186C, K223N, D245V, S284A, A285N, E301D, L322S ;
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9279

MEIPVIEPLFTKMTEDIPGATGPVFDKNGDFYVVASPLSEALINANSLAEAYEARSDAGEILHIDLKTGKKTVICKPEVNGYGGSPIGCQCDRDANQLFVADMRLGLLVVQTDGTFEEIANKDSEGRCMQGCAYCAFDYEGNLWITAPAGGVAPADFTISLREKFGSIYCFTTDGQMIQVDTAFQCPAGIAVRHMNDGRPYQLIVAEQPTKKLWSYDIKGPANIENKKVWGHIPGTHKGGAAGMVFDEDNNLLVANWGSSHIEVFGPDGGQPKMRIRCPFEKPANLHFKPQTKTIFVTEHDNNAVWKFEWQRNGKKQYCETSKFGIFGSLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Loligo vulgaris
通用名 common_name	Common European squid
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6622
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-{[2-(phosphonooxy)ethyl]carbamoyl}benzyl [(1R,6S)-6-(dimethylcarbamoyl)cyclohex-2-en-1-yl]carbamate
分子量 formula_weight	469.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4o5ta_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.6 — Calcium-dependent phosphotriesterase
家族 Family family	b.68.6.1 — SGL-like

结构域编号 domain_id	d4o5tb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.6 — Calcium-dependent phosphotriesterase
家族 Family family	b.68.6.1 — SGL-like

结构域编号 domain_id	d4o5tb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4o5tA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4o5tB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	88.650 Å
晶胞边长 b length_b	128.940 Å
晶胞边长 c length_c	106.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	43.080 Å
R 因子 r_factor	0.2308
R_work r_work	0.2279
R_free r_free	0.2876

Crystal structure of Diels-Alderase CE20 in complex with a product analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diisopropyl-fluorophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4o5t__assembly_1__model_1

4o5t__assembly_1__model_1 | I(q)

4o5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Diels-Alderase CE20 in complex with a product analog

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diisopropyl-fluorophosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4o5t__assembly_1__model_1

4o5t__assembly_1__model_1 | I(q)

4o5t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)