4ogq

Internal Lipid Architecture of the Hetero-Oligomeric Cytochrome b6f Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （Q93SX1） Apocytochrome f × 2 （Q93SW9） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 × 2 （Q93SX0） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q8YVQ2） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P0A3Y1） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P58246） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61048） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYB6_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

Cytochrome b6-f complex subunit 4

物种未注明

UniProt Q93SX1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P0A384） Apocytochrome f × 2 （Q93SW9） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 × 2 （Q93SX0） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q8YVQ2） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P0A3Y1） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P58246） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61048） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETD_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–160； UniProt 1–160

Apocytochrome f

物种未注明

UniProt Q93SW9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P0A384） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （Q93SX1） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 × 2 （Q93SX0） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q8YVQ2） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P0A3Y1） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P58246） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61048） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYF_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–333； UniProt 1–333

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1

物种未注明

UniProt Q93SX0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P0A384） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （Q93SX1） Apocytochrome f × 2 （Q93SW9） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q8YVQ2） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P0A3Y1） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P58246） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61048） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UCRIA_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179

Cytochrome b6-f complex subunit 6

物种未注明

UniProt Q8YVQ2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P0A384） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （Q93SX1） Apocytochrome f × 2 （Q93SW9） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 × 2 （Q93SX0） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P0A3Y1） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P58246） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61048） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETL_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–31； UniProt 1–31

Cytochrome b6-f complex subunit 7

物种未注明

UniProt P0A3Y1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P0A384） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （Q93SX1） Apocytochrome f × 2 （Q93SW9） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 × 2 （Q93SX0） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q8YVQ2） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P58246） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61048） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETM_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–34； UniProt 1–34

Cytochrome b6-f complex subunit 5

物种未注明

UniProt P58246

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P0A384） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （Q93SX1） Apocytochrome f × 2 （Q93SW9） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 × 2 （Q93SX0） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q8YVQ2） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P0A3Y1） Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 （P61048） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETG_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–37； UniProt 1–37

Cytochrome b6-f complex subunit 8

物种未注明

UniProt P61048

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Cytochrome b6 × 2 （P0A384） Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 （Q93SX1） Apocytochrome f × 2 （Q93SW9） Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1 × 2 （Q93SX0） Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 （Q8YVQ2） Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 （P0A3Y1） Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 （P58246） HEME C × 8 UNDECYL-MALTOSIDE × 10 (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate × 10 Octadecane × 8 (1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol × 2 CHLOROPHYLL A × 2 (7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 2 CADMIUM ION × 2 PENTADECANE × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 (1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol × 2 (1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol × 2 (1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol × 2 N-OCTANE × 2 (2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	PETN_NOSS1
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–29； UniProt 1–29

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ogq
沉积日期 deposition_date	2014-01-16
结构标题 title	Internal Lipid Architecture of the Hetero-Oligomeric Cytochrome b6f Complex
关键词 keywords	Electron transfer, Plastocyanin, cytochrome c6, Thylakoid membrane, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ogq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ogq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ogq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.53 Å
Rg（电子密度）	40.99 Å
总 Rg	41.34 Å
原子数	16538
残基数	1898
排除体积	308030 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ogq__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (26)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome b6
分子量 formula_weight	24291.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8396

MANVYDWFEERLEIQAIAEDVTSKYVPPHVNIFYCLGGITLVCFLIQFATGFAMTFYYKPTVAEAYSSVQYIMNEVNFGWLIRSIHRWSASMMVLMMILHVFRVYLTGGFKKPRELTWVSGVILAVITVSFGVTGYSLPWDQVGYWAVKIVSGVPEAIPVVGVLISDLLRGGSSVGQATLTRYYSAHTFVLPWLIAVFMLFHFLMIRKQGISGPL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 4
分子量 formula_weight	17548.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATHKKPDLSDPTLRAKLAKGMGHNYYGEPAWPNDLLYVFPIVIMGSFACIVALAVLDPAMTGEPANPFATPLEILPEWYLYPVFQILRSLPNKLLGVLAMASVPLGLILVPFIENVNKFQNPFRRPVATTVFLFGTLVTLWLGIGAALPLDKSLTLGLF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Apocytochrome f
分子量 formula_weight	35957.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MRNACTRARLTRTARAMVKTLFIAIASVTFFFTSDLALPQSAAAYPFWAQQTYPETPREPTGRIVCANCHLAAKPTEVEVPQSVLPDTVFKAVVKIPYDTSVQQVGADGSKVGLNVGAVLMLPEGFKIAPEDRIPEELKEEIGDVYFQPYGEDKDNIVIVGPLPGEQYQEIVFPVLSPNPANDKNIHFGKYSVHVGGNRGRGQVYPTGEKSNNNLYSAAATGTISKIAKQEGEDGSVKYLVDIKTESGEVVSDTIPAGPELIVSEGQAVTAGDALTNNPNVGGFGQLDAEIVLQDANRVGWLIAFVALVMLAQVMLVLKKKQVEKVQAAEMNF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1
分子量 formula_weight	19216.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.9.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAQFSESVDVPDMGRRQFMNLLTFGTVTGVALGALYPVVNYFIPPAAGGAGGGTTAKDELGNDVSVSKFLESHNVGDRTLVQGLKGDPTYIVVESKEAITDYGINAVCTHLGCVVPWNAAENKFKCPCHGSQYDATGKVVRGPAPKSLALSHAKTENDKIVLTSWTETDFRTGEEPWWS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 6
分子量 formula_weight	3227.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MLAIVAYIGFLALFTGIAAGLLFGLRSAKIL

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 7
分子量 formula_weight	3547.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSGELLNAALLSFGLIFVGWALGALLLKIQGAEE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 5
分子量 formula_weight	3997.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MVEPLLSGIVLGLIVVTLAGLFYAAYKQYKRPNELGG

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b6-f complex subunit 8
分子量 formula_weight	3234.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAILTLGWVSLLVVFTWSIAMVVWGRNGL

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	UNDECYL-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	496.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	(1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
分子量 formula_weight	564.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	Octadecane
分子量 formula_weight	254.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	(1S,8E)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1S)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl]oxy}octadec-8-en-1-ol
分子量 formula_weight	627.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	(7R,17E)-4-HYDROXY-N,N,N,7-TETRAMETHYL-7-[(8E)-OCTADEC-8-ENOYLOXY]-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-17-EN-1-AMINIUM 4-OXIDE
分子量 formula_weight	801.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	PENTADECANE
分子量 formula_weight	212.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 19 Entity 19 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 20 Entity 20 non-polymer

描述 description	(1R)-1-{[(2S)-3-hydroxy-2-{[(1R)-1-hydroxypentyl]oxy}propyl]oxy}hexan-1-ol
分子量 formula_weight	278.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 21 Entity 21 non-polymer

描述 description	(1S,8E,1'R,8'Z)-1,1'-{[(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl]bis(oxy)}bisoctadec-8-en-1-ol
分子量 formula_weight	625.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 22 Entity 22 non-polymer

描述 description	(1S,8E)-1-{[(2S)-1-hydroxy-3-{[(1S)-1-hydroxypentadecyl]oxy}propan-2-yl]oxy}heptadec-8-en-1-ol
分子量 formula_weight	570.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 23 Entity 23 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 24 Entity 24 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(alpha-D-galactopyranosyloxy)-2-(hexadecanoyloxy)propyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	757.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 25 Entity 25 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 26 Entity 26 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4ogqa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.1 — Transmembrane di-heme cytochromes
家族 Family family	f.21.1.2 — Cytochrome b of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4ogqb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.32 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
超家族 Superfamily superfamily	f.32.1 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)
家族 Family family	f.32.1.1 — a domain/subunit of cytochrome bc1 complex (Ubiquinol-cytochrome c reductase)

结构域编号 domain_id	d4ogqf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.25 — PetM subunit of the cytochrome b6f complex
家族 Family family	f.23.25.1 — PetM subunit of the cytochrome b6f complex

结构域编号 domain_id	d4ogqh_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.27 — PetN subunit of the cytochrome b6f complex
家族 Family family	f.23.27.1 — PetN subunit of the cytochrome b6f complex

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4ogqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	810 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain C

结构域编号 domain_id	4ogqB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4ogqB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 — plastocyanin oxidoreductase

结构域编号 domain_id	4ogqC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	830 — Cytochrome f large domain

结构域编号 domain_id	4ogqC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	4ogqC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4ogqD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	4ogqD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	102 — 3-layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Rieske Iron-sulfur Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain

▶

晶胞边长 a length_a	159.228 Å
晶胞边长 b length_b	159.228 Å
晶胞边长 c length_c	365.879 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.501 Å
最低分辨率 resolution_low	39.570 Å
R 因子 r_factor	0.2023
R_work r_work	0.2006
R_free r_free	0.2324

Internal Lipid Architecture of the Hetero-Oligomeric Cytochrome b6f Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Apocytochrome f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b6-f complex subunit 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ogq__assembly_1__model_1

4ogq__assembly_1__model_1 | I(q)

4ogq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (26)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer