4obf

Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease Variant (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.7 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 Protease

Human immunodeficiency virus type 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 491–589 链 B； UniProt 491–589	突变：Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D	p1-p6 peptide × 1 （P03349） GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；32% Ammonium Sulphate, 63mM Sodium Citrate, 126mM Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.68 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 491–589 链 D； UniProt 491–589	突变：Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D	p1-p6 peptide × 1 （P03349） GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；32% Ammonium Sulphate, 63mM Sodium Citrate, 126mM Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.68 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4OBF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AID STRUCTURE OF A NON-PEPTIDE INHIBITOR COMPLEXED WITH HIV-1 PROTEASE: DEVELOPING A CYCLE OF STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN 提交 1997-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 THK 4-(4-CHLORO-PHENYL)-1-{3-[2-(4-FLUORO-PHENYL)-[1,3]DITHIOLAN-2-YL]-PROPYL}-PIPERIDIN-4-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 2.20 Å
1B6J HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 1 提交 1999-01-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：CYS67ABA, CYS95ABA, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：CYS67ABA, CYS95ABA, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.85 Å R-free 0.219
1B6K HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 5 提交 1999-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI5 N-[3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2]HEPTADECA-1(16),13(17),14- TRIEN-11-YLAMINO)-2-HYDROXY-1-(4-HYDROXY-BENZYL)-PROPYL]-3-METHYL-2- (2-OXO-PYRROLIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
1B6L HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 4 提交 1999-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS LEU33ILE CYS67ABA CYS95ABA GLN107LYS LEU133ILE CYS167ABA CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS LEU33ILE CYS67ABA CYS95ABA GLN107LYS LEU133ILE CYS167ABA CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI4 1-[2-(8-CARBAMOYLMETHYL-6,9-DIOXO-2-OXA-7,10-DIAZA-BICYCLO[11.2.2]HEPTADECA- 1(16),13(17),14-TRIEN-11-YL)-2-HYDROXY-ETHYL]-PIPERIDINE-2-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
1B6M HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 6 提交 1999-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI6 [1-BENZYL-3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2] HEPTADECA-1(16),13(17),14-TRIEN-11-YLAMINO)-2-HYDROXY-PROPYL]-CARBAMIC ACID TERT-BUTYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 1.85 Å R-free 0.227
1B6P HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 7 提交 1999-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：GLN7LYS, LEU33ILE, CYS67ABA, CYS95ABA, GLN107LYS, LEU133ILE, CYS167ABA, CYS195ABA 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI7 N-[3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2] HEPTADECA-1(16),13(17),14-TRIEN-11-YAMINO)-2-HYDROXY-1-(4-HYDROXY-BENZYL) -PROPYL]-3-METHYL-2-PROPIONYLAMINO-BUTYRAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；0.1 M ACETATE BUFFER PH 5.5 AND 30-60% AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1CPI REGIOSELECTIVE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL MIMICRY OF PEPTIDES. DESIGN OF HYDROLYTICALLY STABLE CYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE 提交 1995-10-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
1D4K HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 1999-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 PI8 N-13-[(10S,13S)-9,12-DIOXO-10-(2-BUTYL)-2-OXA-8,11-DIAZABICYCLO [13.2.2] NONADECA-15,17,18-TRIENE] (2R)-BENZYL-(4S)-HYDROXY-5-AMINOPENTANOIC (1R)-HYDROXY-(2S)-INDANEAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；ammonium sulfate. acetate buffer, , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.85 Å R-free 0.259
1D4L HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 1999-10-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI9 (10S,13S,1'R)-13-[1'-HYDROXY-2'-(N-P-AMINOBENZENESULFONYL-1''-AMINO-3''-METHYLBUTYL)ETHYL]-8,11-DIOXO-10-ISOPROPYL-2-OXA-9,12-DIAZABICYCLO [13.2.2]NONADECA-15,17,18-TRIENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；ammonium sulfate. acetate buffer, , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.231
1F7A HOW DOES A SYMMETRIC DIMER RECOGNIZE AN ASYMMETRIC SUBSTRATE? A SUBSTRATE COMPLEX OF HIV-1 PROTEASE. 提交 2000-06-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE	突变：Q7K D25N 突变：Q7K D25N	ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.233
1KJ4 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Ammonium Sulphate, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1KJ4 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 D 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Ammonium Sulphate, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1KJ4 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 C 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 D 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 48	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Ammonium Sulphate, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1KJ7 SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.249
1KJF SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1KJG SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
1KJH SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE, RESIDUES 57-155	突变：D25N,Q7K 突变：D25N,Q7K	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CITRATE, SODIUM PHOSPHATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.227
1KZK JE-2147-HIV Protease Complex 提交 2002-02-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, K14R, S37N, R41K, L63P, I64V 突变：Q7K, K14R, S37N, R41K, L63P, I64V	JE2 (4R)-3-{(2S,3S)-2-hydroxy-3-[(3-hydroxy-2-methylbenzoyl)amino]-4-phenylbutanoyl}-5,5-dimethyl-N-(2-methylbenzyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；NaAc, NaCl, EDTA, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.09 Å R-free 0.189
1MT7 Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	ACT ACETATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
1MT8 Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
1MT9 Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.210
1MTB Viability of a drug-resistant HIV-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy 提交 2002-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, L63P, V82A 突变：Q7K, D25N, L63P, V82A	ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.257
1MTR HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A CYCLIC PHE-ILE-VAL PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR 提交 1996-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 PI6 [1-BENZYL-3-(8-SEC-BUTYL-7,10-DIOXO-2-OXA-6,9-DIAZA-BICYCLO[11.2.2] HEPTADECA-1(16),13(17),14-TRIEN-11-YLAMINO)-2-HYDROXY-PROPYL]-CARBAMIC ACID TERT-BUTYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.244
1N49 Viability of a Drug-Resistant HIV-1 Protease Variant: Structural Insights for Better Anti-Viral Therapy 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V82A 突变：Q7K, D25N, V82A	RIT RITONAVIR × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.284
1N49 Viability of a Drug-Resistant HIV-1 Protease Variant: Structural Insights for Better Anti-Viral Therapy 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 57–155（99 aa）链 D 57–155（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V82A 突变：Q7K, D25N, V82A	RIT RITONAVIR × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；sodium phosphate, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.284
1T3R HIV protease wild-type in complex with TMC114 inhibitor 提交 2004-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K,L63P 突变：Q7K,L63P	PO4 PHOSPHATE ION × 5 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；1 MG/ML PROTEIN; 5:1 LIGAND:PROTEIN; 30% AMSOR; SODIUM CITRATE AND SODIUM PHOSPHATE, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.20 Å R-free 0.179
1TSQ CRYSTAL STRUCTURE OF AP2V SUBSTRATE VARIANT OF NC-P1 DECAMER PEPTIDE IN COMPLEX WITH V82A/D25N HIV-1 PROTEASE MUTANT 提交 2004-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：protease 链 B 57–155（99 aa）片段：protease	突变：Q7K,D25N,L63P,V82A 突变：Q7K,D25N,L63P,V82A	ACT ACETATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, AMMONIUM SULPHATE, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
1TSU CRYSTAL STRUCTURE OF DECAMER NCP1 SUBSTRATE PEPTIDE IN COMPLEX WITH WILD-TYPE D25N HIV-1 PROTEASE VARIANT 提交 2004-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：Protease 链 B 57–155（99 aa）片段：Protease	突变：Q7K,D25N,L63P 突变：Q7K,D25N,L63P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；SODIUM PHOSPHATE, SODIUM CITRATE, AMMONIUM SULPHATE, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1YTG SIV PROTEASE CRYSTALLIZED WITH PEPTIDE PRODUCT 提交 1996-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：CHAIN A, B, Q7K 突变：CHAIN A, B, Q7K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.285
1YTH SIV PROTEASE CRYSTALLIZED WITH PEPTIDE PRODUCT 提交 1996-08-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：CHAIN A, B, Q7K 突变：CHAIN A, B, Q7K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å R-free 0.283
1Z1H HIV-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 3 提交 2005-03-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease	突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 HBB N-{(2R)-2-HYDROXY-2-[(8S,11S)-8-ISOPROPYL-6,9-DIOXO-2-OXA-7,10-DIAZABICYCLO[11.2.2]HEPTADECA-1(15),13,16-TRIEN-11-YL]ETHYL}-N-ISOPENTYLBENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；30-60% ammonium sulfate, 0.1M acetate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.231
1Z1R HIV-1 protease complexed with Macrocyclic peptidomimetic inhibitor 2 提交 2005-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease 链 B 57–155（99 aa）片段：HIV-1 protease	突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Gln7Lys Leu33Ile Cys67Aba Cys95Aba 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 HBH 2-[(8S,11S)-11-{(1R)-1-HYDROXY-2-[ISOPENTYL(PHENYLSULFONYL)AMINO]ETHYL}-6,9-DIOXO-2-OXA-7,10-DIAZABICYCLO[11.2.2]HEPTADECA-1(15),13,16-TRIEN-8-YL]ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；30-60% ammonium sulfate, 0.1M acetate buffer, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
2AID STRUCTURE OF A NON-PEPTIDE INHIBITOR COMPLEXED WITH HIV-1 PROTEASE: DEVELOPING A CYCLE OF STRUCTURE-BASED DRUG DESIGN 提交 1997-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K 突变：Q7K	CL CHLORIDE ION × 2 THK 4-(4-CHLORO-PHENYL)-1-{3-[2-(4-FLUORO-PHENYL)-[1,3]DITHIOLAN-2-YL]-PROPYL}-PIPERIDIN-4-OL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 1.90 Å
2F3K Substrate envelope and drug resistance: crystal structure of r01 in complex with wild-type hiv-1 protease 提交 2005-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 490–588（99 aa）链 B 490–588（99 aa）	突变：Q7K; L63P 突变：Q7K; L63P	PO4 PHOSPHATE ION × 5 RO1 (3S,4AS,8AS)-N-(TERT-BUTYL)-2-[(3S)-3-({3-(METHYLSULFONYL)-N-[(PYRIDIN-3-YLOXY)ACETYL]-L-VALYL}AMINO)-2-OXO-4-PHENYLBUTYL]DECAHYDROISOQUINOLINE-3-CARBOXAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；0.126M Sodium Acetate; 0.063M Sodium citrate, 25-30% Ammonium sulphate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.197
3AID A NEW CLASS OF HIV-1 PROTEASE INHIBITOR: THE CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE, INHIBITION AND CHEMICAL SYNTHESIS OF AN AMINIMIDE PEPTIDE ISOSTERE 提交 1997-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	突变：Q7K 突变：Q7K	ARQ BENZOYLAMINO-BENZYL-METHYL-[2-HYDROXY-3-[1-METHYL-ETHYL-OXY-N-FORMAMIDYL]-4-PHENYL-BUTYL]-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4	分辨率 2.50 Å
3BXR Crystal Structures Of Highly Constrained Substrate And Hydrolysis Products Bound To HIV-1 Protease. Implications For Catalytic Mechanism 提交 2008-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, D25N, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, D125N, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q7K, D25N, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, D125N, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 DRR (9S,12S)-9-(1-methylethyl)-N-[(8S,11S)-8-[(1S)-1-methylpropyl]-7,10-dioxo-2-oxa-6,9-diazabicyclo[11.2.2]heptadeca-1(15),13,16-trien-11-yl]-7,10-dioxo-2-oxa-8,11-diazabicyclo[12.2.2]octadeca-1(16),14,17-triene-12-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Acetate, (NH4)2SO4, pH5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
3BXS Crystal Structures Of Highly Constrained Substrate And Hydrolysis Products Bound To HIV-1 Protease. Implications For Catalytic Mechanism 提交 2008-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA), Q107K, L133I, C167(ABA), C195(ABA) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 DRS (9S,12S)-9-(1-methylethyl)-7,10-dioxo-2-oxa-8,11-diazabicyclo[12.2.2]octadeca-1(16),14,17-triene-12-carboxylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Acetate, (NH4)2SO4, pH5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
3EKP Crystal Structure of the inhibitor Amprenavir (APV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A)Refer: FLAP+ in citation 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A	PO4 PHOSPHATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 6 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.254
3EKP Crystal Structure of the inhibitor Amprenavir (APV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A)Refer: FLAP+ in citation 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 D 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A	ACT ACETATE ION × 6 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.15 Å R-free 0.254
3EKQ Crystal structure of inhibitor saquinavir (SQV) in complex with multi-drug resistant HIV-1 protease (L63P/V82T/I84V) (referred to as ACT in paper) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82T 突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82T	ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
3EKT Crystal Structure of the inhibitor Darunavir (DRV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10F/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation.) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A	ACT ACETATE ION × 3 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.97 Å R-free 0.258
3EKT Crystal Structure of the inhibitor Darunavir (DRV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10F/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation.) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 D 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I, V82A	ACT ACETATE ION × 5 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；Refer citation, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.97 Å R-free 0.258
3EKV Crystal structure of the wild type HIV-1 protease with the inhibitor, Amprenavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,V64I 突变：Q7K,V64I	478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
3EKW Crystal structure of the inhibitor Atazanavir (ATV) in complex with a multi-drug resistance HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A) Refer: FLAP+ in citation. 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A 突变：Q7K,L10I,G48V,I54V,V64I,V82A	PO4 PHOSPHATE ION × 3 DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.223
3EKX Crystal structure of the wild-type HIV-1 protease with the inhibitor, Nelfinavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, V64I 突变：Q7K, V64I	1UN 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.97 Å R-free 0.230
3EKY Crystal Structure of wild-type HIV protease in complex with the inhibitor, Atazanavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,V64I 突变：Q7K,V64I	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.209
3EL0 Crystal structure of the inhibitor Nelfinavir (NFV) in complex with a multi-drug resistant HIV-1 protease variant (L10I/G48V/I54V/V64I/V82A) (Refer: FLAP+ in citation) 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82A 突变：Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82A	1UN 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3EL1 Crystal Structure of wild-type HIV protease in complex with the inhibitor, Atazanavir 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K 突变：Q7K	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
3EL4 Crystal structure of inhibitor saquinavir (SQV) complexed with the multidrug HIV-1 protease variant L63P/V82T/I84V 提交 2008-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, V64I, V82T, I84V 突变：Q7K, V64I, V82T, I84V	ROC (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide × 1 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
3EL5 Crystal structure of nelfinavir (NFV) complexed with a multidrug variant (ACT) (V82T/I84V) of HIV-1 protease 提交 2008-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, K41R, V64I, V82T, I84V 突变：Q7K, K41R, V64I, V82T, I84V	ACT ACETATE ION × 11 1UN 2-[2-HYDROXY-3-(3-HYDROXY-2-METHYL-BENZOYLAMINO)-4-PHENYL SULFANYL-BUTYL]-DECAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID TERT-BUTYLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.60 Å R-free 0.225
3EL9 Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with a multidrug HIV-1 protease (V82T/I84V) 提交 2008-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 484-582 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 484-582	突变：Q7K, V82T, I84V 突变：Q7K, V82T, I84V	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.60 Å R-free 0.217
3EM3 Crystal structure of amprenavir (APV) in complex with a drug resistant HIV-1 protease variant (I50L/A71V). 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K,I50L,V64I,A71V 突变：Q7K,I50L,V64I,A71V	ACT ACETATE ION × 4 478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3EM4 Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with I50L/A71V drug-resistant HIV-1 protease 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, I50L, A71V 突变：Q7K, I50L, A71V	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3EM4 Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with I50L/A71V drug-resistant HIV-1 protease 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 V 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, I50L, A71V 突变：Q7K, I50L, A71V	DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3EM6 Crystal structure of I50L/A71V mutant of hiv-1 protease in complex with inhibitor darunavir 提交 2008-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：UNP residues 491-589	突变：Q7K, I50L, A71V 突变：Q7K, I50L, A71V	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
3GI0 Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' [l-ala51,d-ala51'] hiv-1 protease molecule complexed with jg-365 inhibitor 提交 2009-03-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M CITRATE, 0.2M SODIUM PHOPHATE,30% (W/V) AMMONIUM SULFATE, 10% (V/V) DMSO , PH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3HVP CONSERVED FOLDING IN RETROVIRAL PROTEASES. CRYSTAL STRUCTURE OF A SYNTHETIC HIV-1 PROTEASE 提交 1989-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
3LZV Structure of Nelfinavir-resistant HIV-1 protease (D30N/N88D) in complex with Darunavir. 提交 2010-03-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D30N, N88D 突变：Q7K, D30N, N88D	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；300 K；126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.15 Å R-free 0.236
3MXD Crystal structure of HIV-1 protease inhibitor KC53 in complex with wild-type protease 提交 2010-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：residues 491-589	未记录	K53 (5S)-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}-3-(2-hydroxyphenyl)-2 -oxo-1,3-oxazolidine-5-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；298 K；126 mM sodium phosphate pH 6.2, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.201
3MXE Crystal structure of HIV-1 protease inhibitor, KC32 complexed with wild-type protease 提交 2010-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）片段：residues 491-589 链 B 491–589（99 aa）片段：residues 491-589	未记录	K54 (5S)-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-benzothiazol-6-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}-2-oxo-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-oxazolidine-5-carboxamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；298 K；126 mM sodium phosphate pH6.2, 63mM sodium citrate, 24%-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.223
3OXV Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71 Protease in Complex with the protease inhibitor amprenavir. 提交 2010-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.205
3OXV Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71 Protease in Complex with the protease inhibitor amprenavir. 提交 2010-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	478 {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.205
3OXW Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir 提交 2010-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.95 Å R-free 0.218
3OXW Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir 提交 2010-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.95 Å R-free 0.218
3OXX Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Atazanavir 提交 2010-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ACT ACETATE ION × 3 DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.65 Å R-free 0.215
3OXX Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Atazanavir 提交 2010-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, I50V, A71V 突变：Q7K, I50V, A71V	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 3 DR7 (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.65 Å R-free 0.215
3OY4 Crystal Structure of HIV-1 L76V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir. 提交 2010-09-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, L76V 突变：Q7K, L76V	PO4 PHOSPHATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 7 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.76 Å R-free 0.219
4EP2 Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate RT-RH 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.261
4EP3 Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate CA-p2 提交 2012-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.81 Å R-free 0.227
4EPJ Crystal Structure of inactive single chain wild-type HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.69 Å R-free 0.227
4EQ0 Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate p2-NC 提交 2012-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.264
4EQJ Crystal Structure of inactive single chain variant of HIV-1 Protease in Complex with the substrate RT-RH 提交 2012-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–589（99 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-29% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
4F73 Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of CA-p2 cleavage site 提交 2012-05-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
4F74 Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of the substrate MA-CA. 提交 2012-05-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å R-free 0.207
4F75 Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of the substrate RH-IN 提交 2012-05-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.70 Å R-free 0.193
4F76 Crystal Structure of the active HIV-1 Protease in Complex with the products of p1-p6 substrate 提交 2012-05-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 24-31% Ammonium Sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.85 Å R-free 0.196
4HVP Structure of complex of synthetic HIV-1 protease with a substrate-based inhibitor at 2.3 Angstroms resolution 提交 1989-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2NC N-{(2S)-2-[(N-acetyl-L-threonyl-L-isoleucyl)amino]hexyl}-L-norleucyl-L-glutaminyl-N~5~-[amino(iminio)methyl]-L-ornithinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
4OBD Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；24% PEG 5000, 0.3M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4OBD Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；24% PEG 5000, 0.3M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4OBG Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate. 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG 5000, 0.1M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.78 Å R-free 0.255
4OBG Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate. 提交 2014-01-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, D30N, N88D 突变：Q7K, D25N, D30N, N88D	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG 5000, 0.1M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.78 Å R-free 0.255
4OBH Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V64I 突变：Q7K, D25N, V64I	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG MME 5000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
4OBH Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V64I 突变：Q7K, D25N, V64I	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG MME 5000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
4OBJ Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, V64I 突变：Q7K, D25N, V64I	GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.0M Ammonium Sulphate, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.183
4OBK Crystal structure of inactive HIV-1 protease in complex with the P1-P6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, V64I, D25N 突变：Q7K, V64I, D25N	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.0M Ammonium sulphate, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.65 Å R-free 0.211
4QJ6 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
4QJ6 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
4QJ7 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (R452S) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V	PO4 PHOSPHATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.67 Å R-free 0.229
4QJ7 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (R452S) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, N25D, D25N, I50V, A71V	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.67 Å R-free 0.229
4QJ8 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (P453L) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
4QJ8 Crystal structure of inactive HIV-1 protease variant (I50V/A71V) in complex with p1-p6 substrate variant (P453L) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 491–589（99 aa）链 D 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N, I50V, A71V 突变：Q7K, D25N, I50V, A71V	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
4QJ9 Crystal structure of inactive HIV-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (R452S) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, N25D, D25N, A71V 突变：Q7K, N25D, D25N, A71V	PO4 PHOSPHATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.83 Å R-free 0.207
4QJA Crystal structure of inactive HIV-1 protease in complex with p1-p6 substrate variant (P453L) 提交 2014-06-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 491–589（99 aa）链 B 491–589（99 aa）	突变：Q7K, D25N 突变：Q7K, D25N	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；ammonium sulfate, sodium citrate, sodium phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.54 Å R-free 0.178
7HVP X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN A SYNTHETIC PROTEASE OF HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1 AND A SUBSTRATE-BASED HYDROXYETHYLAMINE INHIBITOR 提交 1990-09-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
8HVP STRUCTURE AT 2.5-ANGSTROMS RESOLUTION OF CHEMICALLY SYNTHESIZED HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 PROTEASE COMPLEXED WITH A HYDROXYETHYLENE*-BASED INHIBITOR 提交 1990-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 57–155（99 aa）链 B 57–155（99 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

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UniProt名称	POL_HV1A2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 491–589 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 491–589 作者链 C； PDB构建体 1–99； UniProt 491–589 作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 491–589

p1-p6 peptide

物种未注明

UniProt P03349

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 446–455	片段：UNP residues 446-455 突变：S8N	HIV-1 Protease × 2 （P03369） GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PO4 PHOSPHATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；32% Ammonium Sulphate, 63mM Sodium Citrate, 126mM Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.68 Å R-free 0.229
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 446–455	片段：UNP residues 446-455 突变：S8N	HIV-1 Protease × 2 （P03369） GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；32% Ammonium Sulphate, 63mM Sodium Citrate, 126mM Sodium Phosphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.68 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4OBF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4OBD Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 446–455（10 aa）片段：UNP residues 446-455	突变：L6F, S8N	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；24% PEG 5000, 0.3M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4OBD Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 446–455（10 aa）片段：UNP residues 446-455	突变：L6F, S8N	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；24% PEG 5000, 0.3M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4OBG Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate. 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 446–455（10 aa）片段：UNP residues 446-455	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG 5000, 0.1M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.78 Å R-free 0.255
4OBG Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate. 提交 2014-01-07	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 446–455（10 aa）片段：UNP residues 446-455	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG 5000, 0.1M ammonium sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.78 Å R-free 0.255
4OBH Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 446–455（10 aa）片段：UNP residues 446-455	突变：L6F	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG MME 5000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
4OBH Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (L449F) 提交 2014-01-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 446–455（10 aa）片段：UNP residues 446-455	突变：L6F	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 ACT ACETATE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；28% PEG MME 5000, 0.2M Ammonium Sulfate, 0.5M MES monohydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
4OBJ Crystal Structure of Inactive HIV-1 Protease in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N) 提交 2014-01-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 446–455（10 aa）片段：UNP residues 446-455	突变：S8N	GOL GLYCEROL × 3 ACT ACETATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.0M Ammonium Sulphate, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.75 Å R-free 0.183
4OBK Crystal structure of inactive HIV-1 protease in complex with the P1-P6 substrate variant (L449F/S451N) 提交 2014-01-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 446–455（10 aa）	突变：L6F, S8N	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；1.0M Ammonium sulphate, 0.1M Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.65 Å R-free 0.211

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAG_HV1A2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–10； UniProt 446–455 作者链 F； PDB构建体 1–10； UniProt 446–455

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4obf
沉积日期 deposition_date	2014-01-07
结构标题 title	Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease Variant (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N)
关键词 keywords	Co-evolution, Resistance, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.44 Å
零角强度 I(0) i0	31948700.00
分子量 molecular_weight	45023.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57152 Å³
包络体积 envelope_volume	67208 Å³
水化壳体积 shell_volume	24158 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.6 Å
壳层 Rg shell_rg	30.19 Å
包络 Rg envelope_rg	23.37 Å
形状 Rg shape_rg	23.44 Å
总 Rg total_rg	24.27 Å
总原子数 total_atoms	3157
残基数 n_residues	413
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.3150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6820
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.420
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.137; Positv: 1.000; Valcen: 0.939; Smooth: 0.948

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HIV-1 Protease
分子量 formula_weight	10814.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.23.16
突变 mutation	Q7K, D25N, D30N, V64I, N88D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3375

PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11685
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	p1-p6 peptide
分子量 formula_weight	1200.3 kDa
突变 mutation	S8N
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

RPGNFLQNRP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	188

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4obfA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	4obfB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	4obfC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

结构域编号 domain_id	4obfD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acid Proteases

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	51.547 Å
晶胞边长 b length_b	60.074 Å
晶胞边长 c length_c	60.232 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.680 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1822
R_work r_work	0.1797
R_free r_free	0.2289

fit	/app/data/saxs_computation/ob/4obf/4obf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ob/4obf/4obf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ob/4obf/4obf.dat

Crystal Structure of Nelfinavir-Resistant, Inactive HIV-1 Protease Variant (D30N/N88D) in Complex with the p1-p6 substrate variant (S451N)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 Protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

p1-p6 peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)